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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2az3 | ||||||
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タイトル | Structure of a halophilic nucleoside diphosphate kinase from Halobacterium salinarum in complex with CDP | ||||||
要素 | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / halophilic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Besir, H. / Zeth, K. / Bracher, A. / Heider, U. / Ishibashi, M. / Tokunaga, M. / Oesterhelt, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005 タイトル: Structure of a halophilic nucleoside diphosphate kinase from Halobacterium salinarum 著者: Besir, H. / Zeth, K. / Bracher, A. / Heider, U. / Ishibashi, M. / Tokunaga, M. / Oesterhelt, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2az3.cif.gz | 280.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2az3.ent.gz | 226.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2az3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2az3_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2az3_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2az3_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2az3_validation.cif.gz | 71.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/2az3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/2az3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | chains D E F G H I are a biological assembly the crystallographic 2-fold generates another b.a. from chains A B C |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18369.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 遺伝子: ndk / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21[DE3] / 参照: UniProt: P61136, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES-Na, pH7.5, 30% PEG 400, 10mM Co(NH3)6Cl3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: SLS PX-II mono / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 70403 / Num. obs: 56525 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 45.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 10.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / % possible all: 64.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1nue 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.958 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.966 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /
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