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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uo7 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Structure of the A_Canine_Colorado_17864_06 H3 haemagglutinin in complex with 6SO4 Sialyl Lewis X | |||||||||
要素 | (HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / EQUINE / CANINE | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014タイトル: Recent Evolution of Equine Influenza and the Origin of Canine Influenza. 著者: Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4uo7.cif.gz | 621.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4uo7.ent.gz | 521.7 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4uo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 4uo7_validation.pdf.gz | 4.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 4uo7_full_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 4uo7_validation.xml.gz | 55.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 4uo7_validation.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uo7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 4unwC ![]() 4unxC ![]() 4unyC ![]() 4unzC ![]() 4uo0C ![]() 4uo1C ![]() 4uo2C ![]() 4uo3C ![]() 4uo4SC ![]() 4uo5C ![]() 4uo6C ![]() 4uo8C ![]() 4uo9C ![]() 4uoaC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
-HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF
| #1: タンパク質 | 分子量: 36345.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス)解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: E0UVR5 #2: タンパク質 | 分子量: 20273.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス)解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: E0UVR5 |
|---|
-糖 , 5種, 16分子 
| #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / | |
|---|
-非ポリマー , 2種, 144分子 


| #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| Has protein modification | Y |
|---|
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.17 % / 解説: NONE |
|---|
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 |
| 検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 3→47.72 Å / Num. obs: 53827 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.4 |
| 反射 シェル | 解像度: 3→3.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.6 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 4UO4 解像度: 3→174.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 48.851 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.353 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 67.186 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→174.24 Å
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| 拘束条件 |
|
ムービー
コントローラー
万見について





INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
X線回折
引用

































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