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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uo4 | |||||||||
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タイトル | Structure of the A_Canine_Colorado_17864_06 H3 haemagglutinin | |||||||||
![]() | (H3 HAEMAGGLUTININ ...) x 2 | |||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Recent Evolution of Equine Influenza and the Origin of Canine Influenza. 著者: Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 218.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4unwC ![]() 4unxC ![]() 4unyC ![]() 4unzC ![]() 4uo0SC ![]() 4uo1C ![]() 4uo2C ![]() 4uo3C ![]() 4uo5C ![]() 4uo6C ![]() 4uo7C ![]() 4uo8C ![]() 4uo9C ![]() 4uoaC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-H3 HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36345.984 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-344 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8) 解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: E0UVR5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20273.373 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 345-516 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8) 解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: E0UVR5 |
-糖 , 4種, 5分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 2種, 20分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.59 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→48.2 Å / Num. obs: 30387 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4UO0 解像度: 2.6→173.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 22.657 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.108 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→173.56 Å
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拘束条件 |
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