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- PDB-4un1: Sirohaem decarboxylase AhbA/B - an enzyme with structural homolog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4un1
タイトルSirohaem decarboxylase AhbA/B - an enzyme with structural homology to the Lrp/AsnC transcription factor family that is part of the alternative haem biosynthesis pathway.
要素(PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


siroheme decarboxylase / heme biosynthetic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Siroheme decarboxylase , AsnC-like ligand binding domain / : / AsnC-like ligand binding domain / Siroheme decarboxylase NirDL-like HTH domain / AsnC-type helix-turn-helix domain / : / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
12,18-DIDECARBOXY-SIROHEME / Siroheme decarboxylase alpha subunit / Siroheme decarboxylase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Palmer, D.J. / Brown, D.G. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: The Structure, Function and Properties of Sirohaem Decarboxylase - an Enzyme with Structural Homology to a Transcription Factor Family that is Part of the Alternative Haem Biosynthesis Pathway.
著者: Palmer, D.J. / Schroeder, S. / Lawrence, A.D. / Deery, E. / Lobo, S.A. / Saraiva, L.M. / Mclean, K.J. / Munro, A.W. / Ferguson, S.J. / Pickersgill, R.W. / Brown, D.G. / Warren, M.J.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
B: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
C: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
D: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3096
ポリマ－78,6514
非ポリマー1,6572
水5,837324
1
A: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
B: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1543
ポリマ－39,3262
非ポリマー8291
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-33.3 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
2
C: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
D: PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1543
ポリマ－39,3262
非ポリマー8291
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-29.9 kcal/mol
Surface area14790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.300, 78.600, 150.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY / AHBA DECARBOXYLASE A CHAIN


分子量: 19212.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8J364
#2: タンパク質 PUTATIVE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, ASNC FAMILY / AHBB DECARBOXYLASE B CHAIN


分子量: 20112.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8J3A4
#3: 化合物 ChemComp-OBV / 12,18-DIDECARBOXY-SIROHEME


分子量: 828.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H44FeN4O12
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ENZYMATICALLY SYNTHESISED USING METHODS AS DESCRIBED IN SCHUBERT ET AT EMBO J 21:2068-2075 (2002)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH5, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG 4000, 0.01M BACL2, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9729978
検出器日付: 2014年4月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9729978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→44 Å / Num. obs: 46648 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.38
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CZD

4czd


解像度: 1.97→45.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.646 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. CHAINS C & D NCS OF A AND B, DATA NOT SUBMITTED DUE TO TIME CONSTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25732 2333 5 %RANDOM
Rwork0.20215 ---
obs0.2049 44314 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4681 0 114 324 5119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194903
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2351.9956677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.981310759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8685596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77723.538212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.02515825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8361538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7692.6212396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7682.622395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2433.912988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4123.0352507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.972→2.023 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 165 -
Rwork0.259 3136 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68211.05630.33952.29740.99721.0640.01620.0856-0.01-0.13470.0304-0.0626-0.0847-0.0086-0.04650.04990.010.00290.05660.01320.0946-22.0228.45620.029
20.5342-0.1077-0.0142.9796-0.28330.73980.06190.06950.0603-0.2609-0.0308-0.0486-0.1321-0.1105-0.03110.07880.03180.01890.1018-0.0060.0554-26.09913.74421.271
30.37080.65380.19752.15390.7261.0547-0.0845-0.04690.0325-0.11580.13510.01740.03090.0618-0.05050.04690.05520.00920.11740.01860.0657-2.489-12.72620.837
40.2418-0.2034-0.22522.04321.15170.7391-0.0303-0.00570.036-0.04010.0181-0.0447-0.00230.0150.01220.04820.0038-0.00440.07440.03250.09242.39-19.02320.086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3C24 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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