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- PDB-4ums: The crystal structure of the seventh ScaB type I cohesin from Pse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ums
タイトルThe crystal structure of the seventh ScaB type I cohesin from Pseudobacteroides cellulosolvens
要素CELLULOSOMAL ANCHORING SCAFFOLDIN B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CELLULOSOME / COHESINS / DOCKERINS / TYPE I BINDING SCAFFOLDIN SCAB
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hormone activity / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF11 / Large cysteine-rich periplasmic protein OmcB-like, DUF11 domain / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. ...Domain of unknown function DUF11 / Large cysteine-rich periplasmic protein OmcB-like, DUF11 domain / Natriuretic peptide / Natriuretic peptide / Immunoglobulin-like - #680 / S-layer homology domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosomal anchoring scaffoldin B
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES CELLULOSOLVENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Cameron, K. / Alves, V.D. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Combined Crystal Structure of a Type-I Cohesin, Mutation and Affinity-Binding Studies Reveal Structural Determinants of Cohesin-Dockerin Specificity
著者: Cameron, K. / Alves, V.D. / Bayer, E.A. / Gilbert, H.J. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年7月8日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULOSOMAL ANCHORING SCAFFOLDIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9581
ポリマ－16,9581
非ポリマー00
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.382, 52.767, 90.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CELLULOSOMAL ANCHORING SCAFFOLDIN B / SCABCOH7


分子量: 16958.141 Da / 分子数: 1 / 断片: SEVENTH COHESIN MODULE OF SCAB, RESIDUES 1039-1186 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES CELLULOSOLVENS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q6A564
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細HAS A C-TERMINAL HIS TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2 M SODIUM CHLORIDE AND 20 % W/V PEG 3350. 30% GLYCEROL ADDED AS CRYOPROTECTANT., pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93929
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→45.58 Å / Num. obs: 13249 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.84→1.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 9.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCL

2ccl


解像度: 1.84→45.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.037 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. THE LAST 2 HISTIDINES ARE DISORDERED. ISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25647 648 4.9 %RANDOM
Rwork0.1898 ---
obs0.19304 12510 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 0 167 1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.9371701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84232741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6075167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.8126.18255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97515216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg33.511151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.541.607641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5361.605640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4742.397808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1981.869610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.888 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 58 -
Rwork0.274 902 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.1288-13.89347.49518.09813.723512.0941-0.5334-0.625-0.2650.53861.6773-0.817-0.01731.0623-1.14390.33080.0916-0.22580.2073-0.17180.266921.9022-19.5024-12.7526
20.49290.15740.74390.39670.83082.4215-0.069-0.0279-0.01760.0212-0.019-0.0121-0.0372-0.10820.08810.10210.0262-0.05010.0587-0.0010.10728.0584-10.0843-23.9674
31.1163-0.31290.95521.10240.45362.2066-0.2539-0.07540.15950.04130.1154-0.001-0.2446-0.07290.13850.1410.0223-0.06820.0298-0.02180.085710.029-0.9894-20.1722
40.90220.15561.56080.90920.34553.6841-0.1019-0.00820.01670.09870.04420.0153-0.1381-0.06910.05770.08520.0297-0.05110.0585-0.00990.09510.5617-7.764-22.0974
53.1844-0.36324.04680.0486-0.44966.4545-0.3813-0.3465-0.11420.0740.07340.0035-0.4158-0.32310.3080.23680.1488-0.05250.12180.00450.202416.0256-14.0258-17.1332
618.17944.30153.53972.79522.61382.97150.07280.7638-0.9469-0.03880.0092-0.44810.03540.0448-0.0820.1060.02490.0280.1859-0.01940.3032-21.9082-18.5647-41.1034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1039 - 1042
2X-RAY DIFFRACTION2A1043 - 1090
3X-RAY DIFFRACTION3A1091 - 1112
4X-RAY DIFFRACTION4A1113 - 1161
5X-RAY DIFFRACTION5A1162 - 1183
6X-RAY DIFFRACTION6A1184 - 1192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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