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- PDB-4umk: The complex of Spo0J and parS DNA in chromosomal partition system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umk
タイトルThe complex of Spo0J and parS DNA in chromosomal partition system
要素
  • (DNA) x 2
  • PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable chromosome-partitioning protein ParB
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.096 Å
データ登録者Chen, B.W. / Chu, C.H. / Tung, J.Y. / Hsu, C.E. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Insights into ParB spreading from the complex structure of Spo0J and parS.
著者: Chen, B.W. / Lin, M.H. / Chu, C.H. / Hsu, C.E. / Sun, Y.J.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
B: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
C: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
D: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
W: DNA
X: DNA
Y: DNA
Z: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,58814
ポリマ－139,0118
非ポリマー5766
水4,161231
1
A: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
C: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
W: DNA
X: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8908
ポリマ－69,5064
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12380 Å2
ΔGint-3.1 kcal/mol
Surface area37520 Å2
手法PQS
2
B: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
D: PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB
Y: DNA
Z: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,6986
ポリマ－69,5064
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-3.7 kcal/mol
Surface area36810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.475, 232.731, 78.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROBABLE CHROMOSOME-PARTITIONING PROTEIN PARB / SPO0J


分子量: 27382.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O25758
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 7483.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 7256.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: PH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 33332 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 73.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.096→23.574 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.19 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 1-54, 227-240 CHAIN B RESIDUES 1-44, 228-240 CHAIN C RESIDUES 1-34, 228-240 CHAIN D RESIDUES 1-50, 227-240 ARE MISSING.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2992 1925 6 %
Rwork0.2509 --
obs0.2539 32160 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.096→23.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5765 1968 30 231 7994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0298163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.87611234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.1793268
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1081313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0961-3.17340.34151200.29181923X-RAY DIFFRACTION86
3.1734-3.2590.36451340.26422013X-RAY DIFFRACTION91
3.259-3.35460.34671260.24842044X-RAY DIFFRACTION91
3.3546-3.46260.34161360.27442111X-RAY DIFFRACTION94
3.4626-3.58590.36111420.26942156X-RAY DIFFRACTION96
3.5859-3.72890.35411370.25542174X-RAY DIFFRACTION98
3.7289-3.89790.31431410.24282237X-RAY DIFFRACTION98
3.8979-4.10240.31921410.23572164X-RAY DIFFRACTION99
4.1024-4.35790.2871380.22392221X-RAY DIFFRACTION99
4.3579-4.6920.25281440.22032230X-RAY DIFFRACTION99
4.692-5.15970.36471400.25472220X-RAY DIFFRACTION99
5.1597-5.89610.28481430.26232243X-RAY DIFFRACTION100
5.8961-7.39030.34071460.29632251X-RAY DIFFRACTION100
7.3903-23.57460.22171370.23822248X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 59.2522 Å / Origin y: 26.798 Å / Origin z: 34.8308 Å
111213212223313233
T0.3086 Å20.0808 Å20.0176 Å2-0.412 Å20.0138 Å2--0.365 Å2
L-0.1593 °20.0725 °2-0.0089 °2-0.0154 °2-0.0182 °2---0.1339 °2
S0.0232 Å °-0.042 Å °0.0384 Å °-0.0124 Å °0.0133 Å °0.0216 Å °0.0138 Å °0.0781 Å °-0.0369 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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