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- PDB-4umg: Crystal structure of the Lin-41 filamin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4umg
タイトルCrystal structure of the Lin-41 filamin domain
要素PROTEIN LIN-41
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nematode male tail tip morphogenesis / positive regulation of brood size / nematode male tail tip morphogenesis / positive regulation of oocyte development / regulation of development, heterochronic / Neutrophil degranulation / ribonucleoprotein granule / protein metabolic process / epidermal cell fate specification / gamete generation ...regulation of nematode male tail tip morphogenesis / positive regulation of brood size / nematode male tail tip morphogenesis / positive regulation of oocyte development / regulation of development, heterochronic / Neutrophil degranulation / ribonucleoprotein granule / protein metabolic process / epidermal cell fate specification / gamete generation / regulation of epidermal cell differentiation / miRNA binding / mRNA catabolic process / translation repressor activity / P-body / ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Tocchini, C. / Keusch, J.J. / Miller, S.B. / Finger, S. / Gut, H. / Stadler, M. / Ciosk, R.
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2014
タイトル: The Trim-Nhl Protein Lin-41 Controls the Onset of Developmental Plasticity in Caenorhabditis Elegans.
著者: Tocchini, C. / Keusch, J.J. / Miller, S.B. / Finger, S. / Gut, H. / Stadler, M.B. / Ciosk, R.
履歴
登録2014年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN LIN-41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2301
ポリマ－14,2301
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.780, 52.110, 101.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN LIN-41 / ABNORMAL CELL LINEAGE PROTEIN 41 / LIN-41


分子量: 14230.052 Da / 分子数: 1 / 断片: FILAMIN DOMAIN, RESIDUES 691-821 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIN-41 ISOFORM B OF UNIPROT ENTRY Q9U489
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U489
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.1 M SODIUM MALONATE, 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.5% JEFFAMINE ED-2001

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 13883 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.68→1.72 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→14.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9277 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8982 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 693 5 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.2199 13854 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2355 Å20 Å20 Å2
2--1.0422 Å20 Å2
3----2.2776 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.299 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→14.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数762 0 0 81 843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01772HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.111046HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d266SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes16HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes112HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it772HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion110SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact981SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.81 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 141 5.01 %
Rwork0.2429 2676 -
all0.2427 2817 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.5506 Å / Origin y: -7.5568 Å / Origin z: -14.0256 Å
111213212223313233
T0.033 Å20.1011 Å2-0.0337 Å2-0.0179 Å2-0.0134 Å2---0.1128 Å2
L1.6034 °2-1.1795 °2-0.2879 °2-2.0216 °2-0.4679 °2--0.8254 °2
S-0.3263 Å °-0.2256 Å °-0.01 Å °0.3231 Å °0.1694 Å °-0.015 Å °-0.1679 Å °0.009 Å °0.1569 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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