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- PDB-4um5: Crystal structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4um5
タイトルCrystal structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase from Moraxella catarrhalis in complex with Magnesium ion and Phosphate ion
要素3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
キーワードHYDROLASE / HAD SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
KdsC family / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase KdsC / :
類似検索 - 構成要素
生物種MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Dhindwal, S. / Tomar, S. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Ligand-Bound Structures of 3-Deoxy-D-Manno-Octulosonate 8-Phosphate Phosphatase from Moraxella Catarrhalis Reveal a Water Channel Connecting to the Active Site for the Second Step of Catalysis
著者: Dhindwal, S. / Priyadarshini, P. / Patil, D.N. / Tapas, S. / Kumar, P. / Tomar, S. / Kumar, P.
履歴
登録2014年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
B: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
C: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
D: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,35418
ポリマ－84,3404
非ポリマー1,01414
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-124.5 kcal/mol
Surface area25790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.795, 45.770, 87.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.32, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC


分子量: 21084.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F1X4B5, UniProt: A0A0J9X241*PLUS, 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 100 MM MG FORMATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE (PH 5.0), 28% W/V PEG 3350, 200MM SODIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月21日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.743
11-L, K, H20.257
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 26909 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N1U

3n1u


解像度: 2.34→31.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 15.605 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24578 1359 5.1 %RANDOM
Rwork0.18789 ---
obs0.19066 25542 89.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.722 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2 Å20 Å25.21 Å2
2--35.08 Å20 Å2
3----29.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→31.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5240 0 53 86 5379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9757190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.8225.439228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.50615973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3093.3082760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0964.9583443
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.623.4392579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.66727.5317843
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.341→2.402 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 51 -
Rwork0.235 1105 -
obs--52.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1170.5343-0.59641.4169-0.0613.2703-0.0394-0.4219-0.10620.23870.12370.0410.1586-0.3063-0.08430.1230.0377-0.09490.2130.02390.159114.671-0.0242.722
22.1923-0.18380.44460.7206-0.44162.9387-0.1103-0.16080.01680.06960.1579-0.2896-0.05740.3255-0.04760.02440.0168-0.07290.1872-0.07170.302742.7472.70929.391
34.0551-0.2067-0.78231.78320.4842.1285-0.06830.5863-0.1983-0.37860.1286-0.1149-0.05140.05-0.06030.1365-0.0514-0.06470.2531-0.06030.196529.424-0.0011.427
42.79440.87170.81762.18530.41932.5399-0.03660.2197-0.1041-0.10090.05690.4270.1486-0.4279-0.02030.0606-0.0435-0.10330.25190.01450.26551.259-2.52414.648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 173
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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