PDB-4ull: SOLUTION NMR STRUCTURE OF VEROTOXIN-1 B-SUBUNIT FROM E. COLI, 5 S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ull

タイトル

SOLUTION NMR STRUCTURE OF VEROTOXIN-1 B-SUBUNIT FROM E. COLI, 5 STRUCTURES

要素

Shiga toxin 1B

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated modulation of host virulence / hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Richardson, J.M. / Evans, P.D. / Homans, S.W. / Donohue-Rolfe, A.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the carbohydrate-binding B-subunit homopentamer of verotoxin VT-1 from E. coli.
著者: Richardson, J.M. / Evans, P.D. / Homans, S.W. / Donohue-Rolfe, A.

履歴

登録	1996年12月17日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月25日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ull.cif.gz	115.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ull.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ull.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ull_validation.pdf.gz	347.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ull_full_validation.pdf.gz	381.5 KB	表示
XML形式データ	4ull_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	4ull_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/4ull ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/4ull	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4rqm-2 2j6k-8 1cdn-d 2j6k-3 2j6k-1 4rqn-2 1m3c-d 1cka-d 2j6k-2 2fry-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Shiga toxin 1B

7.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	5 / 40	NO RESTRAINT VIOLATIONS ABOVE 0.7 ANGSTROM
代表モデル

#1: タンパク質	Shiga toxin 1B 分子量: 7698.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 属: , Lambda-like viruses / 生物種: , / 参照: UniProt: Q8G8Y6, UniProt: P69179*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	ASSIGNMENT HNCO
1	2	1	HCACO
1	3	1	HN(CO)CA
1	4	1	3D TOCSY. 1H-1H DISTANCE DERIVATION; 3D-NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON UNIFORMLY 13C, 15N-LABELED VEROTOXIN-1. IONIC_STRENGTH: 200 MM PRESSURE: ATMOSPHERIC SOLVENT SYSTEM: H20

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 温度: 318 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500.3 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR		BRUNGER	精密化
XPLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: NO RESTRAINT VIOLATIONS ABOVE 0.7 ANGSTROM
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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