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- PDB-4uj4: Crystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uj4
タイトルCrystal structure of human Rab11-Rabin8-FIP3
要素
  • Rab-3A-interacting protein
  • Rab11 family-interacting protein 3
  • Ras-related protein Rab-11A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CILIARY TARGETING COMPLEX / CILIUM / VESICULAR TRANSPORT / MEMBRANE TRAFFICKING / RABIN8 / RAB11 / FIP3
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body-plasma membrane docking / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of filopodium assembly / establishment of protein localization to organelle ...ciliary basal body-plasma membrane docking / regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / protein localization to cleavage furrow / synaptic vesicle endosomal processing / regulation of endocytic recycling / early endosome to recycling endosome transport / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of filopodium assembly / establishment of protein localization to organelle / negative regulation of adiponectin secretion / postsynaptic recycling endosome / positive regulation of mitotic cytokinetic process / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / protein localization to organelle / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / regulation of cilium assembly / regulation of protein transport / presynaptic endosome / astral microtubule organization / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / protein transmembrane transport / regulation of vesicle-mediated transport / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Golgi to plasma membrane transport / myosin V binding / positive regulation of cilium assembly / RAB geranylgeranylation / melanosome transport / proximal dendrite / multivesicular body assembly / Golgi to plasma membrane protein transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / endocytic recycling / establishment of protein localization to membrane / TBC/RABGAPs / protein localization to cell surface / syntaxin binding / protein targeting to membrane / dynein light intermediate chain binding / mitotic metaphase chromosome alignment / exocytosis / cleavage furrow / positive regulation of epithelial cell migration / cilium assembly / endocytic vesicle / mitotic spindle assembly / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / intercellular bridge / transport vesicle / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / multivesicular body / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cytoplasmic vesicle membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of cytokinesis / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / trans-Golgi network / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / small GTPase binding / centriolar satellite / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / spindle pole / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / synaptic vesicle membrane / protein transport / lamellipodium / G protein activity / GTPase binding / midbody / cytoplasmic vesicle / vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / molecular adaptor activity / endosome / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / calcium ion binding / centrosome / GTP binding
類似検索 - 分子機能
: / Rab11-FIP3-like domain / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : ...: / Rab11-FIP3-like domain / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Rab-binding domain FIP-RBD / FIP-RBD, C-terminal domain superfamily / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / FIP domain / FIP-RBD domain profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / EF-hand domain pair / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Rab11 family-interacting protein 3 / Ras-related protein Rab-11A / Rab-3A-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Vetter, M. / Lorentzen, E.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of Rab11-FIP3-Rabin8 reveals simultaneous binding of FIP3 and Rabin8 effectors to Rab11.
著者: Vetter, M. / Stehle, R. / Basquin, C. / Lorentzen, E.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Rab-3A-interacting protein
C: Rab11 family-interacting protein 3
D: Ras-related protein Rab-11A
E: Rab-3A-interacting protein
F: Rab11 family-interacting protein 3
G: Ras-related protein Rab-11A
H: Rab-3A-interacting protein
I: Rab11 family-interacting protein 3
J: Ras-related protein Rab-11A
K: Rab-3A-interacting protein
L: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,96720
ポリマ－201,78112
非ポリマー2,1868
水00
1
D: Ras-related protein Rab-11A
E: Rab-3A-interacting protein
F: Rab11 family-interacting protein 3
G: Ras-related protein Rab-11A
H: Rab-3A-interacting protein
I: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,98310
ポリマ－100,8906
非ポリマー1,0934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
J: Ras-related protein Rab-11A
K: Rab-3A-interacting protein
L: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-11A
B: Rab-3A-interacting protein
C: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,98310
ポリマ－100,8906
非ポリマー1,0934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
手法PISA
3
A: Ras-related protein Rab-11A
B: Rab-3A-interacting protein
C: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子

J: Ras-related protein Rab-11A
K: Rab-3A-interacting protein
L: Rab11 family-interacting protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,98310
ポリマ－100,8906
非ポリマー1,0934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.120, 161.701, 192.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ras-related protein Rab-11A / Rab-11 / YL8 / RAB11A


分子量: 20958.578 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPASE DOMAIN, RESIDUES 4-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11A, RAB11 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62491
#2: タンパク質
Rab-3A-interacting protein / Rab3A-interacting protein / Rabin-3 / SSX2-interacting protein


分子量: 22217.479 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 286-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IP, RABIN8 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96QF0
#3: タンパク質
Rab11 family-interacting protein 3 / Rab11-FIP3 / Arfophilin-1 / EF hands-containing Rab-interacting protein / Eferin / MU-MB-17.148


分子量: 7269.180 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 695-756 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB11FIP3, ARFO1, KIAA0665 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75154
#4: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
配列の詳細Q70L POINT MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8
詳細: 50MM MES PH 5.8, 0.2M AMMONIUM SULFATE AND 14% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→50 Å / Num. obs: 15003 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 149.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 4.2→4.4 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UJ3

4uj3


解像度: 4.2→49.469 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 829 5.3 %
Rwork0.2521 --
obs0.2529 15708 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→49.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11540 0 132 0 11672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15116186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9314292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2001-4.46310.32941570.31512393X-RAY DIFFRACTION100
4.4631-4.80740.33331130.27872459X-RAY DIFFRACTION100
4.8074-5.29070.27271220.27532459X-RAY DIFFRACTION100
5.2907-6.05510.31091340.2832486X-RAY DIFFRACTION100
6.0551-7.62430.23711560.25292458X-RAY DIFFRACTION100
7.6243-49.47270.23181470.21552624X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7022 Å / Origin y: -25.0956 Å / Origin z: -39.0344 Å
111213212223313233
T1.2042 Å2-0.2318 Å20.0425 Å2-1.219 Å20.1051 Å2--1.393 Å2
L0.5523 °2-0.2415 °20.0931 °2-0.7108 °20.5122 °2--1.0941 °2
S-0.0687 Å °0.1246 Å °0.1412 Å °0.0228 Å °0.0559 Å °-0.054 Å °0.0042 Å °0.054 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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