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- PDB-4uiq: Isolated globin domain of the Bordetella pertussis globin-coupled... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uiq
タイトルIsolated globin domain of the Bordetella pertussis globin-coupled sensor with a heme at the dimer interface
要素GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
キーワードTRANSFERASE / GLOBIN-COUPLED SENSOR / HEME-BASED SENSOR / OXYGEN AFFINITY / DIGUANYLATE CYCLASE / C-DI-GMP / BIOFILM FORMATION / ENZYME EFFICIENCY
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / nucleotide binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase DosC, globin sensor domain / : / DosC CZB-like middle domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...Diguanylate cyclase DosC, globin sensor domain / : / DosC CZB-like middle domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Diguanylate cyclase DosC
類似検索 - 構成要素
生物種BORDETELLA PERTUSSIS (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Germani, F. / Donne, J. / De Schutter, A. / Pesce, A. / Berghmans, H. / Van Hauwaert, M.-L. / Moens, L. / Van Doorslaer, S. / Bolognesi, M. / Nardini, M. / Dewilde, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Identification of a Putative Allosteric Site in the Sensor Domain of Bordetella Pertussis Globin- Coupled Sensor for the Control of Biofilm Formation
著者: Germani, F. / Donne, J. / De Schutter, A. / Pesce, A. / Berghmans, H. / Van Hauwaert, M.-L. / Moens, L. / Van Doorslaer, S. / Bolognesi, M. / Nardini, M. / Dewilde, S.
履歴
登録2015年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
B: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6509
ポリマ－39,9312
非ポリマー2,7197
水3,081171
1
B: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
ヘテロ分子

B: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5358
ポリマ－39,9312
非ポリマー2,6046
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-88.5 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
2
A: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
ヘテロ分子

A: GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,76510
ポリマ－39,9312
非ポリマー2,8348
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8230 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.960, 53.110, 81.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

HEM

21A-201-

HEM

31A-201-

HEM

41B-201-

HEM

51B-201-

HEM

-
要素

#1: タンパク質 GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY


分子量: 19965.529 Da / 分子数: 2 / 断片: GLOBIN DOMAIN, RESIDUES 1-169 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BORDETELLA PERTUSSIS (百日咳菌) / 株: TOHAMA I / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q7VTL8, diguanylate cyclase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE ISOLATED GLOBIN DOMAIN CORRESPONDS TO RESIDUES 1-169 OF THE COMPLETE SEQUENCE. TWO RESIDUES ...THE ISOLATED GLOBIN DOMAIN CORRESPONDS TO RESIDUES 1-169 OF THE COMPLETE SEQUENCE. TWO RESIDUES FROM THE PLASMID AND A HIS TAG ARE PRESENT AT THE C-TERMINAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.8 - 1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 6.0 - 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97911
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.28 Å / Num. obs: 42168 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.55→40.521 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 2116 5 %
Rwork0.1556 --
obs0.1581 42072 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2402 0 189 171 2762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8143815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.898956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58610.22851410.15452631X-RAY DIFFRACTION97
1.5861-1.62570.23861490.15052662X-RAY DIFFRACTION97
1.6257-1.66970.21771220.14042585X-RAY DIFFRACTION95
1.6697-1.71880.2041520.13792612X-RAY DIFFRACTION97
1.7188-1.77430.22751430.13512670X-RAY DIFFRACTION98
1.7743-1.83770.20021360.13162670X-RAY DIFFRACTION98
1.8377-1.91130.19341390.13252664X-RAY DIFFRACTION98
1.9113-1.99830.24031240.13392624X-RAY DIFFRACTION96
1.9983-2.10360.20971240.13832671X-RAY DIFFRACTION98
2.1036-2.23540.19761350.142693X-RAY DIFFRACTION98
2.2354-2.4080.19541660.1472684X-RAY DIFFRACTION98
2.408-2.65030.19671410.15832605X-RAY DIFFRACTION96
2.6503-3.03370.21461450.16482734X-RAY DIFFRACTION99
3.0337-3.82170.19551420.16272665X-RAY DIFFRACTION97
3.8217-40.53440.19811570.17932786X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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