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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uiq | ||||||
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タイトル | Isolated globin domain of the Bordetella pertussis globin-coupled sensor with a heme at the dimer interface | ||||||
![]() | GLOBIN-COUPLED SENSOR WITH DIGUANYLATE CYCLASE ACTIVITY | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLOBIN-COUPLED SENSOR / HEME-BASED SENSOR / OXYGEN AFFINITY / DIGUANYLATE CYCLASE / C-DI-GMP / BIOFILM FORMATION / ENZYME EFFICIENCY | ||||||
機能・相同性 | ![]() diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / heme binding / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Germani, F. / Donne, J. / De Schutter, A. / Pesce, A. / Berghmans, H. / Van Hauwaert, M.-L. / Moens, L. / Van Doorslaer, S. / Bolognesi, M. / Nardini, M. / Dewilde, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a Putative Allosteric Site in the Sensor Domain of Bordetella Pertussis Globin- Coupled Sensor for the Control of Biofilm Formation 著者: Germani, F. / Donne, J. / De Schutter, A. / Pesce, A. / Berghmans, H. / Van Hauwaert, M.-L. / Moens, L. / Van Doorslaer, S. / Bolognesi, M. / Nardini, M. / Dewilde, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19965.529 Da / 分子数: 2 / 断片: GLOBIN DOMAIN, RESIDUES 1-169 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IMD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE ISOLATED GLOBIN DOMAIN CORRESPONDS TO RESIDUES 1-169 OF THE COMPLETE SEQUENCE. TWO RESIDUES ...THE ISOLATED GLOBIN DOMAIN CORRESPOND | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.69 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.8 - 1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 6.0 - 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→42.28 Å / Num. obs: 42168 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.55→40.521 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.521 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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