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- PDB-4ui2: Crystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ui2
タイトルCrystal structure of the ternary RGMB-BMP2-NEO1 complex
要素
  • (REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, ...) x 2
  • BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2
  • NEOGENIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE / BONE MORPHOGENETIC PROTEIN PATHWAY / HEMOJUVELIN / MORPHOGEN / AXON GUIDANCE / CELL SURFACE RECEPTOR SIGNALING / NEOGENIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development ...cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / positive regulation of phosphatase activity / cardiac jelly development / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / negative regulation of steroid biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / enzyme activator complex / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / ameloblast differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / aortic valve development / pericardium development / telencephalon regionalization / heart induction / negative regulation of axon regeneration / positive regulation of cartilage development / positive regulation of odontogenesis / Netrin-1 signaling / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lung vasculature development / BMP receptor complex / proteoglycan metabolic process / co-receptor binding / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / telencephalon development / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / endocardial cushion formation / Transcriptional regulation by RUNX2 / phosphatase activator activity / positive regulation of astrocyte differentiation / regulation of axon regeneration / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / myoblast fusion / astrocyte differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / positive regulation of ossification / positive regulation of p38MAPK cascade / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / Myogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / intracellular vesicle / bone mineralization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / odontogenesis of dentin-containing tooth / inner ear development / negative regulation of cell cycle / protein secretion / positive regulation of SMAD protein signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of protein secretion / chondrocyte differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / coreceptor activity / side of membrane / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / axon guidance / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / animal organ morphogenesis / cytokine activity / skeletal system development / response to bacterium / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / postsynaptic density membrane / protein destabilization / cell-cell adhesion / bone development
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Protein Transport Mog1p; Chain A / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminal domain / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminal domain / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Protein Transport Mog1p; Chain A / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Immunoglobulin domain / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S,R MESO-TARTARIC ACID / Bone morphogenetic protein 2 / Neogenin / Repulsive guidance molecule B / Neogenin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Repulsive Guidance Molecule is a Structural Bridge between Neogenin and Bone Morphogenetic Protein.
著者: Healey, E.G. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Bell, C.H. / Padilla-Parra, S. / Siebold, C.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEOGENIN
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2
C: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
D: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5069
ポリマ－83,4104
非ポリマー1,0965
水00
1
A: NEOGENIN
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2
C: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
D: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
ヘテロ分子

A: NEOGENIN
B: BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2
C: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
D: REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,01118
ポリマ－166,8198
非ポリマー2,19210
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area19580 Å2
ΔGint-82.8 kcal/mol
Surface area52290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.080, 120.080, 204.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NEOGENIN


分子量: 29221.842 Da / 分子数: 1 / 断片: 5TH AND 6TH FN TYPE 3 LIKE DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN C AND CHAIN D IS THE RESULT OF AN AUTOCATALYTIC CLEAVAGE BETWEEN RESIDUES ASP168 AND PRO169
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P97798, UniProt: Q92859*PLUS
#2: タンパク質 BONE MORPHOGENETIC PROTEIN 2, BMP2


分子量: 12923.854 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN SIGNALING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P12643

-
REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN


分子量: 13318.698 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 50-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#4: タンパク質 REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE C, RGMC, HEMOJUVELIN


分子量: 27945.352 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 169-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40

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糖 , 1種, 1分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 4分子

#6: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細BETA-D-MANNOSE (BMA): BELONGS TO THE N-LINKED GLYCOSYLATION SITE, COVALENTLY BOUND TO NAG D 1195 N- ...BETA-D-MANNOSE (BMA): BELONGS TO THE N-LINKED GLYCOSYLATION SITE, COVALENTLY BOUND TO NAG D 1195 N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): BELONG TO THE N-LINKED GLYCOSYLATION SITE. NAG D 1193 IS COVALENTLY LINKED TO ASN A 940
配列の詳細ECTODOMAIN OF HUMAN RGMB WITH 3 ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C-TERMINAL ...ECTODOMAIN OF HUMAN RGMB WITH 3 ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C-TERMINAL RESIDUES ( GTKHHHHHH). 5TH AND 6TH FN TYPE 3 LIKE DOMAINS OF MOUSE NEO1 WITH 3 ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (ETG) AND 9 ADDITIONAL C- TERMINAL RESIDUES (GTKHHHHHH).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 12% (V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→103.5 Å / Num. obs: 26245 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 42.631 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.472 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. THE DISULPHIDE LINKED BMP2 DIMER IS ON A TWO-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23609 1248 4.8 %RANDOM
Rwork0.19591 ---
obs0.19779 24934 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 133.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.46 Å20 Å20 Å2
2--5.46 Å20 Å2
3----10.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4238 0 73 0 4311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.966016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12739414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9825534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20923.947190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.6515707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2871524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214919
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5278.572158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5178.5642156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.39812.8272684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.39912.8322685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2749.3762261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2729.3772262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.48613.8523333
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.42982.32817939
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.42882.3317940
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 81 -
Rwork0.41 1751 -
obs--96.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0581-2.04062.21923.0011-4.42296.7419-0.0710.6959-0.5309-0.1714-0.1617-0.03580.186-0.02660.23280.91240.1116-0.10580.4352-0.24190.168741.9123.447-26.166
21.2759-0.9571.65352.16430.46884.29750.3080.16620.03030.30290.0096-0.2481.40420.4348-0.31761.14410.4001-0.18650.43850.01560.068660.099-17.7187.518
36.05592.8843.98412.99762.80783.171-0.13540.37470.1586-0.34050.10590.1088-0.31360.15780.02950.52250.00310.0790.37420.09030.223731.822-19.759-48.184
40.46540.7013-0.05871.43710.88382.53190.3515-0.26040.28240.4411-0.65460.559-0.1223-0.63670.30310.8906-0.00550.24030.76010.10680.595924.817-22.889-25.625
50.7672-0.59090.38931.38280.53893.42340.0658-0.2264-0.0076-0.0402-0.10270.15880.5668-0.09620.03690.5028-0.00320.00150.50740.04590.120346.177-0.34610.745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A883 - 982
2X-RAY DIFFRACTION2A983 - 1085
3X-RAY DIFFRACTION3B293 - 396
4X-RAY DIFFRACTION4C52 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5C137 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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