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- PDB-4uhv: The structure of VgrG1, the needle tip of the bacterial Type VI S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhv
タイトルThe structure of VgrG1, the needle tip of the bacterial Type VI Secretion System
要素VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / VGRG1 / VIRULENCE / TOXIN / EFFECTOR / PUNCTURING DEVICE / SPIKE / T6SS / P. AERUGINOSA
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting Protein - #110 / Pnp Oxidase; Chain A - #50 / Gp5 N-terminal domain / Baseplate protein-like domains / Light-harvesting Protein / : / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein ...Light-harvesting Protein - #110 / Pnp Oxidase; Chain A - #50 / Gp5 N-terminal domain / Baseplate protein-like domains / Light-harvesting Protein / : / Bacteriophage T4 gp5 C-terminal trimerisation domain / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / : / Pnp Oxidase; Chain A / 3-Layer(bab) Sandwich / Few Secondary Structures / Irregular / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system spike protein VgrG1a
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Spinola-Amilibia, M. / Davo-Siguero, I. / Ruiz, F.M. / Santillana, E. / Medrano, F.J. / Romero, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: The Structure of Vgrg1 from Pseudomonas Aeruginosa, the Needle Tip of the Bacterial Type Vi Secretion System
著者: Spinola-Amilibia, M. / Davo-Siguero, I. / Ruiz, F.M. / Santillana, E. / Medrano, F.J. / Romero, A.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
B: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,82953
ポリマ－147,1832
非ポリマー1,64651
水11,602644
1
B: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子

B: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子

B: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,91799
ポリマ－220,7753
非ポリマー3,14296
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area53100 Å2
ΔGint-295.3 kcal/mol
Surface area102870 Å2
手法PQS
2
A: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子

A: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子

A: VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,57160
ポリマ－220,7753
非ポリマー1,79657
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area52980 Å2
ΔGint-282.6 kcal/mol
Surface area105410 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.620, 78.620, 430.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質 VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1


分子量: 73591.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PET29_VGRG1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q9I741
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % / 解説: TWINNED DATA, L-TEST OF 0.34
結晶化pH: 7.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1 M HEPES PH 7.2, 0.2 M LITHIUM SULPHATE AND 38 % MPD; THEN THE CRYSTAL WAS SOAKED IN 2 MM NEODYMIUM (III) SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.72785
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月24日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.72785 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11K, H, -L20.5
反射解像度: 1.88→86.06 Å / Num. obs: 111022 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 56.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MTK

4mtk


解像度: 2→71.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 3.812 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24845 4702 5 %RANDOM
Rwork0.22332 ---
obs0.22457 90119 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.92 Å20 Å20 Å2
2--5.92 Å20 Å2
3----11.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→71.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10189 0 51 644 10884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.95114185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.934322228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.67351299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.69223.43554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.317151641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.13115105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8523.7355166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8513.7355165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7715.5996457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7715.5996458
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5263.7615296
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5243.765294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2085.6337722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23229.99111876
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.12729.98611798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 313 -
Rwork0.249 6063 -
obs--85.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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