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- PDB-4uhm: Characterization of a Novel Transaminase from Pseudomonas sp. Str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhm
タイトルCharacterization of a Novel Transaminase from Pseudomonas sp. Strain AAC
要素OMEGA AMINO ACID-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / BIOCATALYSIS / TRANSAMINASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Omega amino acid--pyruvate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Wilding, M. / Peat, T.S. / Newman, J. / Scott, C.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: A Beta-Alanine Catabolism Pathway Containing a Highly Promiscuous Omega-Transaminase in the 12-Aminododecanate-Degrading Pseudomonas Sp. Strain Aac.
著者: Wilding, M. / Peat, T.S. / Newman, J. / Scott, C.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA AMINO ACID-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,21913
ポリマ－50,3601
非ポリマー85912
水10,539585
1
A: OMEGA AMINO ACID-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: OMEGA AMINO ACID-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,43926
ポリマ－100,7202
非ポリマー1,71824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_757-x+2,y,-z+21
Buried area15990 Å2
ΔGint-127.7 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.877, 119.971, 134.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1449-

MG

21A-2200-

HOH

31A-2232-

HOH

41A-2237-

HOH

51A-2288-

HOH

61A-2339-

HOH

71A-2432-

HOH

81A-2577-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 OMEGA AMINO ACID-PYRUVATE AMINOTRANSFERASE


分子量: 50360.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SEQUENCE HAS AN N-TERMINAL HIS-TAG AND THROMBIN SITE ADDED.
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. (バクテリア) / 株: ACC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: A0A081YAY5, beta-alanine-pyruvate transaminase

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非ポリマー , 7種, 597分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細NATIVE SEQUENCE HAS AN N-TERMINAL HIS-TAG AND THROMBIN SITE ADDED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS AT 8 MG/ML AND 200 NL PLUS 200 NL DROPS WERE SET UP WITH THE RESERVOIR CONDITION OF 10% PEG 4000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→44.7 Å / Num. obs: 116297 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A8U

3a8u


解像度: 1.33→89.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 1.151 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THE PLP COFACTOR IS NOT WELL RESOLVED IN THE DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12644 5822 5 %RANDOM
Rwork0.107 ---
obs0.10797 110474 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→89.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3299 0 52 585 3936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9685233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95738486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83824.518166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51515644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8091520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7341.1221956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7331.1221955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9481.9082508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8241.4491882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.26837508
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.227540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.92957952
LS精密化 シェル解像度: 1.329→1.364 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 416 -
Rwork0.199 7968 -
obs--97.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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