PDB-4uhb: Laboratory evolved variant R-C1 of potato epoxide hydrolase StEH1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uhb

タイトル

Laboratory evolved variant R-C1 of potato epoxide hydrolase StEH1

要素

EPOXIDE HYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / DIRECTED EVOLUTION

機能・相同性

機能・相同性情報

epoxide hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nilsson, M.T.I. / Carlsson, A.J. / Dobritzsch, D. / Widersten, M.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Laboratory Evolved Enzymes Provide Snapshots of the Development of Enantioconvergence in Enzyme-Catalyzed Epoxide Hydrolysis.
著者: Janfalk Carlsson, A. / Bauer, P. / Dobritzsch, D. / Nilsson, M. / Kamerlin, S.C. / Widersten, M.

履歴

登録	2015年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uhb.cif.gz	270 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uhb.ent.gz	221.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uhb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uhb_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uhb_full_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示
XML形式データ	4uhb_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	4uhb_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/4uhb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/4uhb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ufoC 4ufpC 2cjpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cjp-1 4ufn-2 4ufp-2 4ufp-1 2feq-d 4ufo-1 4y9s-2 3cxu-2 3cxu-1 2cjp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EPOXIDE HYDROLASE

B: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

75.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.800, 96.330, 121.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 320 / Label seq-ID: 3 - 320

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7088, 0.6543, -0.2637), (0.6881, -0.559, 0.4626), (0.1552, -0.5094, -0.8464)
ベクター: -17.5226, 103.5281, 85.043)

#1: タンパク質	EPOXIDE HYDROLASE / STEH1 分子量: 37171.562 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SOLANUM TUBEROSUM (ジャガイモ) / プラスミド: PGTAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q41415, epoxide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: PROTEIN IN 30 MM TRIS-HCL, PH 7.4 MIXED 1:1 WITH 0.1 M HEPES PH 7.5, 20 % PEG 10,000. THEN SOAKED IN25% (V/V) GLYCEROL, 75 MM HEPES, PH7.68, PEG 10,000 22.5 % (W/V)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979736
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979736 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→32.8 Å / Num. obs: 61576 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CJP

2cjp

解像度: 1.8→32.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 5.803 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2109	3006	5 %	RANDOM
R_work	0.19865	-	-	-
obs	0.19926	57139	97.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5124	0	62	591	5777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	5341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.65	1.957	7245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.427	3	11740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.349	23.833	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.944	15	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.247	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.742	1.004	2560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.736	1.004	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.15	1.502	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.317	1.183	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19498 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	222	-
R_work	0.255	4221	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.753	-5.464	-6.709	5.213	4.4942	18.4527	0.245	0.4496	0.5678	0.2006	-0.2408	1.0162	-0.7031	-1.4869	-0.0042	0.2131	0.0242	0.0929	0.1904	0.0434	0.4585	21.5093	85.7954	-0.6651
2	0.6644	-0.0626	-0.099	0.3599	0.018	1.0338	0.0049	0.0668	0.0198	-0.0379	-0.0072	0.017	-0.0432	-0.0269	0.0022	0.0377	0.0007	-0.0052	0.0396	0.0044	0.0463	36.8087	91.7514	1.372
3	2.0282	1.7742	-1.639	5.5162	-2.6379	1.9652	0.0623	-0.0489	0.0075	0.2381	-0.1587	-0.2505	-0.1576	0.2305	0.0965	0.0575	-0.0142	-0.0228	0.1114	0.0069	0.0572	59.4631	85.3021	10.6299
4	0.587	-0.0337	-0.1052	0.7213	-0.1922	0.5521	-0.0172	-0.0446	-0.0188	0.0675	0.0033	-0.0106	-0.0039	0.0211	0.0138	0.0299	0.0041	-0.0095	0.0372	-0.0012	0.021	43.5805	85.6527	13.0699
5	4.7601	1.7046	-0.5347	34.4508	9.2526	14.5011	0.3461	-0.2374	-0.5345	0.8602	-0.1645	0.79	0.8129	-0.8419	-0.1815	0.0962	-0.0561	-0.0213	0.1663	0.0458	0.1789	2.1137	79.5646	53.6471
6	0.7105	0.0024	0.1006	1.0242	0.3305	1.0151	-0.0167	-0.1043	-0.02	0.0596	0.0312	0.0619	0.1022	-0.037	-0.0145	0.0461	0.0054	0.0007	0.0585	0.0017	0.0468	17.381	84.7018	51.016
7	4.1575	-0.2859	5.1879	0.662	-0.247	7.0471	-0.1094	0.5045	0.137	-0.1798	-0.1121	-0.1717	-0.1567	0.5663	0.2215	0.1151	-0.0134	0.0454	0.1731	-0.0086	0.1228	33.552	97.9584	35.4923
8	0.6861	0.1804	0.2842	0.6842	0.2613	1.0664	-0.0309	0.0362	0.0623	-0.1647	0.0364	0.1312	-0.1235	-0.1469	-0.0055	0.0512	0.0062	-0.0376	0.076	0.0136	0.0505	14.7575	95.0352	34.3875
9	1.6335	-0.1736	0.0707	1.3542	-0.3097	1.5976	0.0213	0.1009	-0.1277	-0.1169	-0.0015	-0.1163	0.1344	0.0833	-0.0198	0.044	0.0177	0.0016	0.0336	-0.0183	0.0512	26.833	77.03	38.7461

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	133 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	158 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	8 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	133 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	152 - 248
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	249 - 321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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