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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ug3 | ||||||
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タイトル | B. subtilis GpsB N-terminal Domain | ||||||
要素 | CELL CYCLE PROTEIN GPSB細胞周期 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / BACTERIAL GROWTH REGULATION / CELL WALL SYNTHESIS / CELL DIVISION (細胞分裂) | ||||||
機能・相同性 | Cell cycle protein GpsB / DivIVA family / DivIVA domain / DivIVA protein / regulation of cell shape / 細胞周期 / 細胞分裂 / 細胞質 / Cell cycle protein GpsB 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grohennig, S. / Steglich, A. / Moller, L. / Krishna Mannala, G. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016 タイトル: Structure of the Bacterial Cell Division Determinant Gpsb and its Interaction with Penicillin Binding Proteins. 著者: Rismondo, J. / Cleverley, R.M. / Lane, H.V. / Grosshennig, S. / Steglich, A. / Moller, L. / Mannala, G.K. / Hain, T. / Lewis, R.J. / Halbedel, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ug3.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ug3.ent.gz | 44.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ug3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/4ug3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/4ug3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8413.601 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 1-68 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CI74 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.05M BIS TRIS PH 6.5, 0.05M AMMONIUM SULPHATE, 30% PENTAERYTHRITOL ETHOXYLATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50.3 Å / Num. obs: 7791 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4UG1 解像度: 2.8→50.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 17.384 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.503 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50.3 Å
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拘束条件 |
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