PDB-4uej: Closed state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uej

タイトル

Closed state of galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase from E. coli in complex with glycerol.

要素

GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase / galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase activity / galactitol catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Gago, F. / Acebron, I. / de las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Enantioselective Oxidation of Galactitol 1-Phosphate by Galactitol-1-Phosphate 5-Dehydrogenase from Escherichia Coli
著者: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Kohring, G.W. / Cortes-Cabrera, A. / Sanchez-Murcia, P.A. / Gago, F. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2014年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uej.cif.gz	289.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uej.ent.gz	234.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uej_validation.pdf.gz	457 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uej_full_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示
XML形式データ	4uej_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	4uej_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uekC 4ueoC 4a2cS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uek-d 5vkt-2 4eez-d 1ee2-d 1qv7-d 5kvs-d 1p0f-d 1d1s-3 1axg-1 5cdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (9) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE

B: GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

75.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.311, 78.810, 68.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GALACTITOL-1-PHOSPHATE 5-DEHYDROGENASE 分子量: 37430.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P0A9S3, galactitol-1-phosphate 5-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96885
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96885 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→45.19 Å / Num. obs: 10144 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A2C

4a2c

解像度: 1.74→41.672 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2281	3523	5 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.1872	69940	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5254	0	17	654	5925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.113	7457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.624	2004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	967

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7638	0.2929	146	0.242	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7638-1.789	0.2813	134	0.2382	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
1.789-1.8157	0.2886	154	0.2267	2614	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8157-1.8441	0.2654	119	0.2195	2650	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8441-1.8744	0.2934	115	0.2061	2606	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8744-1.9067	0.2625	126	0.1982	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9067-1.9413	0.2513	141	0.1978	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9413-1.9787	0.2591	144	0.1932	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9787-2.0191	0.2482	141	0.1933	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0191-2.063	0.2405	144	0.1806	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.063-2.111	0.215	135	0.1874	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.111-2.1637	0.2366	132	0.1851	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1637-2.2222	0.2364	144	0.1733	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2222-2.2876	0.2312	134	0.1756	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2876-2.3615	0.2273	122	0.1784	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3615-2.4459	0.2227	146	0.1869	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4459-2.5438	0.2317	136	0.1846	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.6595	0.2317	169	0.1974	2564	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6595-2.7997	0.2374	145	0.1944	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7997-2.9751	0.2369	145	0.189	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9751-3.2047	0.2208	161	0.1857	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2047-3.5271	0.1998	159	0.1745	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5271-4.0371	0.1898	154	0.1624	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0371-5.0848	0.2023	137	0.1569	2679	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0848-41.6843	0.2335	140	0.1943	2747	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6354	-0.6187	0.5437	0.8226	-0.1496	2.9073	0.0658	0.4346	-0.3105	-0.1731	-0.0068	0.059	0.2404	0.2572	-0.0244	0.2402	-0.0066	0.0061	0.2696	-0.0685	0.1754	68.2749	-2.0309	10.654
2	1.3841	0.0935	-0.3022	0.7324	0.0892	3.1767	0.0147	0.205	-0.0757	-0.163	0.0086	-0.0176	-0.0869	0.1851	-0.0114	0.0986	-0.0015	0.0071	0.0998	-0.0057	0.1192	69.1273	3.346	23.0025
3	2.1174	0.3859	-0.2931	0.5961	-0.3926	1.3256	0.0554	-0.3156	-0.3686	0.0432	-0.0819	-0.0856	0.1566	0.185	-0.0161	0.086	0.0147	-0.0056	0.1152	0.0405	0.1388	63.931	-4.7084	43.0176
4	2.254	-0.4232	-0.1004	1.1828	1.1341	2.0519	0.0548	0.3237	-0.288	-0.0646	0.0159	-0.0254	0.2544	0.264	-0.0302	0.1874	0.0456	-0.002	0.1677	-0.037	0.1617	74.5182	-0.7828	22.724
5	2.1505	-0.6047	0.4491	1.0389	-0.259	2.1632	0.0138	0.0939	-0.1383	-0.1228	-0.0227	0.1002	0.1524	-0.0037	0.0254	0.1626	-0.0151	0.0082	0.0914	-0.0104	0.1014	84.0513	37.5313	71.7712
6	0.4764	0.0845	-0.4208	0.2014	0.2913	3.5071	0.0039	-0.0176	0.0645	-0.0859	-0.0165	0.0106	-0.1221	0.0898	0.0195	0.0755	0.0023	0.0053	0.0622	0.0079	0.104	85.094	43.0427	84.0647
7	2.457	0.2598	-0.2176	0.6932	-0.2858	1.0482	0.0386	-0.2828	-0.2776	0.0329	-0.0568	-0.0467	0.1126	0.1695	0	0.0826	0.015	0.0006	0.1185	0.0218	0.0976	80.1375	34.8263	103.8899
8	3.2072	-0.7211	-0.0318	2.1867	0.8334	2.805	0.0509	-0.0562	-0.0987	-0.0054	-0.0408	-0.0825	0.1081	0.1326	-0.0147	0.1125	-0.0032	0.0101	0.1123	0.0198	0.0599	90.7482	38.8168	83.8136

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 103 THROUGH 182 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 183 THROUGH 285 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 286 THROUGH 346 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 183 THROUGH 285 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 286 THROUGH 346 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)