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- PDB-4ue2: Structure of air-treated anaerobically purified D. fructosovorans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ue2
タイトルStructure of air-treated anaerobically purified D. fructosovorans NiFe-hydrogenase
要素
  • HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
  • NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE / NI-SIB STATE / NI-B STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / cell envelope / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: [Nife]-Hydrogenases Revisited: Nickel-Carboxamido Bond Formation in a Variant with Accrued O2-Tolerance and a Tentative Re-Interpretation of Ni-Si States.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / De Lacey, A.L. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,54630
ポリマ－264,4076
非ポリマー4,13924
水32,3551796
1
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4469
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,3107
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-122.5 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
2
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,56211
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,4269
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-126.9 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
3
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,53810
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,4028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-121.6 kcal/mol
Surface area25160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.090, 99.650, 184.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14Q
24R
34S
15Q
25R
35S
16Q
26R
36S

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A8 - 28
2111B8 - 28
3111C8 - 28
1211A31 - 36
2211B31 - 36
3211C31 - 36
1311A40 - 53
2311B40 - 53
3311C40 - 53
1411A56 - 57
2411B56 - 57
3411C56 - 57
1511A59 - 60
2511B59 - 60
3511C59 - 60
1611A63 - 64
2611B63 - 64
3611C63 - 64
1711A69 - 70
2711B69 - 70
3711C69 - 70
1811A72 - 81
2811B72 - 81
3811C72 - 81
1911A86 - 91
2911B86 - 91
3911C86 - 91
11011A93 - 94
21011B93 - 94
31011C93 - 94
1121A173 - 175
2121B173 - 175
3121C173 - 175
1221A178 - 179
2221B178 - 179
3221C178 - 179
1321A183 - 187
2321B183 - 187
3321C183 - 187
1421A199 - 202
2421B199 - 202
3421C199 - 202
1521A204
2521B204
3521C204
1621A207 - 208
2621B207 - 208
3621C207 - 208
1721A210 - 213
2721B210 - 213
3721C210 - 213
1821A216 - 220
2821B216 - 220
3821C216 - 220
1921A222 - 228
2921B222 - 228
3921C222 - 228
11021A230 - 233
21021B230 - 233
31021C230 - 233
1131A235 - 254
2131B235 - 254
3131C235 - 254
1231A256 - 258
2231B256 - 258
3231C256 - 258
1331A260 - 261
2331B260 - 261
3331C260 - 261
1431A265 - 266
2431B265 - 266
3431C265 - 266
1141Q15 - 32
2141R15 - 32
3141S15 - 32
1241Q41 - 56
2241R41 - 56
3241S41 - 56
1341Q58 - 61
2341R58 - 61
3341S58 - 61
1441Q58 - 91
2441R58 - 91
3441S58 - 91
1541Q95 - 115
2541R95 - 115
3541S95 - 115
1641Q117 - 130
2641R117 - 130
3641S117 - 130
1741Q177 - 180
2741R177 - 180
3741S177 - 180
1841Q197 - 205
2841R197 - 205
3841S197 - 205
1941Q215 - 240
2941R215 - 240
3941S215 - 240
11041Q423 - 439
21041R423 - 439
31041S423 - 439
1151Q468 - 483
2151R468 - 483
3151S468 - 483
1251Q493 - 505
2251R493 - 505
3251S493 - 505
1351Q521 - 525
2351R521 - 525
3351S521 - 525
1451Q530 - 533
2451R530 - 533
3451S530 - 533
1551Q534 - 549
2551R534 - 549
3551S534 - 549
1651Q550 - 553
2651R550 - 553
3651S550 - 553
1161Q280 - 286
2161R280 - 286
3161S280 - 286
1261Q289 - 299
2261R289 - 299
3261S289 - 299
1361Q301 - 302
2361R301 - 302
3361S301 - 302
1461Q304 - 318
2461R304 - 318
3461S304 - 318
1561Q368 - 376
2561R368 - 376
3561S368 - 376
1661Q380 - 392
2661R380 - 392
3661S380 - 392

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.39211, -0.746702, 0.537295), (-0.754797, -0.595025, -0.276091), (0.525862, -0.29729, -0.796924)29.936, 73.106, 54.791
2given(0.384845, 0.743865, 0.546406), (0.73939, -0.602806, 0.299879), (0.552446, 0.2886, -0.781993)-5.744, 53.802, 114.976
3given(0.388714, -0.745225, 0.541794), (-0.751178, -0.596834, -0.281994), (0.53351, -0.297369, -0.791795)29.91, 73.179, 54.707
4given(0.381173, 0.744294, 0.548392), (0.738146, -0.602162, 0.304207), (0.55664, 0.288837, -0.778926)-5.727, 53.776, 114.926
5given(1), (1), (1)
6given(0.390582, -0.753225, 0.529242), (-0.747949, -0.594816, -0.294562), (0.536673, -0.280795, -0.795698)14.4441, 82.07063, 48.02131
7given(0.382854, 0.738418, 0.555123), (0.743238, -0.603087, 0.289627), (0.548653, 0.301704, -0.779715)-101.2888, 3.44239, 76.55957
8given(1), (1), (1)
9given(0.398657, -0.754288, 0.521654), (-0.743376, -0.598889, -0.297866), (0.53709, -0.269039, -0.79947)14.67931, 82.27065, 47.53409
10given(0.387338, 0.742167, 0.546953), (0.745536, -0.601151, 0.287739), (0.542352, 0.296321, -0.786161)-100.54207, 3.50139, 77.70268
11given(1), (1), (1)
12given(0.395446, -0.754675, 0.523534), (-0.741545, -0.598659, -0.30285), (0.541972, -0.268463, -0.796363)14.69721, 82.56107, 47.16584
13given(0.38573, 0.740107, 0.550867), (0.746065, -0.601473, 0.285686), (0.54277, 0.300785, -0.784174)-100.92255, 3.79806, 77.14828
14given(1), (1), (1)
15given(0.39067, -0.751357, 0.531827), (-0.744629, -0.59761, -0.297305), (0.541207, -0.279866, -0.79295)14.17395, 82.25584, 47.6924
16given(0.38221, 0.739035, 0.554746), (0.744716, -0.601765, 0.288578), (0.547096, 0.302831, -0.780371)-101.33199, 3.45629, 76.54316
17given(1), (1), (1)
18given(0.391059, -0.750298, 0.533034), (-0.745896, -0.597651, -0.294028), (0.539177, -0.282606, -0.793361)14.04317, 82.17583, 48.01025
19given(0.379438, 0.741453, 0.55342), (0.744455, -0.599838, 0.293226), (0.549376, 0.300736, -0.77958)-101.34235, 2.84978, 76.5834
20given(1), (1), (1)
21given(0.388652, -0.750304, 0.534784), (-0.745497, -0.59716, -0.296032), (0.541465, -0.283626, -0.791437)14.04767, 82.21365, 47.87507
22given(0.383575, 0.737064, 0.556424), (0.74334, -0.60394, 0.287578), (0.54801, 0.303304, -0.779546)-101.34701, 3.69465, 76.40166

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質 HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 28347.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質 NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 59788.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 1820分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.3
詳細: CRYSTALLIZATION IN GLOVEBOX, PH 6.3, 293K, PEG6000, MES, CRYSTAL EXPOSED 52 HOURS TO AIR BEFORE FLASH- COOLING AND DATA COLLECTION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9741
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→30 Å / Num. obs: 150075 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRV

2frv


解像度: 2.02→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.07 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19135 7604 5.1 %RANDOM
Rwork0.16381 ---
obs0.16518 142471 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18411 0 127 1796 20334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01919138
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.96425929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.63452415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90924.457774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.055153034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9541572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8111.4369666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2722.41612073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1131.5259472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7277.22731784
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A4903.01
12B4901.66
13C4902.4
21A2824.27
22B2826.64
23C2822.73
31A2173.24
32B2175.35
33C2172.32
41Q12522.72
42R12522.03
43S12522.75
51Q4142.73
52R4141.67
53S4143.53
61Q4333.4
62R4331.33
63S4334.02
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 543 -
Rwork0.236 10012 -
obs--94.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3437-0.0370.01970.4024-0.1360.6444-0.0184-0.0040.06220.09350.049-0.0067-0.1542-0.0275-0.03060.16250.0192-0.02150.05850.00240.11326.538117.878312.6566
20.2344-0.0556-0.33010.329-0.20350.78260.00470.0250.0196-0.001-0.0188-0.06580.00070.04810.01420.1051-0.0055-0.02470.08270.00380.130422.88849.4851-7.8829
30.1836-0.0047-0.02150.3297-0.02710.4221-0.0245-0.0184-0.02940.0550.0197-0.01340.09250.00160.00490.13330.0125-0.01890.06010.00630.10288.0871-6.617915.0283
40.674-0.0507-0.32570.87870.170.6485-0.0430.01-0.11230.0388-0.09360.15120.2124-0.15540.13670.1049-0.04480.01220.1123-0.00480.16925.938454.094342.7798
50.83480.5494-0.07890.65860.21050.36910.0503-0.2397-0.04720.2597-0.14360.1230.325-0.0910.09320.3607-0.07550.11640.25060.11130.145727.648852.299570.2687
60.343-0.02520.00510.38260.16010.5333-0.0165-0.0806-0.00570.03920.0058-0.00840.07630.07220.01080.08820.0247-0.02230.11930.01830.098546.079466.880849.1554
70.27360.0631-0.08350.56440.0231.11160.08320.0573-0.0075-0.0229-0.0837-0.0990.07110.17130.00050.09740.038-0.03880.16190.0240.107716.758251.5614113.9505
80.2164-0.2501-0.23330.5172-0.06450.96650.0343-0.0050.01250.0977-0.029-0.0261-0.07330.0648-0.00530.208-0.0462-0.0340.11440.00830.09455.849362.6673136.5157
90.3909-0.1476-0.20450.4450.040.82780.18630.18870.0692-0.008-0.1333-0.0403-0.188-0.1287-0.0530.14190.08370.00010.17440.04760.06260.608268.2998105.8815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 175
2X-RAY DIFFRACTION1A267
3X-RAY DIFFRACTION2A176 - 264
4X-RAY DIFFRACTION2A265 - 266
5X-RAY DIFFRACTION3Q5 - 549
6X-RAY DIFFRACTION3Q550 - 553
7X-RAY DIFFRACTION4B3 - 175
8X-RAY DIFFRACTION4B267
9X-RAY DIFFRACTION5B176 - 264
10X-RAY DIFFRACTION5B265 - 266
11X-RAY DIFFRACTION6R6 - 549
12X-RAY DIFFRACTION6R550 - 553
13X-RAY DIFFRACTION7C5 - 175
14X-RAY DIFFRACTION7C267
15X-RAY DIFFRACTION8C176 - 264
16X-RAY DIFFRACTION8C265 - 266
17X-RAY DIFFRACTION9S6 - 549
18X-RAY DIFFRACTION9S550 - 553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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