分子量: 13561.470 Da / 分子数: 3 / 断片: HEAD DOMAIN, RESIDUES 414-535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOVINE ADENOVIRUS 4 (ウイルス) 解説: PROTOTYPE STRAIN OF BADV-4 (CALLED THT/62) WAS ISOLATED BY ADORJAN BARTHA IN 1962. THE GENOME IN THE GENBANK IS UNDER ACCESSION NUMBER NC_002685.2. IT IS A SO CALLED REFSEQ ENTRY, MEANING ...解説: PROTOTYPE STRAIN OF BADV-4 (CALLED THT/62) WAS ISOLATED BY ADORJAN BARTHA IN 1962. THE GENOME IN THE GENBANK IS UNDER ACCESSION NUMBER NC_002685.2. IT IS A SO CALLED REFSEQ ENTRY, MEANING THAT BADV-4 IS THE REFERENCE STRAIN FOR THE BOVINE ATADENOVIRUS D SPECIES. REFERENCE BARTHA, A., ALDASY, P. (1966) FURTHER TWO SEROTYPES OF BOVINE ADENOVIRUS (SEROTYPE 4 AND 5). ACTA VET. HUNG. ACAD. SCI. 16(1)107-108. 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q997H2
詳細: 20% (W/V) PEG3350, 200 MM KSCN, 50 MM NACL, 10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 5% (V/V) GLYCEROL PH範囲: 7.5; 7.5
-
データ収集
回折
ID
平均測定温度 (K)
Crystal-ID
1
100
1
2
100
1
放射光源
由来
サイト
ビームライン
ID
波長
シンクロトロン
ESRF
ID29
1
0.9763
シンクロトロン
ALBA
XALOC
2
1.0023
検出器
タイプ
ID
検出器
日付
詳細
DECTRIS PILATUS 6M
1
PIXEL
2014年2月21日
CYLINDRICALGRAZING
DECTRIS PILATUS 6M
2
PIXEL
2014年1月31日
CYLINDRICALGRAZING
放射
ID
モノクロメーター
プロトコル
単色(M)・ラウエ(L)
散乱光タイプ
Wavelength-ID
1
LIQUIDNITROGENCOOLED
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
2
LIQUIDNITROGENCOOLED
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
放射波長
ID
波長 (Å)
相対比
1
0.9763
1
2
1.0023
1
反射
解像度: 1.17→44.15 Å / Num. obs: 103174 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度: 1.17→1.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 86.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0073
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
autoSHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.17→44.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.203 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.14595
2782
2.7 %
THIN SHELLS
Rwork
0.11613
-
-
-
obs
0.11699
100391
91.17 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK