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- PDB-4udt: T cell receptor (TRAV22,TRBV7-9) structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udt
タイトルT cell receptor (TRAV22,TRBV7-9) structure
要素
  • PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION
  • T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / SUPERANTIGEN / STAPHYLCOCOCCAL ENTEROTOXIN / T CELL RECEPTOR / MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling ...alpha-beta T cell receptor complex / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type ...: / : / : / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha variable 22 / V_segment translation product / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Rodstrom, K.E.J. / Regenthal, P. / Lindkvist-Petersson, K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure of Staphylococcal Enterotoxin E in Complex with Tcr Defines the Role of Tcr Loop Positioning in Superantigen Recognition.
著者: Rodstrom, K.E.J. / Regenthal, P. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION
B: PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6703
ポリマ－50,5782
非ポリマー921
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.071, 79.747, 69.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 T CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN, T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN C REGION


分子量: 22812.125 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAIN TRAV22, RESIDUES 1-112, CONSTANT DOMAIN TRAC1, RESIDUES 2-95
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 遺伝子: TRAC, TCRA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P01848, UniProt: A0A0B4J277*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN TRBV7-9, T-CELL RECEPTOR BETA-2 CHAIN C REGION


分子量: 27765.832 Da / 分子数: 1
断片: VARIABLE DOMAIN TRBV7-9, RESIDUES 20-115, CONSTANT DOMAIN TRBC2, RESIDUES 1-129
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: T-LYMPHOCYTE / 遺伝子: TCRBV6S4A1, TRBV7-9, TRBC2, TCRBC2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A0A5A3, UniProt: A0A5B9
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR ALPHA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ...THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR ALPHA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ONLY AVAILABLE FOR THE CONSTANT DOMAIN. ENGINEERED DISULPHIDE BOND BETWEEN THE TRAC AND TRBC DOMAINS. THE STRUCTURE CONTAINS EXTRACELLULAR TCR BETA VARIABLE AND CONSTANT DOMAINS. DATABASE REFERENCE IS ONLY AVAILABLE FOR THE CONSTANT DOMAIN. ENGINEERED DISULPHIDE BOND BETWEEN THE TRAC AND TRBC DOMAINS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
解説: TRAV, TRAC, TRBC DOMAINS FROM 2IAL. TRBV DOMAIN FROM 2DX9.
結晶化pH: 8.5
詳細: 22% W/V PEG 2000 MME, 0.1 M NH4CL PH 8.5, 0.1 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月23日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→39.9 Å / Num. obs: 87661 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.34→1.43 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IAL, 2DX9

2ial

2dx9


解像度: 1.35→39.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.249 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. INITIAL REFINEMENT IN BUSTER 2.10.0 AND CNS 1.3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19291 4341 5 %RANDOM
Rwork0.15569 ---
obs0.15752 82162 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å2-0.42 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 6 309 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.9295234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6913.0037874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3385491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32723.989188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6715598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7281527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02967
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2862.2141898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.26924.1621897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9873.3332411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8292.5391921
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5833.6872824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.5533814
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.47653695
LS精密化 シェル解像度: 1.346→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 261 -
Rwork0.374 4800 -
obs--76.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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