PDB-4uds: Crystal structure of MbdR regulator from Azoarcus sp. CIB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uds

タイトル

Crystal structure of MbdR regulator from Azoarcus sp. CIB

要素

MBDR REGULATOR

キーワード

TRANSCRIPTION / TETR FAMILY

機能・相同性

Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

AZOARCUS SP. CIB (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Liu, H. / Liu, H.X. / MacMahon, S.A. / Juarez, J.F. / Zamarro, M.T. / Eberlein, C. / Boll, M. / Carmona, M. / Diaz, E. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Unraveling the Specific Regulation of the Mbd Central Pathway for the Anaerobic Degradation of 3-Methylbenzoate.
著者: Juarez, J.F. / Liu, H. / Zamarro, M.T. / Mcmahon, S. / Liu, H. / Naismith, J.H. / Eberlein, C. / Boll, M. / Carmona, M. / Diaz, E.

履歴

登録	2014年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uds.cif.gz	86.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uds.ent.gz	71.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uds_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uds_full_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示
XML形式データ	4uds_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4uds_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4uds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ud/4uds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6azh-d 2wgb-d 5cxg-2 2g3b-d 3bru-d 5cxg-1 1vi0-d 2nx4-2 3t6n-d 4qju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MBDR REGULATOR

24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MBDR REGULATOR

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.030, 56.210, 143.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2158- HOH

#1: タンパク質	MBDR REGULATOR 分子量: 24240.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AZOARCUS SP. CIB (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.26 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→52.35 Å / Num. obs: 17349 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 4.1 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0111 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.76→52.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 5.834 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24948	938	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19069	-	-	-
obs	0.1936	17349	94.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→52.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1469	0	0	208	1677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.976	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.079	3	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.213	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.971	23.906	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.376	15	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.327	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.758→1.804 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	51	-
R_work	0.207	899	-
obs	-	-	68.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9931	3.8891	-0.7373	3.5015	0.0446	3.0616	0.0267	0.1457	0.0808	0.0021	0.1497	0.0161	-0.0494	-0.066	-0.1763	0.0197	-0.0071	0.0063	0.0508	0.0238	0.0242	6.879	9.75	6.283
2	0.173	0.4085	-0.9195	1.0537	-1.9013	5.8902	0.0142	-0.0006	-0.0097	-0.1074	0.1295	-0.0601	-0.2688	0.4309	-0.1437	0.1531	-0.1157	0.015	0.1842	-0.0862	0.0688	14.233	9.947	1.506
3	0.3616	0.2533	1.851	0.4605	1.1427	10.3852	-0.0329	0.0094	-0.0071	-0.0077	-0.0112	-0.1079	-0.0526	0.0297	0.0441	0.0253	-0.0159	0.0042	0.0649	-0.0121	0.0468	18.754	7.038	26.532
4	0.9913	-1.2644	3.727	5.4187	-6.9567	15.2907	0.0128	-0.0072	-0.0378	0.0761	0.1269	0.0307	-0.0139	-0.0939	-0.1397	0.0282	-0.0059	0.0048	0.0343	-0.007	0.0426	11.574	8.68	34.846
5	1.3535	0.4754	0.7066	4.1074	2.0984	1.4228	-0.0066	0.0559	-0.0243	-0.1299	0.0982	-0.0856	-0.0669	-0.0446	-0.0916	0.0348	-0.0144	0.0192	0.0822	0.0057	0.0371	6.247	3.138	17.035
6	9.5594	-2.7207	6.3446	0.8101	-2.47	16.6594	0.2823	0.3458	-0.0648	-0.1109	-0.1245	0.0216	0.6061	0.5282	-0.1578	0.1696	0.055	0.0579	0.0392	0.0032	0.0581	12.91	-5.079	12.742
7	0.9686	0.1266	-1.4074	0.9732	-2.1356	6.0824	-0.023	-0.016	0.0135	0.0134	0.0473	-0.0301	0.0137	-0.0199	-0.0243	0.0103	0.0035	-0.0243	0.0786	-0.0555	0.106	14.181	-3.483	35.532
8	2.6723	-1.1981	3.1214	1.0697	-3.2188	9.9483	0.1918	0.0157	-0.3544	-0.063	0.0295	0.1166	0.1605	0.023	-0.2213	0.017	0.0134	-0.0124	0.1279	0.0296	0.1019	7.365	-7.367	36.848
9	0.7946	-0.4948	-0.0792	3.3171	-1.3748	1.8176	0.0534	-0.013	0.0439	-0.019	-0.0574	-0.09	-0.0917	-0.0788	0.004	0.0343	-0.0055	0.0022	0.0567	0.0002	0.0246	-1.861	7.323	24.003
10	0.1273	-0.6767	0.4131	4.4375	-3.5995	3.7667	-0.0153	0.0062	0.0622	0.1443	-0.0684	-0.2375	-0.1764	0.0291	0.0837	0.038	0.0102	0.0036	0.038	-0.0161	0.0702	-0.833	9.37	35.808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	66 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	107 - 123
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	124 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	135 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	158 - 170
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	171 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	185 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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