[日本語] English
万見
- PDB-4qju: Crystal structure of DNA-bound nucleoid associated protein, SAV1473 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qju
タイトルCrystal structure of DNA-bound nucleoid associated protein, SAV1473
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
  • DNA-binding protein HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA condensation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / structural constituent of chromatin / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Lee, B.-J. / Kim, D.-H. / Im, H. / Yoon, H.-J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: beta-Arm flexibility of HU from Staphylococcus aureus dictates the DNA-binding and recognition mechanism
著者: Kim, D.-H. / Im, H. / Jee, J.-G. / Jang, S.-B. / Yoon, H.-J. / Kwon, A.-R. / Kang, S.-M. / Lee, B.-J.
履歴
登録2014年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU
B: DNA-binding protein HU
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1854
ポリマ－34,1854
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.468, 85.835, 92.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein HU


分子量: 10713.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: hup / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99U17
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3')


分子量: 6379.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic construct
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月13日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 17505 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 69.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 14.8 / Num. unique all: 834

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QJN

4qjn


解像度: 2.16→29.076 Å / FOM work R set: 0.8077 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 880 5.04 %
Rwork0.1877 --
obs0.1907 17457 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.86 Å2 / Biso mean: 33.15 Å2 / Biso min: 16.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→29.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 847 0 219 2418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2793291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.704948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1603-2.29560.28551350.20332677X-RAY DIFFRACTION98
2.2956-2.47280.24721570.2042719X-RAY DIFFRACTION100
2.4728-2.72140.28411500.20682720X-RAY DIFFRACTION100
2.7214-3.11480.30221550.2072749X-RAY DIFFRACTION100
3.1148-3.92280.23381570.17432790X-RAY DIFFRACTION100
3.9228-29.07830.21521260.17822922X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.909 Å / Origin y: 8.3267 Å / Origin z: 19.483 Å
111213212223313233
T0.1479 Å20.0032 Å2-0.0082 Å2-0.1465 Å2-0.0012 Å2--0.1559 Å2
L0.179 °2-0.0298 °20.1172 °2-0.2011 °20.2578 °2--0.4489 °2
S-0.0018 Å °-0.0523 Å °0.0454 Å °0.0167 Å °-0.0445 Å °0.0651 Å °-0.0194 Å °0.0061 Å °0.0002 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る