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- PDB-4udk: Crystal structure of b-1,4-mannopyranosyl-chitobiose phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4udk
タイトルCrystal structure of b-1,4-mannopyranosyl-chitobiose phosphorylase at 1.76 Angstrom from unknown human gut bacteria (Uhgb_MP) in complex with N-acetyl-D-glucosamine, beta-D-mannopyranose and inorganic phosphate
要素(UHGB_MP) x 2
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 130 / B-1 / 4-MANNOPYRANOSYL-CHITOBIOSE PHOSPHORYLASE / N-GLYCAN PHOSPHOROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Mannoside phosphorylase / beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / : / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Glycosidase
類似検索 - 構成要素
生物種UNCULTURED ORGANISM (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Ladeveze, S. / Cioci, G. / Potocki-Veronese, G. / Tranier, S. / Mourey, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural Bases for N-Glycan Processing by Mannoside Phosphorylase.
著者: Ladeveze, S. / Cioci, G. / Roblin, P. / Mourey, L. / Tranier, S. / Potocki-Veronese, G.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Role of Glycoside Phosphorylases in Mannose Foraging by Human Gut Bacteria.
著者: Ladeveze, S. / Tarquis, L. / Cecchini, D.A. / Bercovici, J. / Andre, I. / Topham, C.M. / Morel, S. / Laville, E. / Monsan, P. / Lombard, V. / Henrissat, B. / Potocki-Veronese, G.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UHGB_MP
B: UHGB_MP
C: UHGB_MP
D: UHGB_MP
E: UHGB_MP
F: UHGB_MP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,10040
ポリマ－235,9436
非ポリマー4,15834
水21,6901204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29270 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area60110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.737, 140.886, 168.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDFE

#1: タンパク質
UHGB_MP


分子量: 39321.422 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) UNCULTURED ORGANISM (環境試料) / 解説: FECAL SAMPLE FROM HOMO SAPIENS / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI
参照: UniProt: D9ZDQ9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 UHGB_MP


分子量: 39335.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) UNCULTURED ORGANISM (環境試料) / 解説: FECAL SAMPLE FROM HOMO SAPIENS / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: D9ZDQ9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
糖 , 2種, 12分子

#4: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 1226分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 17.5% PEG 3350, 200 MM NH4CL, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月26日 / 詳細: PAIR OF KB MIRRORS FOR ADJUSTABLE FOCUSING
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (CINEL), CRYOCOOLED, 6MM GAP
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→45 Å / Num. obs: 197652 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UDI

4udi


解像度: 1.76→108.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.449 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED SIDE-CHAIN ATOMS WERE REMOVED FROM THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1922 9956 5 %RANDOM
Rwork0.15823 ---
obs0.15995 187696 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→108.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15385 0 260 1204 16849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01916782
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214994
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.94922940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.915334588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.04552035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.58922.924814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.467152411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.95715117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02119260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3231.4958008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3231.4958007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9182.23410084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0731.7248774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.757→1.803 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 703 -
Rwork0.272 13088 -
obs--94.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13150.0332-0.02380.3535-0.01650.08360.00320.0194-0.0075-0.0142-0.0120.0433-0.01380.00450.00870.0260.0049-0.00660.0465-0.00110.041617.190417.4142.2245
20.2981-0.0244-0.0260.17850.01050.1305-0.00150.032400.0093-0.01690.0240.03890.0030.01840.0453-0.0028-0.00230.0235-0.01430.043726.4136-23.30591.9465
30.252-0.02550.01320.3116-0.00680.10690.00230.0254-0.0094-0.0171-0.0114-0.0156-0.00050.01460.00920.01980.00020.00350.05020.00880.037856.99275.02991.6741
40.14-0.1265-0.00450.19720.0090.1849-0.0255-0.0113-0.0230.0637-0.00330.03520.02470.00850.02880.09410.00010.03660.02580.01530.025622.1344-21.24240.3701
50.23540.10050.01490.0901-0.03160.2222-0.0027-0.0247-0.00210.0532-0.00550.0196-0.04140.00370.00820.0965-0.00480.02810.037-0.00760.015121.495220.445840.5342
60.22310.0368-0.13020.3191-0.03890.12120.0018-0.0711-0.02750.0692-0.037-0.0155-0.01320.06140.03520.073-0.0041-0.02020.07090.02550.016957.80740.092739.8995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 2267
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 2234
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 2217
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 2183
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 2171
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 2132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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