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- PDB-4ud7: Structure of the stapled peptide YS-02 bound to MDM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ud7
タイトルStructure of the stapled peptide YS-02 bound to MDM2
要素
  • MDM2
  • YS-02
キーワードLYASE / MDM2 / STAPLED PEPTIDE / P53
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / response to ether / traversing start control point of mitotic cell cycle / atrial septum development / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / fibroblast activation / Trafficking of AMPA receptors / receptor serine/threonine kinase binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / negative regulation of protein processing / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to iron ion / atrioventricular valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / positive regulation of muscle cell differentiation / cardiac septum morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / blood vessel development / ligase activity / cellular response to alkaloid / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / regulation of protein catabolic process / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / response to magnesium ion / cellular response to UV-C / protein sumoylation / cellular response to actinomycin D / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein localization to nucleus / ribonucleoprotein complex binding / protein autoubiquitination / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of heart rate / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of protein export from nucleus / ubiquitin binding / response to cocaine / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Stabilization of p53 / establishment of protein localization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to gamma radiation / Oncogene Induced Senescence / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein destabilization / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to growth factor stimulus / response to toxic substance / centriolar satellite / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / p53 binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to hypoxia / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / glutamatergic synapse / enzyme binding
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tan, Y.S. / Reeks, J. / Brown, C.J. / Jennings, C.E. / Eapen, R.S. / Tng, Q.S. / Thean, D. / Ying, Y.T. / Gago, F.J.F. / Lane, D.P. ...Tan, Y.S. / Reeks, J. / Brown, C.J. / Jennings, C.E. / Eapen, R.S. / Tng, Q.S. / Thean, D. / Ying, Y.T. / Gago, F.J.F. / Lane, D.P. / Noble, M.E.M. / Verma, C.
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Benzene Probes in Molecular Dynamics Simulations Reveal Novel Binding Sites for Ligand Design.
著者: Tan, Y.S. / Reeks, J. / Brown, C.J. / Thean, D. / Ferrer Gago, F.J. / Yuen, T.Y. / Goh, E.T. / Lee, X.E. / Jennings, C.E. / Joseph, T.L. / Lakshminarayanan, R. / Lane, D.P. / Noble, M.E. / Verma, C.S.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MDM2
B: MDM2
C: MDM2
D: MDM2
F: YS-02
G: YS-02
H: YS-02
I: YS-02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6838
ポリマ－58,6838
非ポリマー00
水4,720262
1
C: MDM2
H: YS-02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6712
ポリマ－14,6712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area6380 Å2
手法PISA
2
D: MDM2
I: YS-02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6712
ポリマ－14,6712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-10.4 kcal/mol
Surface area6310 Å2
手法PISA
3
B: MDM2
G: YS-02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6712
ポリマ－14,6712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-14.5 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
4
A: MDM2
F: YS-02


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6712
ポリマ－14,6712
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area7110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.148, 69.538, 78.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA16 - 1105 - 99
21VALVALBB16 - 1105 - 99
12VALVALAA17 - 1106 - 99
22VALVALCC17 - 1106 - 99
13VALVALAA17 - 1106 - 99
23VALVALDD17 - 1106 - 99
14VALVALBB17 - 1106 - 99
24VALVALCC17 - 1106 - 99
15VALVALBB17 - 1106 - 99
25VALVALDD17 - 1106 - 99
16GLNGLNCC17 - 1126 - 101
26GLNGLNDD17 - 1126 - 101

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
MDM2


分子量: 12830.667 Da / 分子数: 4 / 断片: P53 BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 17-125 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q00987, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド
YS-02


分子量: 1840.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: STAPLED PEPTIDE, COVALENT BOND BETWEEN THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 20 AND 24.
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細AMINO GROUP (NH2): STAPLED PEPTIDE IS AMIDATED AT THE C-TERMINUS. ACETYL GROUP (ACE): STAPLED ...AMINO GROUP (NH2): STAPLED PEPTIDE IS AMIDATED AT THE C-TERMINUS. ACETYL GROUP (ACE): STAPLED PEPTIDE IS ACETYLATED AT THE N-TERMINUS. 2 (R)-2-(4'-PENTENYL)ALANINE (2JN): THIS NON-NATURAL AMINO ACID FORMS A COVALENT BOND BETWEEN RESIDUES 20 AND 24
配列の詳細E69 AND K70 ARE MUTATED TO ALANINES FOR SURFACE ENTROPY REDUCTION. THE GPLGS OF THE CRYSTALLISATION ...E69 AND K70 ARE MUTATED TO ALANINES FOR SURFACE ENTROPY REDUCTION. THE GPLGS OF THE CRYSTALLISATION CONSTRUCT IS AN ARTEFACT OF OUR CLONING AND PURIFICATION STRATEGIES. THIS STAPLED PEPTIDE WAS ORIGINALLY BASED ON A P53 PEPTIDE BUT IS NOW SO HEAVILY MODIFIED SO AS TO BEAR LITTLE RESEMBLANCE TO THE ORIGINAL SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 4.0 AND 15 % PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52 Å / Num. obs: 62522 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YCR

1ycr


解像度: 1.6→76.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.544 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17838 3198 5.1 %RANDOM
Rwork0.13846 ---
obs0.1405 59304 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→76.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3577 0 0 262 3839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4782.0015203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5725455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.53624.051158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.16315694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.691.8421828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3272.752281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5232.3732003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.31417.1186017
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.65533831
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.8795116
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.1453892
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1170.11
12B1170.11
21A1040.22
22C1040.22
31A920.2
32D920.2
41B1100.24
42C1100.24
51B970.23
52D970.23
61C1120.14
62D1120.14
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 221 -
Rwork0.219 4258 -
obs--95.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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