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- PDB-4ud6: Structure of methylviologen-treated anaerobically purified D. fru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ud6
タイトルStructure of methylviologen-treated anaerobically purified D. fructosovorans NiFe-hydrogenase
要素
  • HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
  • NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIFE-HYDROGENASE / NI-SIB STATE / NI-C STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: [NiFe]-hydrogenases revisited: nickel-carboxamido bond formation in a variant with accrued O2-tolerance and a tentative re-interpretation of Ni-SI states.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.P. / De Lacey, A.L. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,44239
ポリマ－264,4076
非ポリマー5,03533
水34,0301889
1
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,99815
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,86313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-122.9 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
2
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4469
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,3107
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-124.5 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
3
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,99815
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,86313
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10210 Å2
ΔGint-119.9 kcal/mol
Surface area25390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.940, 99.560, 183.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.393391, -0.744782, 0.53902), (-0.754094, -0.596776, -0.274227), (0.525914, -0.298593, -0.796402)-35.295, -26.655, 54.746
2given(-0.386563, -0.73608, -0.555658), (0.732024, -0.611367, 0.300619), (-0.56099, -0.290546, 0.77516)1.728, 4.136, 69.17
3given(0.3904, -0.742897, 0.543775), (-0.750566, -0.598868, -0.2793), (0.53314, -0.299101, -0.791391)-35.304, -26.597, 54.661
4given(-0.378187, -0.739423, -0.556981), (0.731734, -0.607317, 0.309404), (-0.567045, -0.29055, 0.770741)1.705, 4.053, 69.267

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質 HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 28347.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)
参照: UniProt: E1K248, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質 NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 59788.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)
参照: UniProt: E1K247, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 1922分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: IN GLOVEBOX, PH 6.6, 293K, PEG6000, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→20 Å / Num. obs: 131493 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRV

2frv


解像度: 2.12→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 9.934 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19594 6657 5.1 %RANDOM
Rwork0.15223 ---
obs0.15442 124836 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.28 Å20 Å21.02 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18400 0 186 1889 20475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01919198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.96926011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92452411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.20424.403770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.769153056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1821573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4371.0379662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7261.55412067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6961.0919536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.174 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 485 -
Rwork0.275 8924 -
obs--97.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9478-0.0867-0.60610.7259-0.11891.57070.01640.01680.11350.11010.0399-0.0701-0.1960.0175-0.05620.05150.0011-0.04450.0180.00520.135412.51614.8225.162
20.5161-0.0242-0.09020.84340.12831.0033-0.0481-0.0207-0.04270.20590.0349-0.03330.20520.01890.01320.0890.013-0.02950.0260.00890.12228.143-6.7314.987
30.7735-0.0798-0.16520.99060.06561.5815-0.0724-0.06-0.1390.161-0.05320.24680.3763-0.25570.12560.1205-0.03870.050.18350.01570.2658-38.577-46.24852.849
40.6088-0.0663-0.14830.88450.25331.3839-0.042-0.0994-0.00150.09120.029-0.02950.04690.16020.01310.02240.0287-0.03180.14240.02850.1555-18.973-32.84949.127
51.04670.3921-0.90981.4605-0.50992.71170.0519-0.0539-0.0598-0.0211-0.07390.16090.2412-0.26560.0220.0819-0.011-0.05990.1615-0.02310.1382-16.5915.76361.749
61.160.3082-0.42841.2519-0.28481.75310.2228-0.34250.0330.217-0.20420.0254-0.25940.2071-0.01860.1635-0.0917-0.030.243-0.02590.1134-4.75618.79678.12
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1A1265 - 1273
3X-RAY DIFFRACTION2Q6 - 549
4X-RAY DIFFRACTION2Q1550 - 1553
5X-RAY DIFFRACTION3B3 - 264
6X-RAY DIFFRACTION3B1265 - 1267
7X-RAY DIFFRACTION4R5 - 549
8X-RAY DIFFRACTION4R1550 - 1553
9X-RAY DIFFRACTION5C5 - 264
10X-RAY DIFFRACTION5C1265 - 1267
11X-RAY DIFFRACTION6S5 - 549
12X-RAY DIFFRACTION6S1550 - 1553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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