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- 基本情報
基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ucw | ||||||
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| タイトル | Structure of the T18V small subunit mutant of D. fructosovorans NiFe- hydrogenase | ||||||
|  要素 | 
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|  キーワード | OXIDOREDUCTASE / NIFE-HYDROGENASE MUTANT / UNREADY STATE | ||||||
| 機能・相同性 |  機能・相同性情報 cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / cell envelope / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 |  DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア) | ||||||
| 手法 |  X線回折 /  シンクロトロン /  分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
|  データ登録者 | Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Guttierez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / deLacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. ...Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Guttierez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / deLacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. / Burlat, B. / Dementin, S. | ||||||
|  引用 |  ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: A Threonine Stabilizes the Nic and Nir Catalytic Intermediates of [Nife]-Hydrogenase. 著者: Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Gutierrez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / De Lacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. / Burlat, B. / Dementin, S. | ||||||
| 履歴 | 
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- 構造の表示
構造の表示
| 構造ビューア | 分子:  Molmil  Jmol/JSmol | 
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- ダウンロードとリンク
ダウンロードとリンク
- ダウンロード
ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 |  4ucw.cif.gz | 929.8 KB | 表示 |  PDBx/mmCIF形式 | 
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 |  pdb4ucw.ent.gz | 770.6 KB | 表示 |  PDB形式 | 
| PDBx/mmJSON形式 |  4ucw.json.gz | ツリー表示 |  PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 |  その他のダウンロード | 
-検証レポート
| 文書・要旨 |  4ucw_validation.pdf.gz | 535 KB | 表示 |  wwPDB検証レポート | 
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 |  4ucw_full_validation.pdf.gz | 552.9 KB | 表示 | |
| XML形式データ |  4ucw_validation.xml.gz | 85.8 KB | 表示 | |
| CIF形式データ |  4ucw_validation.cif.gz | 121.1 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4ucw  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/4ucw | HTTPS FTP | 
-関連構造データ
- リンク
リンク
- 集合体
集合体
| 登録構造単位 |  
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| 単位格子 | 
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| 非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: 
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- 要素
要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS     
| #1: タンパク質 | 分子量: 28345.338 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 51-314 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現)  DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア) 発現宿主:  DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア) 参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase #2: タンパク質 | 分子量: 61200.785 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-549 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現)  DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア) 発現宿主:  DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア) 参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase | 
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-非ポリマー , 7種, 591分子 












| #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-SF4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / |  | 
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-詳細
| Has protein modification | Y | 
|---|---|
| 配列の詳細 | T18V MUTANT N-TERMINAL STREP TAG | 
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法:  X線回折 / 使用した結晶の数: 1 | 
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- 試料調製
試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE | 
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: VAPOR DIFFUSION, PH 6.0, 293K, PEG 6000, MES, INSIDE A GLOVEBOX | 
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 293 K | 
|---|---|
| 放射光源 | 由来:  シンクロトロン / サイト:  ESRF  / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 | 
| 検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月2日 | 
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | 
| 放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 | 
| 反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 92096 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.5 | 
| 反射 シェル | 解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / % possible all: 67.9 | 
- 解析
解析
| ソフトウェア | 
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| 精密化 | 構造決定の手法:  分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YQW 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 17.081 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.609 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED 
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso  mean: 28.486 Å2 
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å 
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| 拘束条件 | 
 | 
 ムービー
ムービー コントローラー
コントローラー


























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