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- PDB-4ucq: Structure of the T18D small subunit mutant of D. fructosovorans N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ucq
タイトルStructure of the T18D small subunit mutant of D. fructosovorans NiFe- hydrogenase
要素
  • HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
  • NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / cytochrome-c3 hydrogenase / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Guttierez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / deLacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. ...Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Guttierez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / deLacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. / Burlat, B. / Dementin, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: A threonine stabilizes the NiC and NiR catalytic intermediates of [NiFe]-hydrogenase.
著者: Abou-Hamdan, A. / Ceccaldi, P. / Lebrette, H. / Gutierrez-Sanz, O. / Richaud, P. / Cournac, L. / Guigliarelli, B. / De Lacey, A.L. / Leger, C. / Volbeda, A. / Burlat, B. / Dementin, S.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,89330
ポリマ－268,6866
非ポリマー4,20624
水8,035446
1
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,05611
ポリマ－89,5622
非ポリマー1,4949
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-124.1 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
2
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,96410
ポリマ－89,5622
非ポリマー1,4028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9140 Å2
ΔGint-123.4 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
3
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8729
ポリマ－89,5622
非ポリマー1,3107
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-122.2 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 99.900, 183.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14Q
24R
34S
15Q
25R
35S
16Q
26R
36S

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERILEILEAA8 - 288 - 28
211SERSERILEILEBB8 - 288 - 28
311SERSERILEILECC8 - 288 - 28
121TYRTYRILEILEAA31 - 3631 - 36
221TYRTYRILEILEBB31 - 3631 - 36
321TYRTYRILEILECC31 - 3631 - 36
131ILEILEGLYGLYAA40 - 5340 - 53
231ILEILEGLYGLYBB40 - 5340 - 53
331ILEILEGLYGLYCC40 - 5340 - 53
141ALAALAGLUGLUAA56 - 5756 - 57
241ALAALAGLUGLUBB56 - 5756 - 57
341ALAALAGLUGLUCC56 - 5756 - 57
151ALAALALEULEUAA59 - 6059 - 60
251ALAALALEULEUBB59 - 6059 - 60
351ALAALALEULEUCC59 - 6059 - 60
161ALAALALEULEUAA63 - 6463 - 64
261ALAALALEULEUBB63 - 6463 - 64
361ALAALALEULEUCC63 - 6463 - 64
171GLYGLYTYRTYRAA69 - 7069 - 70
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181LEULEUILEILEAA72 - 8172 - 81
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381LEULEUILEILECC72 - 8172 - 81
191TRPTRPGLYGLYAA86 - 9186 - 91
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391TRPTRPGLYGLYCC86 - 9186 - 91
1101PROPROMETMETAA93 - 9493 - 94
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3101PROPROMETMETCC93 - 9493 - 94
112GLYGLYPROPROAA173 - 175173 - 175
212GLYGLYPROPROBB173 - 175173 - 175
312GLYGLYPROPROCC173 - 175173 - 175
122PHEPHETYRTYRAA178 - 179178 - 179
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322PHEPHETYRTYRCC178 - 179178 - 179
132VALVALCYSCYSAA183 - 187183 - 187
232VALVALCYSCYSBB183 - 187183 - 187
332VALVALCYSCYSCC183 - 187183 - 187
142ALAALAPHEPHEAA199 - 202199 - 202
242ALAALAPHEPHEBB199 - 202199 - 202
342ALAALAPHEPHECC199 - 202199 - 202
152SERSERSERSERAA204204
252SERSERSERSERBB204204
352SERSERSERSERCC204204
162ALAALALYSLYSAA207 - 208207 - 208
262ALAALALYSLYSBB207 - 208207 - 208
362ALAALALYSLYSCC207 - 208207 - 208
172GLYGLYLEULEUAA210 - 213210 - 213
272GLYGLYLEULEUBB210 - 213210 - 213
372GLYGLYLEULEUCC210 - 213210 - 213
182LEULEUGLYGLYAA216 - 220216 - 220
282LEULEUGLYGLYBB216 - 220216 - 220
382LEULEUGLYGLYCC216 - 220216 - 220
192VALVALPROPROAA222 - 228222 - 228
292VALVALPROPROBB222 - 228222 - 228
392VALVALPROPROCC222 - 228222 - 228
1102VALVALASNASNAA230 - 233230 - 233
2102VALVALASNASNBB230 - 233230 - 233
3102VALVALASNASNCC230 - 233230 - 233
113VALVALTRPTRPAA235 - 254235 - 254
213VALVALTRPTRPBB235 - 254235 - 254
313VALVALTRPTRPCC235 - 254235 - 254
123THRTHRTHRTHRAA256 - 258256 - 258
223THRTHRTHRTHRBB256 - 258256 - 258
323THRTHRTHRTHRCC256 - 258256 - 258
133PHEPHETYRTYRAA260 - 261260 - 261
233PHEPHETYRTYRBB260 - 261260 - 261
333PHEPHETYRTYRCC260 - 261260 - 261
143SF4SF4F3SF3SAG - H1265 - 1266
243SF4SF4F3SF3SBK - L1265 - 1266
343SF4SF4F3SF3SCN - O1265 - 1266
114PROPROVALVALQD15 - 3229 - 46
214PROPROVALVALRE15 - 3229 - 46
314PROPROVALVALSF15 - 3229 - 46
124ASPASPLEULEUQD41 - 5655 - 70
224ASPASPLEULEURE41 - 5655 - 70
324ASPASPLEULEUSF41 - 5655 - 70
134GLYGLYPROPROQD58 - 6172 - 75
234GLYGLYPROPRORE58 - 6172 - 75
334GLYGLYPROPROSF58 - 6172 - 75
144GLYGLYVALVALQD58 - 9172 - 105
244GLYGLYVALVALRE58 - 9172 - 105
344GLYGLYVALVALSF58 - 9172 - 105
154ILEILEHISHISQD95 - 115109 - 129
254ILEILEHISHISRE95 - 115109 - 129
354ILEILEHISHISSF95 - 115109 - 129
164VALVALVALVALQD117 - 130131 - 144
264VALVALVALVALRE117 - 130131 - 144
364VALVALVALVALSF117 - 130131 - 144
174GLYGLYTHRTHRQD177 - 180191 - 194
274GLYGLYTHRTHRRE177 - 180191 - 194
374GLYGLYTHRTHRSF177 - 180191 - 194
184VALVALTYRTYRQD197 - 205211 - 219
284VALVALTYRTYRRE197 - 205211 - 219
384VALVALTYRTYRSF197 - 205211 - 219
194ALAALATYRTYRQD215 - 240229 - 254
294ALAALATYRTYRRE215 - 240229 - 254
394ALAALATYRTYRSF215 - 240229 - 254
1104GLYGLYMETMETQD423 - 439437 - 453
2104GLYGLYMETMETRE423 - 439437 - 453
3104GLYGLYMETMETSF423 - 439437 - 453
115GLYGLYILEILEQD468 - 483482 - 497
215GLYGLYILEILERE468 - 483482 - 497
315GLYGLYILEILESF468 - 483482 - 497
125PHEPHEPROPROQD493 - 505507 - 519
225PHEPHEPROPRORE493 - 505507 - 519
325PHEPHEPROPROSF493 - 505507 - 519
135GLYGLYALAALAQD521 - 525535 - 539
235GLYGLYALAALARE521 - 525535 - 539
335GLYGLYALAALASF521 - 525535 - 539
145PROPROILEILEQD530 - 533544 - 547
245PROPROILEILERE530 - 533544 - 547
345PROPROILEILESF530 - 533544 - 547
155LEULEUHISHISQD534 - 549548 - 563
255LEULEUHISHISRE534 - 549548 - 563
355LEULEUHISHISSF534 - 549548 - 563
165FCOFCOMGMGQQ - S1550 - 1553
265FCOFCOMGMGRV - X1550 - 1553
365FCOFCOMGMGSAA - CA1550 - 1553
116TRPTRPTHRTHRQD280 - 286294 - 300
216TRPTRPTHRTHRRE280 - 286294 - 300
316TRPTRPTHRTHRSF280 - 286294 - 300
126TYRTYRASPASPQD289 - 299303 - 313
226TYRTYRASPASPRE289 - 299303 - 313
326TYRTYRASPASPSF289 - 299303 - 313
136SERSERPROPROQD301 - 302315 - 316
236SERSERPROPRORE301 - 302315 - 316
336SERSERPROPROSF301 - 302315 - 316
146LYSLYSGLYGLYQD304 - 318318 - 332
246LYSLYSGLYGLYRE304 - 318318 - 332
346LYSLYSGLYGLYSF304 - 318318 - 332
156TYRTYRTYRTYRQD368 - 376382 - 390
256TYRTYRTYRTYRRE368 - 376382 - 390
356TYRTYRTYRTYRSF368 - 376382 - 390
166ALAALAALAALAQD380 - 392394 - 406
266ALAALAALAALARE380 - 392394 - 406
366ALAALAALAALASF380 - 392394 - 406

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.365036, -0.741312, -0.56321), (0.733363, -0.601634, 0.316568), (-0.573522, -0.297479, 0.763269)0.509, 3.342, 69.033
2given(0.384375, -0.739964, 0.552004), (-0.747114, -0.600573, -0.284837), (0.542288, -0.302926, -0.783683)-35.745, -27.714, 54.357
3given(-0.35624, -0.744661, -0.564422), (0.736872, -0.595317, 0.320338), (-0.574554, -0.30179, 0.760796)0.38, 3.351, 69.021
4given(0.390809, -0.73215, 0.557875), (-0.742085, -0.609189, -0.279639), (0.544589, -0.304706, -0.781394)-35.936, -27.743, 54.383
5given(1), (1), (1)
6given(-0.362027, 0.731772, -0.577448), (-0.74076, -0.601891, -0.298333), (-0.565872, 0.319746, 0.759968)37.69749, 23.00899, -53.25977
7given(0.38167, -0.744905, 0.547215), (-0.739897, -0.601056, -0.302134), (0.553968, -0.289567, -0.780558)-36.66267, -26.69561, 54.20607
8given(1), (1), (1)
9given(-0.367446, 0.736183, -0.568347), (-0.743244, -0.599786, -0.296386), (-0.559081, 0.313515, 0.767553)36.96033, 22.81609, -53.64858
10given(0.390314, -0.747271, 0.537811), (-0.736622, -0.603887, -0.304481), (0.552307, -0.277321, -0.786162)-35.95855, -26.55375, 54.92398
11given(1), (1), (1)
12given(-0.363979, 0.734935, -0.572179), (-0.744702, -0.598593, -0.295136), (-0.559408, 0.31868, 0.765183)37.25957, 22.75828, -53.53877
13given(0.385351, -0.746943, 0.54183), (-0.735505, -0.60322, -0.308479), (0.557259, -0.279646, -0.781832)-36.39349, -26.20334, 54.75871
14given(1), (1), (1)
15given(-0.355834, 0.738372, -0.572877), (-0.74678, -0.593202, -0.300718), (-0.561874, 0.320808, 0.762483)37.17603, 22.98061, -53.4872
16given(0.391132, -0.7417, 0.544883), (-0.729933, -0.610601, -0.307189), (0.560548, -0.277576, -0.780216)-36.16404, -26.49448, 54.86152
17given(1), (1), (1)
18given(-0.354642, 0.738435, -0.573535), (-0.743884, -0.594452, -0.30539), (-0.56645, 0.31834, 0.760128)37.2289, 23.37354, -53.27959
19given(0.393958, -0.738078, 0.547758), (-0.731063, -0.612833, -0.299969), (0.557085, -0.282271, -0.781012)-36.10778, -26.97938, 54.69287
20given(1), (1), (1)
21given(-0.355429, 0.736725, -0.575245), (-0.744123, -0.595458, -0.302838), (-0.565642, 0.320416, 0.759857)37.41205, 23.18899, -53.28474
22given(0.386275, -0.74492, 0.543954), (-0.736144, -0.604303, -0.304812), (0.555773, -0.282687, -0.781795)-36.25875, -26.56927, 54.72903

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質 HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 28361.299 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 51-314 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア)
発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)
参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質 NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 61200.785 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-549 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS (バクテリア)
発現宿主: DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)
参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 470分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細N-TERMINAL STREP TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: VAPOR DIFFUSION, PH 6.3, 293K; PEG6000, MES, UNDER AIR

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 70368 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YQW

1yqw


解像度: 2.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 33.494 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24133 3462 4.9 %RANDOM
Rwork0.19777 ---
obs0.1999 66841 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.085 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.81 Å20 Å22.12 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18408 0 132 446 18986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01919142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.97725928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.31152410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38524.417772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.609153043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4521573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.22838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6850.4839658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0590.72112062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8150.59484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A4911.01
12B4911.28
13C4911.51
21A2821.06
22B2821.34
23C2821.32
31A2020.78
32B2021.23
33C2021.24
41Q12461.12
42R12461.09
43S12461.43
51Q4001.21
52R4001.12
53S4001.27
61Q4331.74
62R4331.81
63S4332.05
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 264 -
Rwork0.296 4779 -
obs--96.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2227-0.3162-0.53640.85740.22641.9134-0.00420.09680.1464-0.12290.0219-0.1612-0.11610.0603-0.01780.6631-0.00190.11190.02330.02280.381912.319714.25135.1977
21.0039-0.0748-0.24491.07480.46751.568-0.1185-0.0072-0.12790.11790.0442-0.04820.4970.01020.07430.84490.02390.15650.00380.02060.3397.9842-7.143314.8819
31.18050.2316-1.07981.3257-0.34463.8082-0.23990.1294-0.1766-0.2912-0.01470.12440.9487-0.72290.25450.4571-0.1469-0.00160.3039-0.07820.3632-17.38895.477861.7689
41.81970.3397-1.45271.3202-0.44983.68910.1192-0.49390.03940.1459-0.1949-0.0562-0.08520.42720.07570.212-0.0425-0.04130.3012-0.00440.3461-5.568218.282577.9724
52.3408-0.12030.84411.08360.40031.326-0.15310.0715-0.27440.1162-0.06370.37040.5598-0.53010.21680.8388-0.11430.18040.53720.00520.6178-38.7261-46.750952.8251
61.4558-0.2284-1.17791.26650.0843.8628-0.0313-0.20210.01560.01490.0525-0.0238-0.1970.3831-0.02110.47980.03230.01580.36250.0210.4179-19.1617-33.564949.339
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1A1265 - 1267
3X-RAY DIFFRACTION1A1271
4X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2047
5X-RAY DIFFRACTION2Q6 - 549
6X-RAY DIFFRACTION2Q1550 - 1553
7X-RAY DIFFRACTION2Q1561 - 1562
8X-RAY DIFFRACTION2Q2001 - 2116
9X-RAY DIFFRACTION3B3 - 264
10X-RAY DIFFRACTION3B1265 - 1267
11X-RAY DIFFRACTION3B2001 - 2044
12X-RAY DIFFRACTION4R5 - 549
13X-RAY DIFFRACTION4R1550 - 1553
14X-RAY DIFFRACTION4R1563
15X-RAY DIFFRACTION4R2001 - 2106
16X-RAY DIFFRACTION5C5 - 264
17X-RAY DIFFRACTION5C1265 - 1268
18X-RAY DIFFRACTION5C2001 - 2046
19X-RAY DIFFRACTION6S6 - 549
20X-RAY DIFFRACTION6S1550 - 1553
21X-RAY DIFFRACTION6S1561
22X-RAY DIFFRACTION6S2001 - 2073

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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