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- PDB-4uc1: High resolution crystal structure of translocator protein 18kDa (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uc1
タイトルHigh resolution crystal structure of translocator protein 18kDa (TSPO) from Rhodobacter sphaeroides (A139T Mutant) in C2 space group
要素Translocator protein TspO
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / transport / 5 transmembrane helices
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrapyrrole metabolic process / tetrapyrrole binding / lipid binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TspO/MBR-related protein / TspO/MBR-related superfamily / TspO/MBR family
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOXY-ETHOXYL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / PROTOPORPHYRIN IX / Chem-Z0P / Tryptophan-rich sensory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM26916 米国
Michigan State University Strategic Partnership Grant, Mitochondrial Science & Medicine 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of translocator protein (TSPO) and mutant mimic of a human polymorphism.
著者: Li, F. / Liu, J. / Zheng, Y. / Garavito, R.M. / Ferguson-Miller, S.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocator protein TspO
B: Translocator protein TspO
C: Translocator protein TspO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,45024
ポリマ－53,8323
非ポリマー7,61821
水1,49583
1
A: Translocator protein TspO
B: Translocator protein TspO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,68117
ポリマ－35,8882
非ポリマー5,79315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
2
C: Translocator protein TspO
ヘテロ分子

C: Translocator protein TspO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,53914
ポリマ－35,8882
非ポリマー3,65112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.632, 99.544, 95.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Translocator protein TspO / Tryptophan-rich sensory protein


分子量: 17943.988 Da / 分子数: 3 / 変異: A139T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFC8

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非ポリマー , 6種, 104分子

#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-PP9 / PROTOPORPHYRIN IX / 2,7-ジビニル-3,8,12,18-テトラメチル-21H,23H-ポルフィリン-13,17-ビスプロパン酸


分子量: 562.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34N4O4
#4: 化合物 ChemComp-Z0P / (2S)-1-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropan-2-yl (11Z)-octadec-11-enoate


分子量: 594.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H70O5
#5: 化合物 ChemComp-P4C / O-ACETALDEHYDYL-HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE 400 / 20-ヒドロキシ-3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オン


分子量: 324.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O8
#6: 化合物 ChemComp-MOE / METHOXY-ETHOXYL / 2-メトキシエタノ-ルアニオン


分子量: 75.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 32% PEG 400, 0.05 M NaCl, 0.04 M MgCl2 and 0.1 M HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→43.97 Å / Num. obs: 97994 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SHARP2.8.2位相決定
PHASER位相決定
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→43.965 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2467 --Random selection
Rwork0.2009 94954 --
obs0.2023 97994 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.88 Å2 / Biso mean: 33.937 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→43.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3723 0 489 83 4295
Biso mean--51.1 39.82 -
残基数----462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1555875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.71646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82810.40951340.38924207X-RAY DIFFRACTION99
1.8281-1.85810.37921400.36714367X-RAY DIFFRACTION99
1.8581-1.89010.32171370.35574283X-RAY DIFFRACTION99
1.8901-1.92450.35331400.3234323X-RAY DIFFRACTION99
1.9245-1.96150.30561370.30834240X-RAY DIFFRACTION100
1.9615-2.00160.32571390.28244401X-RAY DIFFRACTION100
2.0016-2.04510.29431380.26044275X-RAY DIFFRACTION100
2.0451-2.09270.27561370.24744326X-RAY DIFFRACTION100
2.0927-2.1450.28371400.23474366X-RAY DIFFRACTION100
2.145-2.2030.25231360.22374283X-RAY DIFFRACTION100
2.203-2.26780.27471420.20584329X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.3410.24431380.19714330X-RAY DIFFRACTION100
2.341-2.42470.20911360.18574329X-RAY DIFFRACTION100
2.4247-2.52170.23561380.17984329X-RAY DIFFRACTION100
2.5217-2.63650.20821380.17444314X-RAY DIFFRACTION100
2.6365-2.77550.24071380.17584307X-RAY DIFFRACTION100
2.7755-2.94930.24781400.17814330X-RAY DIFFRACTION100
2.9493-3.1770.2331380.18824329X-RAY DIFFRACTION100
3.177-3.49660.23471350.1854300X-RAY DIFFRACTION100
3.4966-4.00220.21111400.17384359X-RAY DIFFRACTION100
4.0022-5.04120.23651420.16914300X-RAY DIFFRACTION100
5.0412-43.97770.22591370.18764327X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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