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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ube | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF M TUBERCULOSIS ADENOSINE KINASE COMPLEXED WITH 2-FLURO ADENOSINE | ||||||
![]() | Adenosine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Adenosine kinase / Complex / 2-Fluoroadenosine | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / purine ribonucleoside salvage / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF M TUBERCULOSIS ADENOSINE KINASE COMPLEXED WITH 2-FLURO ADENOSINE 著者: Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C. #1: ![]() タイトル: High resolution crystal structures of Mycobacterium tuberculosis adenosine kinase: insights into the mechanism and specificity of this novel prokaryotic enzyme 著者: Reddy, M.C.M. / Palaninathan, S.K. / Shetty, N.D. / Owen, J.L. / Watson, M.D. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35683.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-2FA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES-NA, PH 7.5 AND 1.4 M TRISODIUM CITRATE DIHYDRATE PH範囲: 6.5-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Ambient temp details: 07-JUN-06 |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5412 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→62.26 Å / Num. all: 23982 / Num. obs: 23982 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/av σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: APO MTB ADK 解像度: 1.933→18.831 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.832 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.933→18.831 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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