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- PDB-4ubd: Crystal structure of a neutralizing human monoclonal antibody wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ubd
タイトルCrystal structure of a neutralizing human monoclonal antibody with 1968 H3 HA
要素
  • (Hemagglutinin ...) x 2
  • (monoclonal antibody ...) x 2
キーワードviral protein/immune system / Hemagglutinin / H3N2 / Monoclonal antibody / viral protein-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shore, D.A. / Yang, H. / Cho, M. / Donis, R.O. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A potent broad-spectrum protective human monoclonal antibody crosslinking two haemagglutinin monomers of influenza A virus.
著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. ...著者: Wu, Y. / Cho, M. / Shore, D. / Song, M. / Choi, J. / Jiang, T. / Deng, Y.Q. / Bourgeois, M. / Almli, L. / Yang, H. / Chen, L.M. / Shi, Y. / Qi, J. / Li, A. / Yi, K.S. / Chang, M. / Bae, J.S. / Lee, H. / Shin, J. / Stevens, J. / Hong, S. / Qin, C.F. / Gao, G.F. / Chang, S.J. / Donis, R.O.
履歴
登録2014年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年3月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
U: Hemagglutinin HA1 chain
V: Hemagglutinin HA2 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
M: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
N: Hemagglutinin HA2 chain
R: Hemagglutinin HA2 chain
C: monoclonal antibody H chain
D: monoclonal antibody L chain
Y: monoclonal antibody H chain
X: monoclonal antibody L chain
G: monoclonal antibody H chain
H: monoclonal antibody L chain
S: monoclonal antibody H chain
T: monoclonal antibody L chain
O: monoclonal antibody H chain
P: monoclonal antibody L chain
K: monoclonal antibody H chain
L: monoclonal antibody L chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)625,69840
ポリマ－618,38424
非ポリマー7,31416
水00
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
C: monoclonal antibody H chain
D: monoclonal antibody L chain
G: monoclonal antibody H chain
H: monoclonal antibody L chain
K: monoclonal antibody H chain
L: monoclonal antibody L chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,95020
ポリマ－309,19212
非ポリマー3,7588
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
U: Hemagglutinin HA1 chain
V: Hemagglutinin HA2 chain
M: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
N: Hemagglutinin HA2 chain
R: Hemagglutinin HA2 chain
Y: monoclonal antibody H chain
X: monoclonal antibody L chain
S: monoclonal antibody H chain
T: monoclonal antibody L chain
O: monoclonal antibody H chain
P: monoclonal antibody L chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,74720
ポリマ－309,19212
非ポリマー3,5558
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.700, 128.700, 428.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21U
12A
22I
13A
23M
14A
24Q
15A
25E
16U
26I
17U
27M
18U
28Q
19U
29E
110V
210F
111V
211B
112V
212J
113V
213N
114V
214R
115I
215M
116I
216Q
117I
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119M
219E
120Q
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127B
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129J
229R
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230R
131C
231Y
132C
232G
133C
233S
134C
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158T
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159O
259K
160P
260L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTHRTHRAA9 - 3281 - 320
21SERSERTHRTHRUB9 - 3281 - 320
12SERSERPROPROAA9 - 3241 - 316
22SERSERPROPROID9 - 3241 - 316
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15SERSERTHRTHRAA9 - 3281 - 320
25SERSERTHRTHREG9 - 3281 - 320
16SERSERPROPROUB9 - 3241 - 316
26SERSERPROPROID9 - 3241 - 316
17SERSERTHRTHRUB9 - 3281 - 320
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18SERSERTHRTHRUB9 - 3281 - 320
28SERSERTHRTHRQF9 - 3281 - 320
19SERSERTHRTHRUB9 - 3281 - 320
29SERSERTHRTHREG9 - 3281 - 320
110ILEILEPHEPHEVC10 - 17110 - 171
210ILEILEPHEPHEFH10 - 17110 - 171
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113ILEILEPHEPHEVC10 - 17110 - 171
213ILEILEPHEPHENK10 - 17110 - 171
114ILEILEGLNGLNVC10 - 17210 - 172
214ILEILEGLNGLNRL10 - 17210 - 172
115SERSERPROPROID9 - 3241 - 316
215SERSERPROPROME9 - 3241 - 316
116SERSERPROPROID9 - 3241 - 316
216SERSERPROPROQF9 - 3241 - 316
117SERSERPROPROID9 - 3241 - 316
217SERSERPROPROEG9 - 3241 - 316
118SERSERTHRTHRME9 - 3281 - 320
218SERSERTHRTHRQF9 - 3281 - 320
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219SERSERTHRTHREG9 - 3281 - 320
120SERSERTHRTHRQF9 - 3281 - 320
220SERSERTHRTHREG9 - 3281 - 320
121ILEILEPHEPHEFH10 - 17110 - 171
221ILEILEPHEPHEBI10 - 17110 - 171
122ILEILEPHEPHEFH10 - 17110 - 171
222ILEILEPHEPHEJJ10 - 17110 - 171
123ILEILEGLNGLNFH10 - 17210 - 172
223ILEILEGLNGLNNK10 - 17210 - 172
124ILEILEPHEPHEFH10 - 17110 - 171
224ILEILEPHEPHERL10 - 17110 - 171
125PHEPHEPHEPHEBI9 - 1719 - 171
225PHEPHEPHEPHEJJ9 - 1719 - 171
126ILEILEPHEPHEBI10 - 17110 - 171
226ILEILEPHEPHENK10 - 17110 - 171
127ILEILEGLNGLNBI10 - 17210 - 172
227ILEILEGLNGLNRL10 - 17210 - 172
128ILEILEPHEPHEJJ10 - 17110 - 171
228ILEILEPHEPHENK10 - 17110 - 171
129ILEILEPHEPHEJJ10 - 17110 - 171
229ILEILEPHEPHERL10 - 17110 - 171
130ILEILEPHEPHENK10 - 17110 - 171
230ILEILEPHEPHERL10 - 17110 - 171
131GLNGLNPROPROCM1 - 2261 - 226
231GLNGLNPROPROYO1 - 2261 - 226
132GLNGLNPROPROCM1 - 2261 - 226
232GLNGLNPROPROGQ1 - 2261 - 226
133GLNGLNPROPROCM1 - 2261 - 226
233GLNGLNPROPROSS1 - 2261 - 226
134GLNGLNPROPROCM1 - 2261 - 226
234GLNGLNPROPROOU1 - 2261 - 226
135GLNGLNPROPROCM1 - 2261 - 226
235GLNGLNPROPROKW1 - 2261 - 226
136VALVALGLUGLUDN2 - 2142 - 214
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137VALVALGLUGLUDN2 - 2142 - 214
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138VALVALGLUGLUDN2 - 2142 - 214
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139VALVALGLUGLUDN2 - 2142 - 214
239VALVALGLUGLUPV2 - 2142 - 214
140VALVALGLUGLUDN2 - 2142 - 214
240VALVALGLUGLULX2 - 2142 - 214
141GLNGLNPROPROYO1 - 2261 - 226
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143GLNGLNPROPROYO1 - 2261 - 226
243GLNGLNPROPROOU1 - 2261 - 226
144GLNGLNPROPROYO1 - 2261 - 226
244GLNGLNPROPROKW1 - 2261 - 226
145VALVALGLUGLUXP2 - 2142 - 214
245VALVALGLUGLUHR2 - 2142 - 214
146VALVALGLUGLUXP2 - 2142 - 214
246VALVALGLUGLUTT2 - 2142 - 214
147VALVALGLUGLUXP2 - 2142 - 214
247VALVALGLUGLUPV2 - 2142 - 214
148VALVALGLUGLUXP2 - 2142 - 214
248VALVALGLUGLULX2 - 2142 - 214
149GLNGLNPROPROGQ1 - 2261 - 226
249GLNGLNPROPROSS1 - 2261 - 226
150GLNGLNPROPROGQ1 - 2261 - 226
250GLNGLNPROPROOU1 - 2261 - 226
151GLNGLNPROPROGQ1 - 2261 - 226
251GLNGLNPROPROKW1 - 2261 - 226
152VALVALGLUGLUHR2 - 2142 - 214
252VALVALGLUGLUTT2 - 2142 - 214
153VALVALGLUGLUHR2 - 2142 - 214
253VALVALGLUGLUPV2 - 2142 - 214
154VALVALGLUGLUHR2 - 2142 - 214
254VALVALGLUGLULX2 - 2142 - 214
155GLNGLNPROPROSS1 - 2261 - 226
255GLNGLNPROPROOU1 - 2261 - 226
156GLNGLNPROPROSS1 - 2261 - 226
256GLNGLNPROPROKW1 - 2261 - 226
157VALVALGLUGLUTT2 - 2142 - 214
257VALVALGLUGLUPV2 - 2142 - 214
158VALVALGLUGLUTT2 - 2142 - 214
258VALVALGLUGLULX2 - 2142 - 214
159GLNGLNPROPROOU1 - 2261 - 226
259GLNGLNPROPROKW1 - 2261 - 226
160VALVALGLUGLUPV2 - 2142 - 214
260VALVALGLUGLULX2 - 2142 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
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19
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21
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29
30
31
32
33
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39
40
41
42
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45
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47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 12分子 AUIMQEVFBJNR

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 35325.730 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20198.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7

-
抗体 , 2種, 12分子 CYGSOKDXHTPL

#3: 抗体
monoclonal antibody H chain


分子量: 23865.666 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体
monoclonal antibody L chain


分子量: 23674.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 3種, 16分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3000, 100mM Na Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 94551 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 1.7

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 79.459 / SU ML: 0.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.621 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25755 4962 5 %RANDOM
Rwork0.21247 ---
obs0.21469 94551 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 116.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数42604 0 482 0 43086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01944200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0240744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6751.95760138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.241393802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.98455464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99824.2741963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.177157139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.00615264
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.26777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02150142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.0210158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4536.50121946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4526.50121945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.949.74527380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.949.74527381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3786.74522254
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3786.74522252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other99.99232758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.93250.78747866
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.93250.78847867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A186730.07
12U186730.07
21A183390.07
22I183390.07
31A185270.08
32M185270.08
41A184730.08
42Q184730.08
51A185760.08
52E185760.08
61U184130.07
62I184130.07
71U186280.07
72M186280.07
81U185430.08
82Q185430.08
91U186200.07
92E186200.07
101V86290.1
102F86290.1
111V87340.09
112B87340.09
121V85730.1
122J85730.1
131V85600.11
132N85600.11
141V85780.11
142R85780.11
151I185030.06
152M185030.06
161I183790.07
162Q183790.07
171I184460.06
172E184460.06
181M185160.08
182Q185160.08
191M186630.07
192E186630.07
201Q187770.06
202E187770.06
211F86330.1
212B86330.1
221F85670.1
222J85670.1
231F86460.1
232N86460.1
241F86230.1
242R86230.1
251B87030.09
252J87030.09
261B85710.1
262N85710.1
271B86310.1
272R86310.1
281J86440.09
282N86440.09
291J85960.09
292R85960.09
301N85570.11
302R85570.11
311C123100
312Y123100
321C122690.02
322G122690.02
331C122720.01
332S122720.01
341C122660.01
342O122660.01
351C122770.01
352K122770.01
361D123060
362X123060
371D122390.01
372H122390.01
381D122400.01
382T122400.01
391D122510.01
392P122510.01
401D122480.01
402L122480.01
411Y122680.02
412G122680.02
421Y122720.01
422S122720.01
431Y122620.01
432O122620.01
441Y122740.01
442K122740.01
451X122420.01
452H122420.01
461X122420.01
462T122420.01
471X122520.01
472P122520.01
481X122490.01
482L122490.01
491G123180
492S123180
501G122590.01
502O122590.01
511G122730.01
512K122730.01
521H122720
522T122720
531H122320.01
532P122320.01
541H122400.01
542L122400.01
551S122630.01
552O122630.01
561S122770.01
562K122770.01
571T122340.01
572P122340.01
581T122400.01
582L122400.01
591O122730
592K122730
601P122620
602L122620
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 396 -
Rwork0.296 7000 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1789-0.0517-0.20070.05310.15071.28380.0150.0386-0.0424-0.10260.0634-0.03930.1236-0.1041-0.07850.6418-0.01850.03510.7155-0.06310.3324-23.496-9.48648.712
20.13030.0530.32120.06450.18650.94980.0029-0.05810.02770.07910.0499-0.0381-0.0695-0.0942-0.05280.6558-0.0437-0.03950.7177-0.04160.3363-23.595-65.26742.926
30.5004-0.45721.08360.9472-1.64244.22380.06660.1087-0.0278-0.03940.08460.05830.04590.0684-0.15120.4926-0.1733-0.02680.6505-0.03360.4773-21.338-57.215-7.31
40.0161-0.0077-0.00690.4118-0.57920.9602-0.04990.05630.02470.03920.0708-0.0482-0.0485-0.0812-0.02090.69420.04440.17050.6028-0.08560.4207-15.70121.83954.629
50.112-0.08250.07990.2519-0.46381.1001-0.0837-0.0430.0185-0.0320.0677-0.07880.058-0.07510.0160.6815-0.086-0.18590.5972-0.07720.4351-15.981-95.87635.81
60.3712-0.11980.57460.2818-0.36641.08080.00650.0254-0.01280.06620.0136-0.16340.0729-0.0005-0.02010.6016-0.0751-0.14480.5983-0.17340.49517.207-73.60838.558
70.40670.1976-0.60080.2428-0.39861.0121-0.0109-0.05370.0207-0.07610.0163-0.144-0.06490.0354-0.00540.61230.05550.1340.5888-0.17260.48397.185-0.6252.395
80.7574-0.10340.27150.1714-0.7224.36760.0055-0.272-0.0908-0.07570.1555-0.07080.1423-0.0679-0.16090.56430.1108-0.0030.6874-0.14920.4037-1.635-7.883101.371
90.46690.3597-1.00870.8578-1.2833.53440.0225-0.11680.01450.06290.0188-0.0141-0.02730.1459-0.04130.49170.13810.01570.6816-0.04660.4575-20.909-16.94197.987
100.4335-0.0731-0.68680.3302-0.35293.51970.0897-0.10120.11910.12930.1247-0.0418-0.06240.3371-0.21440.64060.0180.14270.5973-0.14880.432-19.9923.982102.235
110.50490.14370.89070.3873-0.58283.84450.04260.1232-0.1301-0.10920.1062-0.06330.04940.2591-0.14890.6523-0.0099-0.16680.5882-0.15750.4114-19.949-78.361-11.241
120.66850.086-0.29240.096-0.47763.70340.05090.23810.04630.07850.1247-0.0188-0.2219-0.0059-0.17550.5896-0.15420.00030.6675-0.12960.4184-2.044-66.785-10.787
131.5613-0.44870.67540.2607-0.0630.5366-0.1697-0.2762-0.28510.04510.18810.09470.1491-0.0135-0.01830.5544-0.03450.05210.69610.05770.4501-62.718-18.89589.789
141.43220.01340.32730.6675-0.16050.3162-0.02020.0758-0.0306-0.21860.0347-0.02490.07840.0092-0.01450.6128-0.0085-0.03370.6545-0.00640.3501-65.547-9.79972.895
151.95720.4289-0.95150.1553-0.11940.646-0.11360.26040.3286-0.05720.18010.0992-0.15190.0195-0.06660.5504-0.0111-0.06590.68020.0580.4548-62.728-55.4071.138
161.5250.008-0.20650.6284-0.21240.292-0.0142-0.07290.01040.16280.029-0.016-0.09320.0123-0.01480.6103-0.01260.03570.6433-0.0090.3526-65.554-64.51518.021
170.362-0.7358-0.43181.93160.59811-0.1817-0.1597-0.07860.55870.1765-0.1206-0.01920.28450.00530.50490.0995-0.14950.5729-0.02290.503222.142-41.42388.86
181.8785-2.0269-1.21152.60261.07321.096-0.03930.0844-0.0813-0.26840.03770.1648-0.0148-0.20990.00160.61050.05170.08490.4241-0.22690.447919.024-42.74469.609
190.45460.85590.48332.08940.60220.983-0.13780.11650.0696-0.50540.1038-0.21120.09450.13630.0340.5091-0.12480.17230.5388-0.00180.544722.174-32.9282.034
202.66972.44651.50962.72141.08641.1303-0.0728-0.24260.2160.167-0.05680.2362-0.0147-0.30640.12970.5704-0.0803-0.10350.4557-0.24210.477519.047-31.50721.269
210.8608-0.3560.90960.1876-0.25032.24480.20350.5046-0.1922-0.1466-0.34840.0690.7397-0.49530.14490.7381-0.10920.20251.2618-0.52070.61442.223-115.327-17.364
223.3945-3.63050.15274.17920.01570.2216-0.60920.01770.00871.1320.25850.04950.27360.17160.35071.10790.27470.19820.22920.10730.743111.569-118.508-0.64
231.28141.1163-0.88631.0523-0.73990.84520.536-0.09010.14240.8016-0.22110.0867-0.3991-0.1066-0.31491.3236-0.2134-0.06450.4111-0.17180.46722.45940.236108.741
241.33971.53610.22362.71670.57590.1648-0.28550.4930.1417-0.06660.404-0.3418-0.02270.0741-0.11850.809-0.20050.00040.3610.19630.497611.2244.04991.797
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2U9 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3V10 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4I9 - 325
5X-RAY DIFFRACTION5M9 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6Q9 - 328
7X-RAY DIFFRACTION7E9 - 328
8X-RAY DIFFRACTION8F10 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9B9 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10J9 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11N10 - 172
12X-RAY DIFFRACTION12R10 - 175
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 226
14X-RAY DIFFRACTION14D2 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15Y1 - 226
16X-RAY DIFFRACTION16X2 - 214
17X-RAY DIFFRACTION17G1 - 226
18X-RAY DIFFRACTION18H2 - 214
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 226
20X-RAY DIFFRACTION20T2 - 214
21X-RAY DIFFRACTION21O1 - 226
22X-RAY DIFFRACTION22P2 - 214
23X-RAY DIFFRACTION23K1 - 226
24X-RAY DIFFRACTION24L2 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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