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- PDB-4uaq: Crystal structure of the accessory translocation ATPase, SecA2, f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uaq
タイトルCrystal structure of the accessory translocation ATPase, SecA2, from Mycobacterium tuberculosis
要素Protein translocase subunit SecA 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / DEAD/DEAH box helicase Preprotein translocation ATP binding SecA preprotein cross-linking domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host immune response / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / biological process involved in interaction with host / protein import / protein transmembrane transporter activity ...symbiont-mediated perturbation of host immune response / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / biological process involved in interaction with host / protein import / protein transmembrane transporter activity / protein targeting / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein translocase subunit SecA, Actinobacteria-type / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain ...Protein translocase subunit SecA, Actinobacteria-type / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecA 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Swanson-Smith, S. / Ioerger, T.R. / Rigel, N.W. / Miller, B.K. / Braunstein, M. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
NIH/NIAIDNIHP01AI095208 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2015
タイトル: Structural Similarities and Differences between Two Functionally Distinct SecA Proteins, Mycobacterium tuberculosis SecA1 and SecA2.
著者: Swanson, S. / Ioerger, T.R. / Rigel, N.W. / Miller, B.K. / Braunstein, M. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein translocase subunit SecA 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0581
ポリマ－86,0581
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.600, 162.090, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein translocase subunit SecA 2


分子量: 86057.602 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-808 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: secA2, Rv1821, MTCY1A11.22c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGP3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000, tris(hydroxymethyl)aminomethane), NaCl, ethylene glycol, 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate (CHAPS)

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→35.64 Å / Num. obs: 16255 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 85.75 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 14.59
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 0.604 / % possible all: 29.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→35.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9403 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 835 5.14 %RANDOM
Rwork0.2115 ---
obs0.2152 16255 --
原子変位パラメータBiso mean: 84.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.6151 Å20 Å2-5.0933 Å2
2--4.6661 Å20 Å2
3---7.9489 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.479 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4894 0 0 67 4961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014968HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.266808HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1553SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes787HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4968HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion720SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5537SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4423 80 5.68 %
Rwork0.3065 1329 -
all0.314 1409 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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