PDB-4uam: 1.8 Angstrom crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uam

タイトル

1.8 Angstrom crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase with a mixed iron-zinc center in the active site

要素

IMP-1 metallo-beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / antibiotic resistance / binuclear metal center

機能・相同性

Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / CITRATE ANION / :

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Carruthers, T.J. / Carr, P.D. / Jackson, C.J. / Otting, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Iron(III) Located in the Dinuclear Metallo-beta-Lactamase IMP-1 by Pseudocontact Shifts.
著者: Carruthers, T.J. / Carr, P.D. / Loh, C.T. / Jackson, C.J. / Otting, G.

履歴

登録	2014年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2014年12月24日	Group: Database references
改定 1.4	2017年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uam.cif.gz	530.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uam.ent.gz	445.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4uam_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4uam_full_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示
XML形式データ	4uam_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	4uam_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uam	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2dooS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yi4-1 6zys-1 6zys-4 1ioa-1 5ev8-4 6bi7-4 6yi4-3 1jjt-1 4c1g-1 5sym-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25080NMR backbone chemical shift resonance assignment of [FeZn]-IMP-1 BMRB: 25063NMR backbone chemical shift resonance assignment of [ZnZn]-IMP-1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: IMP-1 metallo-beta-lactamase

B: IMP-1 metallo-beta-lactamase

C: IMP-1 metallo-beta-lactamase

D: IMP-1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
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1

A: IMP-1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

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2

B: IMP-1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

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3

C: IMP-1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: IMP-1 metallo-beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.990, 75.910, 82.360
Angle α, β, γ (deg.)	83.450, 75.300, 74.010
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	IMP-1 metallo-beta-lactamase 分子量: 25146.676 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 19-246 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A post-translational modification was present in the single crystal: Cys158 was partially oxidized in the absence of metal in the Zn2 site to CSD 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 (緑膿菌) 遺伝子: bla IMP, NCGM2_1757 / プラスミド: pET47B(+) 詳細 (発現宿主): Gene inserted with a stop codon so as not to append hexahis purification tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4LPN7
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: drop contained 1ul protein (25-30mg/ml in 20mm HEPES, 50mm NaCl, ph7.5) with 1uL microseed reservoir (0.2M sodium acetate, 0.2M sodium citrate, 26% PEGMME 2K). Protein solution was heat- ...詳細: drop contained 1ul protein (25-30mg/ml in 20mm HEPES, 50mm NaCl, ph7.5) with 1uL microseed reservoir (0.2M sodium acetate, 0.2M sodium citrate, 26% PEGMME 2K). Protein solution was heat-treated at 310K for 3-5 days prior to filtration and crystallisation screening. microseeding was essential for diffraction quality crystal growth. crystal grew over 2 weeks

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.53 %

結晶化

温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: drop contained 1ul protein (25-30mg/ml in 20mm HEPES, 50mm NaCl, ph7.5) with 1uL microseed reservoir (0.2M sodium acetate, 0.2M sodium citrate, 26% PEGMME 2K). Protein solution was heat- ...

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX1	1	1.2835
シンクロトロン	Australian Synchrotron	MX1	2	1.7311

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210r	1	CCD	2013年3月14日
ADSC QUANTUM 210r	2	CCD	2013年3月16日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Silicon Double Crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Silicon Double Crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2835	1
2	1.7311	1

Reflection

数: 381451 / R_merge(I) obs: 0.044 / Χ²: 1.11 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 191354 / % possible obs: 91.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	ID	R_merge(I) obs
1.8	1.85	13902	1	0.403
8.05	44.927	1961	1	0.019
5.69	8.05	3820	1	0.02
4.65	5.69	4915	1	0.018
4.03	4.65	5940	1	0.018
3.6	4.03	6604	1	0.021
3.29	3.6	7395	1	0.023
3.04	3.29	8315	1	0.027
2.85	3.04	8955	1	0.035
2.68	2.85	9590	1	0.044
2.55	2.68	9961	1	0.05
2.43	2.55	10665	1	0.061
2.32	2.43	11048	1	0.07
2.23	2.32	11212	1	0.082
2.15	2.23	11982	1	0.096
2.08	2.15	12290	1	0.117
2.01	2.08	12557	1	0.139
1.95	2.01	13180	1	0.187
1.9	1.95	13365	1	0.256
1.85	1.9	13697	1	0.333

反射

解像度: 1.8→44.93 Å / Num. all: 381468 / % possible obs: 94.81 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.05521 / Net I/σ(I): 18.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85		3.9	0.765	0.4806	2.9	27583	15574	13902	0.569	92.26
1.85-1.9			0.858	0.333	2.46	27336	14928	13697	0.47	91.8
1.9-1.95			0.882	0.256	3.25	26669	14672	13365	0.362	91.1
1.95-2.01			0.938	0.187	4.34	26308	14256	13180	0.264	92.5
2.01-2.08			0.963	0.139	5.78	25068	13794	12557	0.197	91
2.08-2.15			0.974	0.117	6.72	24522	13256	12290	0.166	92.7
2.15-2.23			0.981	0.096	7.99	23913	12874	11982	0.136	93.1
2.23-2.32			0.984	0.082	9.51	22383	12282	11212	0.116	91.3
2.32-2.43			0.989	0.07	10.69	22036	11866	11048	0.099	93.1
2.43-2.55			0.99	0.061	12.27	21272	11374	10665	0.086	93.8
2.55-2.68			0.994	0.05	14.4	19872	10694	9961	0.07	93.1
2.68-2.85			0.995	0.044	16.06	19137	10270	9590	0.062	93.4
2.85-3.04			0.996	0.035	19.09	17868	9552	8955	0.05	93.8
3.04-3.29			0.998	0.027	24.94	16566	9004	8315	0.038	92.3
3.29-3.6			0.998	0.023	30.04	14743	8142	7395	0.033	90.8
3.6-4.03			0.998	0.021	33.47	13154	7398	6604	0.029	89.3
4.03-4.65			0.998	0.018	36.82	11828	6562	5940	0.026	90.5
4.65-5.69			0.998	0.018	37.51	9794	5508	4915	0.025	89.2
5.69-8.05			0.998	0.02	36.87	7579	4270	3820	0.028	89.5
	8.05		0.998	0.019	42.02	3820	2342	1961	0.027	83.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.83 Å	28.7 Å
Translation	3.83 Å	28.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DOO

2doo

解像度: 1.8→44.927 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	9681	5.06 %	Random Selection
R_work	0.1615	181585	-	-
obs	0.1625	191266	91.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.8 Å² / B_iso mean: 34.3635 Å² / B_iso min: 10.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→44.927 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6900	0	80	969	7949
B_iso mean	-	-	36.66	39.08	-
残基数	-	-	-	-	880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962	9740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.528	2588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8207	0.274	304	0.2635	5751	6055	86
1.8207-1.8421	0.2872	326	0.2628	6073	6399	92
1.8421-1.8646	0.2683	322	0.2499	5997	6319	92
1.8646-1.8882	0.264	303	0.2469	6043	6346	92
1.8882-1.913	0.2392	324	0.2398	6185	6509	92
1.913-1.9392	0.2758	295	0.2365	5898	6193	91
1.9392-1.9669	0.2377	356	0.209	6022	6378	92
1.9669-1.9963	0.2242	350	0.1965	6116	6466	92
1.9963-2.0275	0.219	301	0.1957	6017	6318	92
2.0275-2.0607	0.2242	312	0.1889	6165	6477	92
2.0607-2.0963	0.2097	296	0.1891	5933	6229	90
2.0963-2.1344	0.2088	351	0.1759	6067	6418	93
2.1344-2.1754	0.2104	329	0.1696	6256	6585	93
2.1754-2.2198	0.1998	333	0.1653	5986	6319	93
2.2198-2.2681	0.2167	270	0.1728	6077	6347	90
2.2681-2.3209	0.1778	329	0.1605	6049	6378	93
2.3209-2.3789	0.1934	343	0.1598	6251	6594	93
2.3789-2.4432	0.1929	314	0.167	6112	6426	93
2.4432-2.5151	0.1928	309	0.1568	6238	6547	94
2.5151-2.5963	0.1718	304	0.1546	6132	6436	94
2.5963-2.689	0.1931	378	0.1546	6084	6462	93
2.689-2.7967	0.184	357	0.1604	6169	6526	94
2.7967-2.924	0.1754	303	0.1636	6243	6546	93
2.924-3.0781	0.1856	315	0.1588	6121	6436	94
3.0781-3.2709	0.1668	351	0.15	6101	6452	92
3.2709-3.5233	0.1452	359	0.1385	5986	6345	91
3.5233-3.8777	0.1529	319	0.1372	5859	6178	90
3.8777-4.4384	0.142	315	0.1245	6002	6317	91
4.4384-5.5903	0.128	279	0.1234	5927	6206	89
5.5903-44.9409	0.1723	334	0.153	5725	6059	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5	-1.5527	-1.9973	5.9591	0.94	6.4058	-0.2041	0.0411	0.2733	-0.2313	-0.1868	-0.0387	-0.1301	0.555	0.0644	0.2097	-0.048	-0.0713	0.178	0.0524	0.2351	42.3966	24.9626	62.7668
2	3.5411	-0.1789	0.0565	2.5849	-0.0922	2.4147	-0.0931	-0.2198	0.327	0.2576	-0.0407	-0.1846	-0.212	0.2382	0.02	0.1965	-0.0191	-0.0378	0.1451	0.0111	0.1796	40.4691	20.7114	71.8416
3	3.8407	-0.7537	-0.5127	2.8801	-0.6529	2.6662	-0.0481	-0.3913	-0.4038	0.1365	0.0603	0.1392	0.1019	-0.0354	-0.0015	0.1387	0.0222	0.0131	0.1132	0.0352	0.153	36.1191	8.5943	73.872
4	2.6329	-0.2516	0.3281	1.5566	-0.9517	1.4089	-0.0551	-0.1052	0.1045	0.1314	0.0144	0.0918	-0.1664	-0.0835	-0.0231	0.1542	0.0056	0.0077	0.1105	-0.0228	0.1802	26.8878	17.6881	67.3676
5	4.7666	0.9867	0.2234	3.9256	0.1194	2.7682	-0.1837	0.3397	0.1888	-0.3327	0.0069	0.4147	-0.2563	-0.2358	0.1291	0.199	0.0321	-0.0446	0.2312	0.0545	0.2066	21.7443	22.5147	56.585
6	6.7723	-3.0441	-3.4375	3.469	1.2933	6.0235	-0.1697	0.3283	0.3536	-0.0532	0.334	0.2375	-0.2243	-0.1065	-0.2142	0.2483	-0.0615	-0.0501	0.2898	0.0731	0.2085	28.9638	51.2949	92.1055
7	3.5806	0.592	-0.23	2.4493	0.4416	1.8289	-0.1251	0.3333	-0.1291	-0.168	0.0972	0.1686	0.1562	-0.1274	0.0005	0.1815	-0.0156	-0.0029	0.2303	0.0271	0.1279	30.8682	43.0163	97.585
8	4.6607	1.0381	-0.5412	3.7127	0.3471	1.9442	-0.0076	-0.4694	-0.0534	0.1445	-0.1137	0.0221	0.0709	0.1029	0.0544	0.1574	0.0159	0.0082	0.2401	0.0574	0.1157	35.1625	42.7599	109.9919
9	2.778	0.5053	-0.3081	1.6498	-0.4021	1.7158	-0.0615	0.0646	-0.0028	-0.1404	0.0314	-0.0951	0.065	0.1153	0.0224	0.1634	0.0077	0.006	0.2603	0.0123	0.1414	44.4445	47.8869	100.0479
10	3.5431	0.1181	0.3679	2.8947	0.7674	4.3789	-0.126	0.276	0.3416	-0.2888	0.2194	-0.2884	-0.2773	0.33	-0.0505	0.2038	-0.0299	0.0426	0.2957	0.1146	0.2619	49.5709	57.9474	93.7625
11	6.4416	2.1314	2.0774	6.1957	0.9655	6.1099	-0.2178	-0.3627	-0.216	-0.0185	0.4244	0.2502	0.3665	-0.04	-0.1771	0.2031	0.0618	0.0368	0.2639	0.0509	0.1289	32.8697	36.3743	49.8751
12	3.3851	-0.9239	-0.2882	2.687	1.0601	2.0397	-0.0905	-0.2658	0.2392	0.1141	0.0773	0.0551	-0.1105	-0.0742	0.0232	0.1638	0.009	-0.0107	0.176	-0.0056	0.1384	34.8629	44.9062	44.5174
13	5.5652	-0.9628	0.1967	2.4037	-0.5462	3.031	-0.0007	0.4078	0.1633	-0.1139	-0.0492	0.089	-0.0625	0.0726	0.0057	0.1528	-0.0264	-0.0139	0.1773	0.0301	0.1228	39.2616	45.3729	32.2665
14	3.0498	-0.5767	0.2244	0.7696	-0.521	1.734	-0.0578	-0.141	0.1571	0.0795	0.0518	-0.087	-0.0968	0.0487	-0.0211	0.1535	-0.0115	-0.0051	0.2005	-0.0283	0.1216	48.4858	40.0878	42.0897
15	4.5566	-0.4995	-1.1618	2.6912	0.6686	4.5687	-0.224	-0.2767	-0.3967	0.2267	0.2047	-0.1747	0.314	0.308	-0.0003	0.1922	0.0321	-0.0295	0.2313	0.0583	0.2167	53.5949	29.9426	48.1329
16	3.6434	2.7058	2.6872	5.9177	2.7774	8.031	-0.2323	-0.2078	-0.516	0.2402	-0.0257	-0.0949	0.047	0.3696	0.0903	0.2618	0.0525	0.0748	0.1976	0.0931	0.3223	17.423	-10.4033	78.9369
17	3.0161	0.3302	-0.505	2.1925	0.4494	2.0975	-0.1793	0.1516	-0.4432	-0.1059	0.0761	-0.1255	0.2589	0.0939	-0.0259	0.189	-0.0085	0.0271	0.1223	-0.0093	0.1909	15.4813	-6.2435	69.8229
18	5.3532	0.7836	-0.9983	2.3125	-0.0945	3.1709	-0.0405	0.1479	0.3611	-0.0916	0.1297	0.0643	-0.0971	0.0467	-0.0759	0.1612	-0.0208	-0.0191	0.1209	0.0412	0.1609	11.1575	5.8335	67.7289
19	2.8122	0.1916	-0.5916	1.3881	-0.5095	1.596	-0.0874	0.0626	-0.2044	-0.0995	0.0304	0.037	0.1677	-0.1555	-0.0468	0.1689	-0.0159	-0.0032	0.1299	-0.0156	0.2205	1.9308	-3.1996	74.3075
20	4.5603	-0.7452	-0.2882	4.6891	0.1766	3.0902	-0.2203	-0.4518	-0.328	0.2959	0.0628	0.2972	0.215	-0.2491	0.1437	0.2026	-0.0246	0.0415	0.2792	0.0829	0.2433	-3.195	-7.8433	85.1731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 28 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 85 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 108 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 172 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 173 through 222 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 28 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 29 through 85 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 86 through 108 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 109 through 172 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 173 through 222 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 28 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 29 through 85 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 86 through 108 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 109 through 172 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 173 through 222 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 3 through 28 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 29 through 85 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 86 through 108 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 109 through 172 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 173 through 222 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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