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- PDB-4uag: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uag
タイトルUDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
要素UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
キーワードLIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / MURD / ADP-FORMING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain ...Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UAG / UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Bertrand, J. / Auger, G. / Martin, L. / Fanchon, E. / Blanot, D. / Le Beller, D. / Van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Determination of the MurD mechanism through crystallographic analysis of enzyme complexes.
著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Martin, L. / Fanchon, E. / Blanot, D. / Le Beller, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1998
タイトル: Large-scale preparation, purification, and crystallization of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine: D-glutamate ligase from Escherichia coli.
著者: Auger, G. / Martin, L. / Bertrand, J. / Ferrari, P. / Fanchon, E. / Vaganay, S. / Petillot, Y. / van Heijenoort, J. / Blanot, D. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase from Escherichia coli.
著者: Bertrand, J.A. / Auger, G. / Fanchon, E. / Martin, L. / Blanot, D. / van Heijenoort, J. / Dideberg, O.
履歴
登録1999年3月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,90811
ポリマ－46,9321
非ポリマー97610
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.809, 65.809, 134.536
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE:D-GLUTAMATE LIGASE / MURD


分子量: 46932.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM83 (PMLD58) / 遺伝子: MURD GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 (PMLD58)
参照: UniProt: P14900, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-UAG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE


分子量: 879.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H43N5O23P2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE 198 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE ZETA-AMINO GROUP. THE CARBAMYLATED ...RESIDUE 198 IS A MODIFIED LYSINE WHICH IS CARBAMYLATED AT THE ZETA-AMINO GROUP. THE CARBAMYLATED RESIDUE IS PRESENTED AS HET GROUP KCX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.8 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium HEPES1drop
31 mMUMA1drop
41 mM1dropNaN3
51 mMdithiothreitol1drop
61.6-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
7100 mMsodium HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BL19 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→65.8 Å / Num. obs: 66314 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16.81 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / Rsym value: 0.149 / % possible all: 85.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.3 % / Rmerge(I) obs: 0.149

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.66→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 3269 5.01 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs-65250 97.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 71 322 3627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.19
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 363 5.03 %
Rwork0.271 6840 -
obs--74.35 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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