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万見
- PDB-4uad: Importin alpha 7 delta IBB in complex with Influenza PB2 Nuclear ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uad
タイトルImportin alpha 7 delta IBB in complex with Influenza PB2 Nuclear Localization Domain
要素
  • Importin subunit alpha-7
  • Polymerase basic protein 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / importin karyopherin complex NLS
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion ...entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / maternal process involved in female pregnancy / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / viral genome replication / virion component / protein import into nucleus / host cell / transcription by RNA polymerase II / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / : / : ...Polymerase Basic Protein 2, C-terminal domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Defensin A-like / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-7 / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Pumroy, R.A. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM074846 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Determinants for Nuclear Import of Influenza A PB2 by Importin alpha Isoforms 3 and 7.
著者: Pumroy, R.A. / Ke, S. / Hart, D.J. / Zachariae, U. / Cingolani, G.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-7
E: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3632
ポリマ－61,3632
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)242.315, 38.836, 67.898
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-7 / Karyopherin subunit alpha-6


分子量: 52978.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA6, IPOA7 / プラスミド: pTAR010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: O60684
#2: タンパク質 Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 8384.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Victoria/3/1975 H3N2 / 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P31345
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium acetate 12% PEG 8000 0.1M Na cacodylate at pH 6.5
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→15 Å / Num. obs: 21920 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / % possible all: 60.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.42→14.86 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 23.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1998 9.12 %Random selection
Rwork0.1889 ---
obs0.1928 21910 89.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3867 0 0 157 4024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7195322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6731469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.47660.3048850.2555848X-RAY DIFFRACTION55
2.4766-2.54320.28311080.24051076X-RAY DIFFRACTION68
2.5432-2.61770.25831310.22671302X-RAY DIFFRACTION82
2.6177-2.70170.3021500.23081499X-RAY DIFFRACTION96
2.7017-2.79760.2851500.22331500X-RAY DIFFRACTION93
2.7976-2.90890.25771440.22151430X-RAY DIFFRACTION94
2.9089-3.04020.27171490.20791482X-RAY DIFFRACTION93
3.0402-3.1990.23241470.21021478X-RAY DIFFRACTION93
3.199-3.39710.23311430.20651429X-RAY DIFFRACTION91
3.3971-3.65580.22181500.18781486X-RAY DIFFRACTION94
3.6558-4.01710.21931550.17631547X-RAY DIFFRACTION97
4.0171-4.58340.21191600.16221592X-RAY DIFFRACTION99
4.5834-5.71930.21171610.17641612X-RAY DIFFRACTION99
5.7193-14.85990.18261650.14441631X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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