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- PDB-4ua8: EUR_01830 (maltotriose-binding protein) complexed with maltotriose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ua8
タイトルEUR_01830 (maltotriose-binding protein) complexed with maltotriose
要素Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein, CUT1 family (TC 3.A.1.1.-)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / solute-binding protein maltotriose ABC
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein, CUT1 family (TC 3.A.1.1.-)
類似検索 - 構成要素
生物種Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Orlovsky, N.I.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Molecular details of a starch utilization pathway in the human gut symbiont Eubacterium rectale.
著者: Cockburn, D.W. / Orlovsky, N.I. / Foley, M.H. / Kwiatkowski, K.J. / Bahr, C.M. / Maynard, M. / Demeler, B. / Koropatkin, N.M.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein, CUT1 family (TC 3.A.1.1.-)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3564
ポリマ－42,6831
非ポリマー6733
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.691, 110.495, 38.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-620-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein, CUT1 family (TC 3.A.1.1.-)


分子量: 42682.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale DSM 17629 (バクテリア)
遺伝子: EUR_01830 / プラスミド: pETite Nhis / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) pLysS / 参照: UniProt: D6E1Y1
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 35-40% pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH, 0.2M NaCl, 0.1M MES pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→37.01 Å / Num. obs: 63371 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 10.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 30.19
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 7.16 / % possible all: 98.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal model

解像度: 1.54→37.01 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 3223 5.09 %
Rwork0.137 --
obs0.138 63349 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→37.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2890 0 45 526 3461
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123025
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.414113
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2541068
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.172457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5422-1.56520.20731440.1512460X-RAY DIFFRACTION97
1.5652-1.58970.18161390.14632570X-RAY DIFFRACTION99
1.5897-1.61570.16711390.14342563X-RAY DIFFRACTION99
1.6157-1.64360.16391310.13452550X-RAY DIFFRACTION99
1.6436-1.67350.18291380.13282611X-RAY DIFFRACTION99
1.6735-1.70570.18681360.1372535X-RAY DIFFRACTION99
1.7057-1.74050.16721360.14822575X-RAY DIFFRACTION99
1.7405-1.77830.15481500.14052581X-RAY DIFFRACTION99
1.7783-1.81970.15921460.14142591X-RAY DIFFRACTION100
1.8197-1.86520.17521330.13552581X-RAY DIFFRACTION100
1.8652-1.91560.16751470.13632603X-RAY DIFFRACTION100
1.9156-1.9720.15541360.13652597X-RAY DIFFRACTION100
1.972-2.03560.13511250.13942646X-RAY DIFFRACTION100
2.0356-2.10840.17041270.13482609X-RAY DIFFRACTION100
2.1084-2.19280.15141240.13352632X-RAY DIFFRACTION100
2.1928-2.29260.14591530.12892639X-RAY DIFFRACTION100
2.2926-2.41340.15411590.12932614X-RAY DIFFRACTION100
2.4134-2.56460.13681350.13322648X-RAY DIFFRACTION100
2.5646-2.76250.1691370.13232638X-RAY DIFFRACTION100
2.7625-3.04040.14581310.13892661X-RAY DIFFRACTION100
3.0404-3.48010.18191550.1442675X-RAY DIFFRACTION100
3.4801-4.38340.16011510.12662710X-RAY DIFFRACTION100
4.3834-37.01960.15841510.14822837X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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