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- PDB-4u9o: Crystal structure of NqrA from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9o
タイトルCrystal structure of NqrA from Vibrio cholerae
要素Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
キーワードOXIDOREDUCTASE / sodium translocation / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / : / : / NqrA N-terminal barrel-sandwich hybrid domain / NQRA C-terminal domain / NqrA second alpha/beta domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fritz, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFR 1488/3-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the V. cholerae Na+-pumping NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Steuber, J. / Vohl, G. / Casutt, M.S. / Vorburger, T. / Diederichs, K. / Fritz, G.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Database references
改定 2.02024年4月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2762
ポリマ－39,1221
非ポリマー1541
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.270, 84.310, 102.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A


分子量: 39121.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: nqrA, VC_2295 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9KPS1, 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % / 解説: rhomboid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection数: 748418 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.2 Å / Num. obs: 32778 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
104534710.029
510245710.049
45267610.059
34746610.152
2.53944310.764
2.22.51038912.34
反射解像度: 1.6→45 Å / Num. obs: 45130 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 37 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 33.51 / Num. measured all: 1698531
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.6-1.70.6513.8321.08267947741173503.88699.2
1.7-1.80.8891.9482.36230074587958411.97399.4
1.8-1.90.9740.964.83182137469846740.97299.5
1.9-20.9910.5118.93143804381337990.51799.6
2-2.20.9970.26117.2214051571657050.26499.8
2.2-2.60.9990.11735.75256967685068460.11999.9
2.6-310.06766.13146113369936980.068100
3-610.041114.96223381613861320.04199.9
6-1010.035145.93269067267260.036100
10-2010.032146.1265261921920.032100
20-450.9980.044108.0762531280.04690.3

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→42.155 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 2251 5 %
Rwork0.1766 42790 -
obs0.1779 45041 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.75 Å2 / Biso mean: 44.9674 Å2 / Biso min: 25.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→42.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 8 256 2569
Biso mean--76.94 50.75 -
残基数----303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8153337
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.052917
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.63480.52651210.43862631275299
1.6348-1.67280.35641400.351125982738100
1.6728-1.71460.33281600.300426352795100
1.7146-1.7610.29491400.276526472787100
1.761-1.81280.271510.246926442795100
1.8128-1.87130.26711300.22252661279199
1.8713-1.93820.24991240.219826392763100
1.9382-2.01580.22771470.202226672814100
2.0158-2.10750.21311410.196326672808100
2.1075-2.21870.22651420.184126782820100
2.2187-2.35760.23211390.178926602799100
2.3576-2.53970.22411360.183126932829100
2.5397-2.79520.21631450.198726802825100
2.7952-3.19950.20791400.188427222862100
3.1995-4.03060.18921440.16327362880100
4.0306-42.16960.1541510.137728322983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.064-0.34510.1522.00310.17721.7533-0.0254-0.16520.02950.25580.06980.0497-0.26220.13540.00260.34940.06440.07070.31520.04440.3806-16.8547-9.3122-15.7306
21.19640.2482-0.72552.1579-0.27591.02260.11770.12910.2364-0.0804-0.01330.239-0.352-0.36610.00440.28950.08950.03630.33670.09220.4131-22.3855-11.6139-25.9042
31.34910.1648-1.03251.16670.59011.7281-0.0609-0.00660.0062-0.05920.15140.03080.13880.26-00.28350.03470.00650.34460.0350.3134-12.35-22.9014-27.6652
40.43140.1376-0.42591.19560.48310.9033-0.06270.1746-0.1285-0.18820.1659-0.08990.27060.2955-0.00350.39570.0440.00910.33330.00920.3533-9.425-31.4049-32.4238
50.6196-0.254-0.0520.8230.58380.8182-0.0571-0.0060.04480.05240.1390.11930.224-0.05060.00010.28720.04520.030.33110.06830.3524-19.2426-21.8571-22.7255
61.2893-0.4222-0.31441.57090.181.2154-0.0728-0.36540.05550.36440.14160.0868-0.06610.53420.00110.40710.08010.03620.52760.03550.3023-9.7327-20.4779-5.1743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 80 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 81 through 125 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 126 through 184 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 185 through 235 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 236 through 265 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 266 through 329 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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