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- PDB-4u9m: Structure of the DNA duplex d(ATTAAT)2 with Hoogsteen hydrogen bonds -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u9m
タイトルStructure of the DNA duplex d(ATTAAT)2 with Hoogsteen hydrogen bonds
要素DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
キーワードDNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Acosta-Reyes, F.J. / Alechaga, E. / Subirana, J.A. / Campos, J.L.
資金援助 スペイン, メキシコ, 3件
組織認可番号国
Feder funds and the Ministerio de Ciencia e InovacionBFU-2009-10380 スペイン
Generalitat de CatalunyaSRG2009-1208 スペイン
CONACYTReg. 212993 メキシコ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structure of the DNA Duplex d(ATTAAT)2 with Hoogsteen Hydrogen Bonds.
著者: Acosta-Reyes, F.J. / Alechaga, E. / Subirana, J.A. / Campos, J.L.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0365
ポリマ－9,0365
非ポリマー00
水00
1
A: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6142
ポリマ－3,6142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2370 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6142
ポリマ－3,6142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2370 Å2
手法PISA
3
E: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')

E: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6142
ポリマ－3,6142
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area540 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.756, 42.898, 99.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*TP*TP*AP*AP*T)-3')


分子量: 1807.241 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.8mM of the oligonucleotide, 20mM sodium cacodylate buffer (pH = 6.5), 3mM spermine, 100mM N-ethylaniline hydrochloride and 5% MPD, equilibrated against a reservoir with 30% MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月18日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.184
111/2H+1/2K, -3/2H+1/2K, L20.156
111/2H-1/2K, 3/2H+1/2K, L30.147
11-h,-k,l40.168
11-1/2H+1/2K, -3/2H-1/2K, L50.185
11-1/2H-1/2K, 3/2H-1/2K, L60.159
反射解像度: 3.13→33.14 Å / Num. obs: 1888 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 144 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.48
反射 シェル解像度: 3.13→3.241 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 99.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: helical parameters taken from 2qs6, 1rsb

2qs6

1rsb


解像度: 3.13→33.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.991 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 24.326 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19979 107 5.7 %RANDOM
Rwork0.14582 ---
obs0.1481 1773 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 138.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.92 Å20 Å293.61 Å2
2--41.24 Å20 Å2
3----31.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.13→33.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 600 0 0 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.011670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0230.02350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9391.1781025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg6.6783830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.5514.236668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other16.54214.241667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other24.34521.3521024
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined26.7122892
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other26.7172891
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.129→3.21 Å /
反射数%反射
Rwork116 -
obs-96.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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