PDB-4u9a: Sulphur Anomalous Crystal Structure of Asymmetric IRAK4 Dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u9a

タイトル

Sulphur Anomalous Crystal Structure of Asymmetric IRAK4 Dimer

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Sulphur Anomalous / Autophosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

MyD88 dependent cascade initiated on endosome / IRAK4 deficiency (TLR5) / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil migration / toll-like receptor 9 signaling pathway / interleukin-1 receptor binding / neutrophil mediated immunity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Ferrao, R. / Liu, Q. / Wu, H.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: IRAK4 Dimerization and trans-Autophosphorylation Are Induced by Myddosome Assembly.
著者: Ferrao, R. / Zhou, H. / Shan, Y. / Liu, Q. / Li, Q. / Shaw, D.E. / Li, X. / Wu, H.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u9a.cif.gz	233.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u9a.ent.gz	189.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u9a_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u9a_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4u9a_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	4u9a_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/4u9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u97C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4u97-d 7m0l-2 6ege-d 5xqk-d 3s6i-d 6ikk-d 5u3z-d 6egd-d 5xsb-d 5u42-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
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レグマイン (Legumain)
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#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.495, 87.495, 424.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 34820.469 Da / 分子数: 2 / 変異: D311N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン分子量: 466.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₆N₄O₃ コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 mg/ml IRAK4 mixed with staurosproine at a 2:1 molar excess. Protein solution mixed 1:1 with 1.6-1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Hepes-NaOH at pH7.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 2.07 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→38.88 Å / Num. obs: 43351 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 212.6 % / R_merge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 45.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→38.879 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	3574	8.24 %
R_work	0.1802	-	-
obs	0.185	43351	96.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.879 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4264	0	85	0	4349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4430
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	5994
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.954	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8368	0.5884	104	0.469	1177	X-RAY DIFFRACTION	75
2.8368-2.8757	0.483	108	0.3782	1269	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8757-2.9168	0.3882	116	0.3433	1311	X-RAY DIFFRACTION	80
2.9168-2.9603	0.3617	134	0.295	1438	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9603-3.0065	0.344	137	0.2691	1526	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0065-3.0558	0.3384	136	0.2453	1531	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0558-3.1085	0.3391	144	0.2308	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1085-3.165	0.3111	140	0.2225	1571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.165-3.2258	0.2549	146	0.209	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2258-3.2916	0.2645	143	0.2228	1551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2916-3.3632	0.3242	139	0.2213	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3632-3.4413	0.3312	133	0.2407	1536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4413-3.5273	0.242	144	0.2124	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5273-3.6227	0.2551	142	0.1906	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6227-3.7292	0.2122	138	0.1849	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7292-3.8494	0.214	146	0.1731	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8494-3.9869	0.1891	149	0.1577	1622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9869-4.1463	0.2175	140	0.1473	1537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1463-4.3348	0.1997	145	0.1339	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3348-4.563	0.1688	144	0.14	1560	X-RAY DIFFRACTION	100
4.563-4.8484	0.1881	142	0.1297	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8484-5.222	0.2063	146	0.1367	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
5.222-5.746	0.2367	138	0.165	1579	X-RAY DIFFRACTION	100
5.746-6.5739	0.3132	139	0.1814	1587	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5739-8.2694	0.2301	139	0.1795	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2694-38.883	0.2275	142	0.1867	1584	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5086	-0.74	-0.6244	2.2294	0.3469	1.6782	0.0681	-0.4421	-1.0169	-0.5571	-0.5881	-0.9558	1.3676	1.5534	0.3409	1.3052	0.6414	0.0411	1.5612	0.5021	1.4233	5.6678	16.1169	26.1136
2	2.1049	0.3161	-0.139	4.052	-0.5683	1.6179	0.07	-1.0599	-0.3077	-0.323	-0.1955	-0.5572	0.1798	1.0873	0.1133	0.4763	0.1087	-0.0369	1.4076	0.1711	0.7934	3.4257	31.335	23.5261
3	4.4686	-0.4406	-0.1442	3.6541	-0.2778	3.9656	0.5685	-0.2243	0.4968	-0.7808	-0.5106	-0.1363	-0.5284	0.4987	-0.0709	0.4857	-0.0168	0.1419	0.98	0.0746	0.6934	-1.407	44.6357	14.2956
4	3.9445	-2.1873	-0.9501	3.8861	2.3891	6.4866	-0.7421	0.1127	-0.4557	-0.1817	0.2612	0.6971	2.8154	-0.5394	0.4363	1.3074	-0.344	0.0176	0.9526	0.1655	0.9514	7.4194	17.6622	-30.2908
5	1.4163	-0.7751	-0.8035	3.6693	0.4794	1.9358	-0.4464	0.3913	0.08	-0.4965	0.3683	0.9013	0.2603	-0.834	0.0875	0.532	-0.1904	0.0458	1.2748	0.0928	0.9421	-0.9264	26.154	-28.4643
6	4.0701	-0.6753	-0.1823	3.3402	-0.5539	4.0979	0.1011	-0.4681	0.0307	0.4289	0.0779	0.3916	-0.6944	-0.5286	-0.1512	0.4791	0.1775	0.2049	0.9577	0.0741	0.6775	9.1223	43.8771	-14.0452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 166 through 247 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 248 through 350 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 351 through 458 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 166 through 197 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 198 through 269 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 270 through 458 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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