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万見
- PDB-4u8d: X-ray structure of Mg-bound human sorcin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u8d
タイトルX-ray structure of Mg-bound human sorcin
要素Sorcin
キーワードcalcium binding protein / PENTA EF-HAND / multidrug resistance related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of relaxation of muscle / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases ...regulation of relaxation of muscle / regulation of cell communication by electrical coupling / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of cardiac muscle cell contraction / Sodium/Calcium exchangers / Reduction of cytosolic Ca++ levels / negative regulation of heart rate / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Ion transport by P-type ATPases / regulation of calcium ion transport / transcription regulator inhibitor activity / Ion homeostasis / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / T-tubule / sarcoplasmic reticulum membrane / protein sequestering activity / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / calcium channel regulator activity / Stimuli-sensing channels / Z disc / calcium ion transport / protease binding / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF-hand domain / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fiorillo, A. / Ilari, A. / Colotti, G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: INVESTIGATING THE CONFORMATIONAL CHANGES of SORCIN TO SHED LIGHT ON SIGNAL TRANSDUCTION IN THE APOPTOTIC PROCESS
著者: Ilari, A. / Fiorillo, A. / Colotti, G.
履歴
登録2014年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorcin
B: Sorcin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5619
ポリマ－43,3912
非ポリマー1707
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area16990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.832, 117.832, 86.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 161 - 198 / Label seq-ID: 161 - 198

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Sorcin / 22 kDa protein / CP-22 / CP22 / V19


分子量: 21695.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30626
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000 10%, Mg(OAc)2 0.2M, cacodylate 0.1M pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月10日
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.76 Å / Num. obs: 27800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 24 / Num. measured all: 356554 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.3-2.3812.10.9382.93201826520.880.27898.9
8.91-48.7611.40.0296.1650256910.00699.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJanuary 10, 2014データ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
XSCALEデータスケーリング
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UPG

4upg


解像度: 2.3→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2486 / WRfactor Rwork: 0.1973 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 6.049 / SU ML: 0.142 / SU R Cruickshank DPI: 0.2047 / SU Rfree: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 1390 5 %RANDOM
Rwork0.1973 26313 --
obs0.1998 27703 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.97 Å2 / Biso mean: 43.793 Å2 / Biso min: 24.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2704 0 7 166 2877
Biso mean--55.57 46.98 -
残基数----344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022795
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9453759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84735868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3145348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.49624.126143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.43815462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1041522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9784.2111380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9754.211379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6776.3051723
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
367LOOSE POSITIONAL1.095
226TIGHT THERMAL1.890.5
367LOOSE THERMAL4.910
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 99 -
Rwork0.236 1904 -
all-2003 -
obs--98.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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