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- PDB-4u87: Crystal structure of the Ba-soaked C2 crystal form of pMV158 repl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u87
タイトルCrystal structure of the Ba-soaked C2 crystal form of pMV158 replication initiator RepB (P3221 space group)
要素Replication protein RepB
キーワードREPLICATION / DNA replication initiator
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase activity / extrachromosomal circular DNA / DNA replication / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Plasmid replication protein / Replication Protein E1; Chain: A, - #30 / Plasmid replication protein / Plasmid replication protein, C-terminal domain superfamily / Plasmid replication protein, origin binding domain / Replication Protein E1; Chain: A, / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Replication protein RepB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Boer, D.R. / Ruiz Maso, J.A. / del Solar, G. / Coll, M.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e InnovacionBFU2008-02372/BMC スペイン
Ministerio de Ciencia e InnovacionBFU2011-22588 スペイン
Generalitat de CatalunyaSGR2009-1309 スペイン
European UnionSILVER, No. 260644
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Conformational plasticity of RepB, the replication initiator protein of promiscuous streptococcal plasmid pMV158.
著者: Boer, D.R. / Ruiz-Maso, J.A. / Rueda, M. / Petoukhov, M.V. / Machon, C. / Svergun, D.I. / Orozco, M. / Del Solar, G. / Coll, M.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication protein RepB
B: Replication protein RepB
C: Replication protein RepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,36818
ポリマ－72,8613
非ポリマー1,50715
水00
1
A: Replication protein RepB
B: Replication protein RepB
C: Replication protein RepB
ヘテロ分子

A: Replication protein RepB
B: Replication protein RepB
C: Replication protein RepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,73736
ポリマ－145,7236
非ポリマー3,01430
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area19410 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area60700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.800, 85.800, 246.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
対称性らせん対称: (回転対称性: 2 / Dyad axis: no)
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain C and (resid 135:203)
211chain B and (resid 135:203)
311chain A and (resid 135:136 or resid 138:203)
112chain C and (resid 4:129 or resid 301)
212chain B and (resid 4:129 or resid 301)
312chain A and (resid 4:129 or resid 301)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Replication protein RepB / Replication Initator RepB


分子量: 24287.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: plasmid pMV158
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: repB / プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13921
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 8000, 100mM BaCl2, 50mM TRIS HCl, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 2.0702 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月16日
放射モノクロメーター: double crystal (Si111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→19.77 Å / Num. obs: 19844 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.54 % / Biso Wilson estimate: 67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Net I/σ(I): 7.54
反射 シェル解像度: 3.8→4 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DKX

3dkx


解像度: 3.8→19.77 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 968 4.88 %From 3DKX entry
Rwork0.2049 ---
obs0.2065 19841 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.59 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3389 Å2-0 Å20 Å2
2--3.3389 Å2-0 Å2
3----6.6777 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4839 0 15 0 4854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1686656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7041818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067761
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003824
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
13A551X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
21C1027X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1027X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
23A946X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8001-3.99890.33421370.29462703X-RAY DIFFRACTION100
3.9989-4.24710.29461390.24812707X-RAY DIFFRACTION100
4.2471-4.57130.2551430.20052692X-RAY DIFFRACTION100
4.5713-5.02450.21751340.19152705X-RAY DIFFRACTION100
5.0245-5.7360.22031360.17832696X-RAY DIFFRACTION100
5.736-7.1690.21161440.19082687X-RAY DIFFRACTION100
7.169-19.770.18991350.1762683X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2291-0.15790.08160.51020.24180.1928-0.1683-0.73770.56680.6331-0.0370.5474-0.6486-0.7309-0.00121.16540.17470.13621.6784-0.22241.3137-47.891638.1846-27.7513
20.5779-0.2449-0.27111.0586-0.51340.4249-0.00110.2570.082-0.01650.1370.2293-0.1214-0.6081-0.00040.4428-0.09520.00921.49560.11960.8439-51.500932.9344-58.0791
30.7777-0.88510.05281.84030.13830.56740.058-0.17350.0154-0.0566-0.40620.2567-0.16220.8810.0010.54570.0102-0.01921.15710.27190.6983-30.290340.3373-81.4125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 3:134 or resid 301)
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 3:134 or resid 301)
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 3:134 or resid 301)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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