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- PDB-4u6v: Mechanisms of Neutralization of a Human Anti-Alpha Toxin Antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6v
タイトルMechanisms of Neutralization of a Human Anti-Alpha Toxin Antibody
要素
  • Alpha-hemolysin
  • Fab, antigen binding fragment, heavy chain
  • Fab, antigen binding fragment, light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / alpha toxin / Fab / Staphylococcus aureus / mutagenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / : / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulins ...Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Oganesyan, V.Y. / Peng, L. / Damschroder, M.M. / Cheng, L. / Sadowska, A. / Tkaczyk, C. / Sellman, B. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanisms of Neutralization of a Human Anti-alpha-toxin Antibody.
著者: Oganesyan, V. / Peng, L. / Damschroder, M.M. / Cheng, L. / Sadowska, A. / Tkaczyk, C. / Sellman, B.R. / Wu, H. / Dall'Acqua, W.F.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年11月5日Group: Database references
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site_anisotrop / chem_comp_atom ...atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab, antigen binding fragment, heavy chain
L: Fab, antigen binding fragment, light chain
A: Alpha-hemolysin
K: Fab, antigen binding fragment, heavy chain
M: Fab, antigen binding fragment, light chain
B: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,57812
ポリマ－161,0016
非ポリマー5766
水1,58588
1
H: Fab, antigen binding fragment, heavy chain
L: Fab, antigen binding fragment, light chain
A: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9818
ポリマ－80,5013
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
2
K: Fab, antigen binding fragment, heavy chain
M: Fab, antigen binding fragment, light chain
B: Alpha-hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5974
ポリマ－80,5013
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.524, 148.505, 93.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21K
12L
22M
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROHA1 - 2221 - 222
21GLUGLUPROPROKD1 - 2221 - 222
12ASPASPCYSCYSLB1 - 2131 - 213
22ASPASPCYSCYSME1 - 2131 - 213
13THRTHRASNASNAC12 - 29312 - 293
23THRTHRASNASNBF12 - 29312 - 293

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Fab, antigen binding fragment, heavy chain


分子量: 23794.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalian expression vector pBGSA (その他)
#2: 抗体 Fab, antigen binding fragment, light chain


分子量: 23404.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mammalian expression vector pBGSA (その他)
#3: タンパク質 Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin


分子量: 33302.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / 参照: UniProt: Q2G1X0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Diffraction quality crystals grew in about a week in hanging drops where 3 ul of the MEDI4893 Fab/AT complex at a concentration of 15 mg/ml in 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl was mixed ...詳細: Diffraction quality crystals grew in about a week in hanging drops where 3 ul of the MEDI4893 Fab/AT complex at a concentration of 15 mg/ml in 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl was mixed with 2 ul of 10% (w/v) PEG 6000, 100 mM HEPES, pH 7.0 and let to equilibrate against 300 ul of 10% (w/v) PEG 6000, 100 mM HEPES, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→92.45 Å / Num. obs: 74008 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.56→2.75 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AHL

7ahl


解像度: 2.56→92.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 25.384 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23488 3716 5 %RANDOM
Rwork0.1978 ---
obs0.19966 69982 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.455 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å2-0.57 Å2
2--2.5 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.56→92.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10934 0 30 88 11052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.94215286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.848323734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06851402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46924.508488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.478151848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2391548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0224.2345638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0224.2345637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2216.3467030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2216.3467031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5864.4725620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4324.445596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8936.558220
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.06133.1911831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04833.13811806
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H114940.06
12K114940.06
21L118380.09
22M118380.09
31A167220.05
32B167220.05
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.628 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 253 -
Rwork0.385 5086 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.343-0.21830.50220.30580.4115.12660.0005-0.09360.00010.034-0.0595-0.0848-0.08380.76470.0590.0385-0.0069-0.03360.61220.05350.045822.8376.23443.676
21.8525-0.220.41670.32560.13865.2741-0.0503-0.434-0.00010.0690.029-0.0379-0.2140.03190.02140.060.027-0.02210.37030.00760.01015.6867.30650.318
31.1841.23680.57183.81012.1552.3697-0.08420.071-0.07390.0789-0.18030.40260.2928-0.13370.26450.15060.10330.03450.4523-0.05410.0962-7.634-10.797-6.859
42.3673-0.2734-0.83510.61330.34923.9030.07830.21220.1893-0.09590.017-0.1259-0.38150.8985-0.09520.1271-0.1985-0.01410.76820.01480.054527.752-57.50512.834
52.36330.0362-1.25910.4444-0.06495.1319-0.00520.47760.0216-0.18070.0472-0.0233-0.0780.4734-0.0420.1944-0.1088-0.03190.5223-0.00150.019214.089-58.9730.631
61.6963-2.109-0.78453.751.78041.66460.0418-0.0295-0.0442-0.2141-0.19410.3252-0.3533-0.17780.15240.2542-0.079-0.03310.4343-0.06170.0728-17.687-41.2950.21
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3A12 - 293
4X-RAY DIFFRACTION4K1 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5M1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6B12 - 293

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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