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- PDB-4u6l: Crystal structure of DNA/RNA duplex obtained in the presence of [... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u6l
タイトルCrystal structure of DNA/RNA duplex obtained in the presence of [Co(NH3)6]Cl3 and SrCl2
要素
  • DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')
  • RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードDNA/RNA / DNA/RNA hybrid duplex / antisense / DNA-RNA complex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / STRONTIUM ION / DNA / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of a 2',4'-BNA(NC)[N-Me]-modified antisense gapmer in complex with the target RNA.
著者: Kondo, J. / Nomura, Y. / Kitahara, Y. / Obika, S. / Torigoe, H.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: computing / diffrn_source ...computing / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._computing.pdbx_data_reduction_ds / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9795
ポリマ－5,6432
非ポリマー3363
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area3540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.520, 48.520, 46.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*(5CM)P*TP*CP*TP*TP*CP*TP*TP*(5CM))-3')


分子量: 2660.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Na Cacodylate, Hexammine Cobalt Chloride, SrCl2, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.60366, 1.60546, 1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.603661
21.605461
311
Reflection冗長度: 5.43 % / 数: 45147 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 0.95 / D res high: 2 Å / D res low: 24.28 Å / Num. obs: 8252 / % possible obs: 99.5 / Rejects: 339
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
4.324.2810.0150.675.5816
3.424.310.0270.765.3929
2.993.4210.0410.745.4649
2.712.9910.060.765.4647
2.522.7110.080.845.4357
2.372.5210.120.955.4532
2.252.3710.1811.085.3925
2.152.2510.2771.215.4223
2.072.1510.3081.235.426
22.0710.3791.325.335
反射解像度: 1.9→42.02 Å / Num. obs: 4976 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.76 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 32.6 / Num. measured all: 53970 / Scaling rejects: 405
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.9-1.9710.830.3166.454935031.1844100
1.97-2.0510.850.2617.754154941.1453100
2.05-2.1410.810.19310.353564901.1561100
2.14-2.2510.910.17711.654224911.263100
2.25-2.3910.910.11114.555535050.9242100
2.39-2.5810.860.08418.354044950.8426100
2.58-2.8410.840.06722.954475000.7927100
2.84-3.2510.60.03937.752834950.7635100
3.25-4.0910.120.01979.850494960.7730100
4.09-42.0210.90.015118.155485070.862498.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.46 / FOM acentric: 0.46 / FOM centric: 0.51 / 反射: 4975 / Reflection acentric: 4680 / Reflection centric: 295
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
1.9-20.070.070.0994289943
2-2.40.20.20.141466140264
2.4-2.70.50.510.485480648
2.7-3.40.80.810.783078050
3.4-5.40.930.940.8967161358

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ削減
PHENIX位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
SOLVEモデル構築
d*TREKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.02 Å / FOM work R set: 0.7831 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2752 517 10.4 %
Rwork0.2505 4458 -
obs-4975 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 69.6493 Å2
原子変位パラメータBiso max: 101.05 Å2 / Biso mean: 36.1204 Å2 / Biso min: 22.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.427 Å20 Å20 Å2
2--0.427 Å20 Å2
3----0.854 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 374 29 60 463
Biso mean--44.25 43.12 -
残基数----17
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.268
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3282
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.3465520.345449X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.050.3246680.3106426X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.140.4005450.3325443X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.250.3785470.3641448X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.2918450.3429460X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.580.4266540.3289441X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.840.3933490.3096451X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.250.2431560.2421439X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.090.2362550.1965441X-RAY DIFFRACTION100
4.09-42.020.2178460.2103460X-RAY DIFFRACTION97.7
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1nco_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_201312.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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