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- PDB-4u68: Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u68
タイトルCrystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3
要素
  • H3K9me3
  • Rhino
キーワードPROTEIN BINDING / Rhino / H3K9me3 / piRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA transcription / positive regulation of piRNA transcription / Rhino-Deadlock-Cutoff Complex / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / chorion-containing eggshell pattern formation / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression ...piRNA transcription / positive regulation of piRNA transcription / Rhino-Deadlock-Cutoff Complex / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / chorion-containing eggshell pattern formation / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / RNA Polymerase I Promoter Escape / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / HATs acetylate histones / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / piRNA processing / polytene chromosome / chromosome organization / heterochromatin / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / nucleosomal DNA binding / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / transcription antitermination / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / chromatin binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. ...: / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / Histone H3.1 / Chromo domain-containing protein rhino
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yu, B.W. / Huang, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2012CB910502 中国
National Natural Science Foundation of China31270774 中国
Strategic Priority Research ProgramXDB08010202 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into Rhino-mediated germline piRNA cluster formation
著者: Yu, B.W. / Cassani, M. / Wang, M. / Liu, M. / Ma, J. / Li, G. / Zhang, Z. / Huang, Y.
履歴
登録2014年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhino
B: Rhino
C: Rhino
D: H3K9me3
E: H3K9me3
F: H3K9me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9476
ポリマ－28,9476
非ポリマー00
水3,153175
1
A: Rhino
D: H3K9me3

A: Rhino
D: H3K9me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2984
ポリマ－19,2984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3800 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
2
B: Rhino
C: Rhino
E: H3K9me3
F: H3K9me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2984
ポリマ－19,2984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.946, 67.679, 79.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-138-

HOH

21C-106-

HOH

31C-138-

HOH

41C-148-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rhino / RE36324p


分子量: 8441.594 Da / 分子数: 3 / 断片: chromodomain, UNP residues 20-90 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: rhi, rhino, CG10683, Dmel_CG10683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7JXA8
#2: タンパク質・ペプチド H3K9me3


分子量: 1207.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02299, UniProt: P68431*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.5 Å / Num. obs: 23980 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LWE

3lwe


解像度: 1.8→25.494 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 2005 8.36 %
Rwork0.1844 --
obs0.1862 23980 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1678 0 0 175 1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1552301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.47652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005294
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.29361460.23441536X-RAY DIFFRACTION97
1.845-1.89490.24661370.21711562X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.95060.23931510.20621549X-RAY DIFFRACTION99
1.9506-2.01360.2491350.18851580X-RAY DIFFRACTION99
2.0136-2.08550.19131500.18611544X-RAY DIFFRACTION100
2.0855-2.16890.19791410.1821552X-RAY DIFFRACTION100
2.1689-2.26760.23861420.17851601X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.38710.21671410.18881569X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.53650.21211430.18471578X-RAY DIFFRACTION100
2.5365-2.73210.24441400.1941554X-RAY DIFFRACTION100
2.7321-3.00670.22151470.18651599X-RAY DIFFRACTION100
3.0067-3.44090.18911420.17681572X-RAY DIFFRACTION100
3.4409-4.33170.17631420.16261589X-RAY DIFFRACTION100
4.3317-25.49640.19291480.19311590X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.1819 Å / Origin y: 26.6944 Å / Origin z: 22.7987 Å
111213212223313233
T0.0979 Å20.0226 Å20.0177 Å2-0.1061 Å20.003 Å2--0.1099 Å2
L0.6638 °2-0.4768 °20.6218 °2-0.3738 °2-0.3157 °2--0.71 °2
S0.0718 Å °-0.0166 Å °-0.0044 Å °-0.0628 Å °-0.024 Å °-0.0592 Å °-0.0122 Å °0.0148 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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