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- PDB-4u5w: Crystal Structure of HIV-1 Nef-SF2 Core Domain in Complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u5w
タイトルCrystal Structure of HIV-1 Nef-SF2 Core Domain in Complex with the Src Family Kinase Hck SH3-SH2 Tandem Regulatory Domains
要素
  • Protein Nef
  • Tyrosine-protein kinase HCK
キーワードViral protein/Transferase / Hck / SH3-SH2 regulatory domains / SH3 / SH2 / Src Family Kinase / SFK / HIV-1 / Nef / virus / protein-protein complex / Nef-Hck complex / viral protein-transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte degranulation / respiratory burst after phagocytosis / innate immune response-activating signaling pathway / leukocyte migration involved in immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of podosome assembly / suppression by virus of host autophagy / regulation of phagocytosis / FLT3 signaling through SRC family kinases ...leukocyte degranulation / respiratory burst after phagocytosis / innate immune response-activating signaling pathway / leukocyte migration involved in immune response / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / regulation of podosome assembly / suppression by virus of host autophagy / regulation of phagocytosis / FLT3 signaling through SRC family kinases / Nef and signal transduction / regulation of DNA-binding transcription factor activity / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of actin filament polymerization / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / host cell Golgi membrane / mesoderm development / FCGR activation / localization / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / transport vesicle / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / virion component / caveola / cell projection / integrin-mediated signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / SH3 domain binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / regulation of cell shape / regulation of inflammatory response / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / cell differentiation / lysosome / cytoskeleton / cell adhesion / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / positive regulation of cell population proliferation / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / host cell plasma membrane / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Tyrosine-protein kinase HCK, SH2 domain / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Protein Nef / Tyrosine-protein kinase HCK
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Alvarado, J.J. / Yeh, J.I. / Smithgall, T.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI057083 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI102724 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082251 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Interaction with the Src Homology (SH3-SH2) Region of the Src-family Kinase Hck Structures the HIV-1 Nef Dimer for Kinase Activation and Effector Recruitment.
著者: Alvarado, J.J. / Tarafdar, S. / Yeh, J.I. / Smithgall, T.E.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef
B: Tyrosine-protein kinase HCK
C: Protein Nef
D: Tyrosine-protein kinase HCK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,78613
ポリマ－76,6704
非ポリマー1,1169
水9,458525
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area27530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.489, 57.265, 72.111
Angle α, β, γ (deg.)112.28, 96.09, 106.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein Nef / 3'ORF / Negative factor / F-protein


分子量: 17592.930 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 62-209 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate ARV2/SF2 / 遺伝子: nef / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P03407
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK / Hematopoietic cell kinase / Hemopoietic cell kinase / p59-HCK/p60-HCK / p59Hck / p61Hck


分子量: 20742.232 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3-SH2 domain, UNP residues 72-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.09 M ADA, pH 6.5, 10.8% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 64501 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NHN, 3RBB

3nhn

3rbb


解像度: 1.86→26.377 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 3249 5.04 %
Rwork0.1686 --
obs0.1699 64424 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→26.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4458 0 30 525 5013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8036388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.591738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004818
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.8830.3161320.27222485X-RAY DIFFRACTION91
1.883-1.91250.31791450.282611X-RAY DIFFRACTION96
1.9125-1.94380.30791390.27652614X-RAY DIFFRACTION96
1.9438-1.97730.25371360.21832643X-RAY DIFFRACTION97
1.9773-2.01330.21821470.19182665X-RAY DIFFRACTION97
2.0133-2.0520.24321410.19562602X-RAY DIFFRACTION97
2.052-2.09380.28231310.21042663X-RAY DIFFRACTION96
2.0938-2.13930.20511410.1862659X-RAY DIFFRACTION97
2.1393-2.18910.19851470.17552646X-RAY DIFFRACTION97
2.1891-2.24380.20091280.18752650X-RAY DIFFRACTION97
2.2438-2.30440.21121550.18992652X-RAY DIFFRACTION97
2.3044-2.37220.19621310.16642682X-RAY DIFFRACTION98
2.3722-2.44870.19031470.17512686X-RAY DIFFRACTION98
2.4487-2.53620.19651430.17262652X-RAY DIFFRACTION98
2.5362-2.63760.20781450.16682681X-RAY DIFFRACTION98
2.6376-2.75750.17751400.17032688X-RAY DIFFRACTION98
2.7575-2.90280.19331350.17222679X-RAY DIFFRACTION98
2.9028-3.08440.18781480.17222678X-RAY DIFFRACTION99
3.0844-3.32210.18331440.16452734X-RAY DIFFRACTION99
3.3221-3.65560.18591410.14632689X-RAY DIFFRACTION99
3.6556-4.18280.15111450.13612691X-RAY DIFFRACTION99
4.1828-5.2630.16111480.12952725X-RAY DIFFRACTION99
5.263-26.380.19111400.16512700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.685-2.1067-0.38465.95880.98396.6032-0.01660.1226-0.4268-0.16520.09040.19250.5367-0.088-0.08910.1077-0.0097-0.00860.16140.01180.1169-1.40320.64822.3827
20.8459-0.6442-0.35131.6520.35322.8809-0.137-0.08210.00350.38960.16890.071-0.17310.1017-0.02030.21760.03880.01340.1164-0.00670.1444-1.0478.210319.5628
31.4711.1368-3.0045.33820.15638.59580.3319-1.556-0.03280.6012-0.32440.3446-0.02190.1568-0.13430.62420.0911-0.00390.68930.00330.4505-6.00672.073643.101
43.5093-2.08741.8365.98990.46773.0026-0.2928-0.10510.34950.32490.2252-0.0928-0.29990.15880.06140.28990.05070.04240.1467-0.02250.1676-2.20218.955325.0348
52.2337-0.11561.20221.87620.10411.270.00730.38760.13420.03540.12760.34450.0401-0.56130.00780.12-0.0326-0.02320.31130.03990.2109-12.17964.2815-3.202
66.5816-4.5034-1.37174.0236-0.67314.1809-0.26971.0865-0.753-0.99150.02410.4454-0.0531-0.44850.20790.4806-0.0481-0.0620.7387-0.11010.4429-7.3468-3.9736-15.4885
75.4845-0.235-1.34957.0381-0.4234.92190.3104-0.6499-0.1752-0.0365-0.4016-0.0284-0.27630.13030.16380.5089-0.0410.03780.5902-0.03910.42132.9911-19.181-15.6195
82.9113-2.7428-0.79754.9472-2.83775.67150.08160.12020.2586-0.0244-0.094-0.2317-0.08220.1404-0.02030.0232-0.0259-0.00370.1834-0.00640.120511.0346-3.50475.4373
91.6287-0.1144-1.10422.4822-1.1542.5454-0.120.0031-0.05830.11530.11220.11440.0802-0.04730.00640.17060.0116-0.00020.0959-0.01910.15432.2436-13.999818.7488
102.89332.78821.21622.72881.55634.19840.0202-1.3918-0.45640.90610.1160.76670.4631-1.68670.07940.4430.1010.19250.60470.15280.4882-12.0944-14.196631.4846
112.5334-1.447-1.45755.19020.35941.2931-0.18150.1024-0.43220.05420.05570.34070.3563-0.11340.09450.27610.01620.0310.1275-0.00980.25320.6911-25.574322.3758
122.59580.2134-1.45151.7162-0.28150.8424-0.0935-0.0727-0.16510.2313-0.3431-0.620.22590.88590.04710.15490.04050.00410.4060.09820.317722.5304-6.89615.3309
134.59121.4675.91932.21512.10859.739-0.05440.6077-0.2848-0.3085-1.0092-0.45390.23661.07680.74850.36780.04570.0880.68130.1480.479723.92643.4792-9.345
141.34890.2118-0.33552.6828-1.32075.10290.1001-0.0162-0.0062-0.1307-0.1022-0.1458-0.44790.22310.00410.2015-0.0325-0.00260.1746-0.01370.177511.061716.8543-14.6872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 72:82)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 83:151)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 152:184)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 185:208)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 83:138)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 139:147)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 148:246)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resseq 71:82)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 83:151)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 152:184)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 185:208)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resseq 83:138)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 139:147)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 148:248)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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