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- PDB-4u5p: Crystal structure of native RhCC (YP_702633.1) from Rhodococcus j... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u5p
タイトルCrystal structure of native RhCC (YP_702633.1) from Rhodococcus jostii RHA1 at 1.78 Angstrom
要素RhCC
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / beta-alpha-beta structural motif / magnesium binding enzyme / tautomerase superfamily
機能・相同性Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tautomerase cis-CaaD-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Poddar, H. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific ResearchVIDI Grant 700.56.421 オランダ
European Reserach Council242293
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Functional and structural characterization of an unusual cofactor-independent oxygenase.
著者: Baas, B.J. / Poddar, H. / Geertsema, E.M. / Rozeboom, H.J. / de Vries, M.P. / Permentier, H.P. / Thunnissen, A.M. / Poelarends, G.J.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhCC
B: RhCC
C: RhCC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9408
ポリマ－49,9773
非ポリマー9635
水9,764542
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.690, 98.550, 188.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
31chain C and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
311chain C and segidC0
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 RhCC


分子量: 16658.971 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 2-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His6-tagged
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
遺伝子: RHA1_ro02670 / プラスミド: pET-20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SDB1
#2: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane


分子量: 282.334 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24-28% PEG 3350, 100mM Bis-tris propane / PH範囲: 8.0-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→94.265 Å / Num. all: 42398 / Num. obs: 42398 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.89 Å2 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 5.079 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 129204
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.882.90.2572.81836563030.1650.2572.988.7
1.88-1.9930.1644.21803259620.1030.1644.489.6
1.99-2.133.10.1215.41693555370.0750.1215.988.3
2.13-2.33.10.16.41570651440.0620.17.287.5
2.3-2.523.10.096.51443646830.0560.098.486.4
2.52-2.823.10.0767.61301041820.0470.0769.984.7
2.82-3.253.10.0737.61140036240.0440.07311.683.7
3.25-3.983.20.0816.7957630340.0490.08113.681.5
3.98-5.642.90.077.9728424940.0440.0714.186
5.64-46.3523.10.04612.1446014350.0290.04614.186.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C6V

3c6v


解像度: 1.782→46.352 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.85 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1871 3864 5.1 %
Rwork0.1497 71867 -
obs0.1516 42398 80.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.66 Å2 / Biso mean: 22.3283 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.782→46.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 64 542 4114
Biso mean--40.98 34.05 -
残基数----422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0865032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006644
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8221481
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2650X-RAY DIFFRACTION5.026TORSIONAL
12B2650X-RAY DIFFRACTION5.026TORSIONAL
13C2650X-RAY DIFFRACTION5.026TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.782-1.80370.26431320.22352544267678
1.8037-1.82660.25151480.21092597274582
1.8266-1.85060.26181440.21132612275684
1.8506-1.8760.24641370.20692648278581
1.876-1.90280.21831550.19562591274684
1.9028-1.93120.20491340.18372646278082
1.9312-1.96130.24981510.17972623277483
1.9613-1.99350.21631620.16562589275182
1.9935-2.02790.20441240.15322618274281
2.0279-2.06470.16981290.15562565269482
2.0647-2.10450.20151210.15432647276881
2.1045-2.14740.1911550.15272560271581
2.1474-2.19410.17981240.14872644276882
2.1941-2.24510.19521460.14932559270580
2.2451-2.30130.20981200.14262610273082
2.3013-2.36350.21290.14312579270880
2.3635-2.4330.18361390.14862558269780
2.433-2.51160.21541520.1482570272281
2.5116-2.60130.22051270.14582547267479
2.6013-2.70550.16341390.14762505264479
2.7055-2.82860.16771600.14162476263678
2.8286-2.97770.19031550.14362498265378
2.9777-3.16420.1921260.14342479260579
3.1642-3.40850.1781400.14522469260977
3.4085-3.75130.15671230.13152398252176
3.7513-4.29380.14311190.12662515263478
4.2938-5.40840.15681380.1252556269481
5.4084-46.36780.19031350.16432664279983

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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