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- PDB-4u4p: Crystal structure of the human condensin SMC hinge domain heterod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u4p
タイトルCrystal structure of the human condensin SMC hinge domain heterodimer with short coiled coils
要素
  • Structural maintenance of chromosomes protein 2
  • Structural maintenance of chromosomes protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / Condensin / SMC
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex => GO:0000796 / condensin complex => GO:0000796 / meiotic chromosome condensation / condensin complex / kinetochore organization / meiotic chromosome segregation / mitotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation ...condensin complex => GO:0000796 / condensin complex => GO:0000796 / meiotic chromosome condensation / condensin complex / kinetochore organization / meiotic chromosome segregation / mitotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / condensed chromosome / Condensation of Prophase Chromosomes / single-stranded DNA binding / nuclear speck / cell division / nucleolus / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes 4, ABC domain, eukaryotic / Smc2, ATP-binding cassette domain / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Uchiyama, S. / Kawahara, K. / Hosokawa, Y. / Fukakusa, S. / Oki, H. / Nakamura, S. / Noda, M. / Takino, R. / Miyahara, Y. / Maruno, T. ...Uchiyama, S. / Kawahara, K. / Hosokawa, Y. / Fukakusa, S. / Oki, H. / Nakamura, S. / Noda, M. / Takino, R. / Miyahara, Y. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Fukui, K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural basis for dimer information and DNA recognition of human SMC proteins
著者: Uchiyama, S. / Kawahara, K. / Hosokawa, Y. / Fukakusa, S. / Oki, H. / Nakamura, S. / Noda, M. / Takino, R. / Miyahara, Y. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Ohkubo, T. / Fukui, K.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein 2
B: Structural maintenance of chromosomes protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1842
ポリマ－54,1842
非ポリマー00
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 93.980, 102.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 2 / SMC-2 / Chromosome-associated protein E / hCAP-E / XCAP-E homolog


分子量: 26278.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 476-707 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC2, CAPE, SMC2L1, PRO0324 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95347
#2: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 4 / SMC-4 / Chromosome-associated polypeptide C / hCAP-C / XCAP-C homolog


分子量: 27906.041 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 566-809 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC4, CAPC, SMC4L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NTJ3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 19% PEG 3350, 50mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→46.99 Å / Num. obs: 47639 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 209398 / Scaling rejects: 29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.89-1.934.30.4762.6876726570.3650.63799.5
8.99-46.993.90.04126.915133890.9960.02491.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L51

3l51


解像度: 1.89→45.191 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 1930 4.99 %Random selection
Rwork0.1878 ---
obs0.19 38707 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→45.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3372 0 0 303 3675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073415
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9744592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5071313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004589
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.93730.28891370.26032627X-RAY DIFFRACTION99
1.9373-1.98960.2591350.2372605X-RAY DIFFRACTION99
1.9896-2.04820.26831500.22092620X-RAY DIFFRACTION99
2.0482-2.11430.26431340.20032625X-RAY DIFFRACTION99
2.1143-2.18990.2491410.19592626X-RAY DIFFRACTION99
2.1899-2.27750.24991370.19262625X-RAY DIFFRACTION99
2.2775-2.38120.27841410.19462617X-RAY DIFFRACTION98
2.3812-2.50670.24651350.19232620X-RAY DIFFRACTION99
2.5067-2.66380.24431310.20192657X-RAY DIFFRACTION98
2.6638-2.86940.28281370.19672618X-RAY DIFFRACTION98
2.8694-3.15810.21281430.18442641X-RAY DIFFRACTION98
3.1581-3.61490.22421280.16822645X-RAY DIFFRACTION97
3.6149-4.55370.1881410.15582593X-RAY DIFFRACTION95
4.5537-45.20390.22491400.19022658X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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