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万見
- PDB-4u4i: Megavirus chilensis superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u4i
タイトルMegavirus chilensis superoxide dismutase
要素Cu/Zn superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cu-Zn Superoxide dismutase / metal-free
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide metabolic process / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase Cu-Zn
類似検索 - 構成要素
生物種Megavirus chiliensis (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lartigue, A. / Claverie, J.-M. / Burlat, B. / Coutard, B. / Abergel, C.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: The megavirus chilensis cu,zn-superoxide dismutase: the first viral structure of a typical cellular copper chaperone-independent hyperstable dimeric enzyme.
著者: Lartigue, A. / Burlat, B. / Coutard, B. / Chaspoul, F. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2012
タイトル: Preliminary crystallographic analysis of the Megavirus superoxide dismutase.
著者: Lartigue, A. / Philippe, N. / Jeudy, S. / Abergel, C.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cu/Zn superoxide dismutase
B: Cu/Zn superoxide dismutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6172
ポリマ－35,6172
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.626, 70.626, 117.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cu/Zn superoxide dismutase


分子量: 17808.688 Da / 分子数: 2 / 変異: M1GPGS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Environmental chile / 由来: (組換発現) Megavirus chiliensis (ウイルス) / 遺伝子: mg277 / プラスミド: modified pETDuet
詳細 (発現宿主): human rhinovirus 3C protease cleavage site inserted
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: G5CS11, superoxide dismutase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 % / 解説: rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate buffer, 20%(w/v) PEG 4000, 20%(v/v) MPD
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
Ambient temp details: oscillation angle 0.5, distance 291.72mm, 380 images
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9792 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.14 Å / Num. obs: 15785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.04 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 1573 10 %Random selection
Rwork0.1857 ---
obs0.1897 15726 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 0 107 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1392671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.254719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 11 % / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.2710.27671400.2091263
2.271-2.35220.25681400.18861256
2.3522-2.44640.22011390.18621255
2.4464-2.55770.23311400.19481255
2.5577-2.69250.27171410.20691270
2.6925-2.86110.26141410.19481270
2.8611-3.0820.26381420.18821270
3.082-3.39190.2321420.17751283
3.3919-3.88230.19341440.17631293
3.8823-4.88970.18841470.16421323
4.8897-38.04610.23141570.20281415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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