PDB-4u3x: Structure of a human VH antibody domain binding to the cleft of h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4u3x

タイトル

Structure of a human VH antibody domain binding to the cleft of hen egg lysozyme

要素

Human VH domain antibody
Lysozyme C

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human VH domain antibody / Phage display / Antibody-antigen complex structure / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Rouet, R. / Langley, D.B. / Christ, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fully Human VH Single Domains That Rival the Stability and Cleft Recognition of Camelid Antibodies
著者: Rouet, R. / Dudgeon, K. / Christie, M. / Langley, D. / Christ, D.

履歴

登録	2014年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4u3x.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4u3x.ent.gz	152.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4u3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4u3x_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4u3x_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	4u3x_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4u3x_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/4u3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pgjC 1lyzS 1ohqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pgj-2 6hm4-d 6ewh-d 2y5c-d 2vd2-d 2wlb-d 6ewg-d 3cjs-d 4ggq-2 4x8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Human VH domain antibody

B: Lysozyme C

C: Human VH domain antibody

D: Lysozyme C

ヘテロ分子

55.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Human VH domain antibody

B: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Human VH domain antibody

D: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.070, 39.240, 100.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Human VH domain antibody 分子量: 13173.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): BL21-Gold (DE3)
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 300 mM sodium citrate, 16% PEG 3350 / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→97.14 Å / Num. obs: 24456 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 1.5 % / Net I/σ(I): 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0071 / 分類: 精密化

精密化

開始モデル: 1LYZ, 1OHQ

1lyz

1ohq

解像度: 2.26→97.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 15.494 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24839	1252	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.1923	22746	98.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.923 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	0 Å²	0.35 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.26→97.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3576	0	8	101	3685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.709	1.912	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	7243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.248	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.824	23.418	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.985	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.604	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	938
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.962	1.525	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.949	1.524	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.594	2.281	2412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.594	2.283	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.159	1.549	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.159	1.549	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.75	2.292	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.332	12.172	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.325	12.153	4141
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.263→2.322 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	94	-
R_work	0.267	1599	-
obs	-	-	94.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2165	0.5242	0.0253	1.9079	0.5785	1.4306	-0.0003	-0.0713	0.0485	0.0348	0.0194	0.0115	0.0495	0.0249	-0.0191	0.0317	0.0032	-0.0265	0.1248	0.0063	0.0246	-11.2947	-10.8769	10.2523
2	2.9578	0.6556	0.3973	0.8423	0.3756	0.7896	0.0065	0.0633	0.0414	0.0166	-0.0042	-0.0206	-0.0593	0.0354	-0.0023	0.065	0.0019	-0.0217	0.1166	-0.0016	0.0093	-28.0872	-22.1913	-10.2981
3	5.2869	-0.9164	0.5183	2.4491	0.7442	1.6562	-0.2071	-0.2458	0.4082	0.1396	0.1992	-0.1387	0.0784	-0.0156	0.0079	0.0798	0.0265	-0.0592	0.1341	-0.0209	0.0592	-28.1263	3.9858	65.2592
4	1.8322	0.2419	1.1725	1.454	0.3205	3.2888	0.0858	-0.0783	-0.0265	0.0617	-0.025	-0.0886	0.0722	0.167	-0.0607	0.1129	-0.0209	-0.0089	0.1655	-0.0106	0.0069	-37.6506	-6.2276	40.6618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 201
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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