[日本語] English
万見
- PDB-4u3s: Crystal structure of Coh3ScaB-XDoc_M1ScaA complex: A N-terminal i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u3s
タイトルCrystal structure of Coh3ScaB-XDoc_M1ScaA complex: A N-terminal interface mutant of type II Cohesin-X-Dockerin complex from Acetivibrio cellulolyticus
要素
  • Cellulosomal scaffoldin
  • Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
キーワードPROTEIN BINDING / cellulosome / cohesin / dockerin / type II cohesin-dockerin / Coh-XDoc / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain ...: / Carboxypeptidase regulatory-like domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Immunoglobulin-like - #680 / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Alves, V.D. / Cameron, K. / Najmudin, S.H. / Fontes, C.M.G.A.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
FCTEXPL/BIA-MIC/1176/2012 ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Coh3ScaB-XDoc_M1ScaA complex: A N-terminal interface mutant of type II Cohesin-X-Dockerin complex from Acetivibrio cellulolyticus
著者: Alves, V.D. / Cameron, K. / Najmudin, S.H. / Fontes, C.M.G.A.
履歴
登録2014年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
B: Cellulosomal scaffoldin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4547
ポリマ－37,7522
非ポリマー7025
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.320, 72.320, 231.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NHE

21A-339-

HOH

31A-368-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

#1: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B / Coh3ScaB


分子量: 18318.576 Da / 分子数: 1 / 断片: Third Type II cohesin domain, UNP residues 407-573 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: scaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q7WYN3
#2: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin / XDoc_M1ScaA


分子量: 19433.686 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1755-1955 / Mutation: N145G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: cipV / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q9RPL0
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 20% v/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection数: 1230010 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.04 / D res high: 1.64 Å / Num. obs: 83112 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
7.3362.6394910.043
5.197.33171110.057
4.235.19221310.073
3.674.23260110.089
3.283.67295310.097
2.993.28326210.104
2.772.99355910.115
2.592.77384410.124
2.442.59406010.138
2.322.44427110.154
2.212.32454910.167
2.122.21470010.189
2.032.12493810.218
1.962.03507610.258
1.891.96533710.314
1.831.89548710.375
1.781.83565710.443
1.731.78581610.494
1.681.73596310.619
1.641.68616610.702
反射解像度: 1.64→62.63 Å / Num. obs: 45113 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 29.66 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 13.46 / Num. measured all: 1230010
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.64-1.680.8560.7023.2496281616661660.725100
1.68-1.730.8780.6193.9390688596359630.64100
1.73-1.780.9210.4945.2793437581658160.51100
1.78-1.830.9260.4436.3789463565756570.458100
1.83-1.890.9540.3757.9282053548754870.388100
1.89-1.960.9710.3149.7180420533953370.325100
1.96-2.030.9810.25811.6774916507650760.268100
2.03-2.120.9840.21813.4470629493949380.227100
2.12-2.210.990.18915.2468431470147000.196100
2.21-2.320.990.16716.564869454945490.174100
2.32-2.440.990.15417.2257953427142710.16100
2.44-2.590.9920.13819.0457375406040600.143100
2.59-2.770.9930.12420.2552383384438440.128100
2.77-2.990.9940.11522.0551456355935590.119100
2.99-3.280.9950.10422.6945262326232620.108100
3.28-3.670.9960.09723.8241053295329530.1100
3.67-4.230.9970.08924.6137044260226010.092100
4.23-5.190.9980.07325.7834574221422130.075100
5.19-7.330.9990.05725.4826595171217110.05999.9
7.33-62.630.9980.04326.35151289529490.04599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b59, 3l8q, 3fnk

2b59

3l8q

3fnk


解像度: 1.64→62.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.309 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2061 2272 5 %RANDOM
Rwork0.1709 42730 --
obs0.1726 45002 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.83 Å2 / Biso mean: 27.367 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å2-0 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→62.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 41 341 2821
Biso mean--55.44 31.9 -
残基数----323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.973466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75535627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3955329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10225.9699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.17215421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.618155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5881.3461298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5861.3451297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3262.011621
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 137 -
Rwork0.22 3117 -
all-3254 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9524-0.3132-0.04281.5218-0.36180.7421-0.0768-0.0752-0.1366-0.05640.15340.07460.1392-0.1847-0.07660.083-0.0708-0.02720.16650.07230.0456-31.358.42-12.71
22.18070.45090.38131.0513-0.04261.1177-0.03780.0542-0.1125-0.08260.0612-0.2099-0.01270.1155-0.02340.0363-0.0288-0.01530.10530.00710.0801-4.16920.992-7.978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 184

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る