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- PDB-4u3g: Crystal structure of Escherichia coli bacterioferritin mutant D132F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u3g
タイトルCrystal structure of Escherichia coli bacterioferritin mutant D132F
要素Bacterioferritin
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron channel / 4-helix bundle / diiron site
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wong, S.G. / Grigg, J.C. / Le Brun, N.E. / Moore, G.R. / Murphy, M.E.P. / Mauk, A.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
CIHR/Canadian Blood Services カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: The B-type Channel Is a Major Route for Iron Entry into the Ferroxidase Center and Central Cavity of Bacterioferritin.
著者: Wong, S.G. / Grigg, J.C. / Le Brun, N.E. / Moore, G.R. / Murphy, M.E. / Mauk, A.G.
履歴
登録2014年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,13828
ポリマ－222,60112
非ポリマー1,53716
水60,1163337
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子

A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
C: Bacterioferritin
D: Bacterioferritin
E: Bacterioferritin
F: Bacterioferritin
G: Bacterioferritin
H: Bacterioferritin
I: Bacterioferritin
J: Bacterioferritin
K: Bacterioferritin
L: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,27656
ポリマ－445,20224
非ポリマー3,07432
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area82060 Å2
ΔGint-729 kcal/mol
Surface area137200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.518, 208.518, 142.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-309-

HOH

21B-319-

HOH

31L-314-

HOH

41L-315-

HOH

51L-334-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
51chain E and segid E
61chain F and segid F
71chain G and segid G
81chain H and segid H
91chain I and segid I
101chain J and segid J
111chain K and segid K
121chain L and segid L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
511chain E and segid EE0
611chain F and segid FF0
711chain G and segid GG0
811chain H and segid HH0
911chain I and segid II0
1011chain J and segid JJ0
1111chain K and segid KK0
1211chain L and segid LL0

-
要素

#1: タンパク質
Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557


分子量: 18550.102 Da / 分子数: 12 / 変異: D132F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: bfr, c4107 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABD4, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ammonium sulfate (50-80% saturated), NaCl (0.1 M), and TrisHCl (20 mM, pH 7.2)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.15 Å / Num. obs: 209838 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 1024612
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.033.80.6352.138570102730.8680.37499.4
10.95-49.156.70.023389693145510.0198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y3Q

2y3q


解像度: 2→49.148 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 10307 4.93 %
Rwork0.1901 384359 -
obs0.1916 209745 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.68 Å2 / Biso mean: 15.8113 Å2 / Biso min: 1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→49.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15612 0 80 3337 19029
Biso mean--38.66 30.06 -
残基数----1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00716216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89721888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9616288
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
12B9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
13C9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
14D9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
15E9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
16F9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
17G9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
18H9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
19I9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
110J9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
111K9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
112L9348X-RAY DIFFRACTION5.334TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.31216450.295129521359799
2.0227-2.04650.31576700.2865127131338399
2.0465-2.07150.34246810.2851127231340499
2.0715-2.09770.29936820.2747126571333999
2.0977-2.12530.2787240.23751280113525100
2.1253-2.15440.26226960.2329127551345199
2.1544-2.18520.25636270.22321293213559100
2.1852-2.21780.236500.21941289513545100
2.2178-2.25250.26396570.2401125851324298
2.2525-2.28940.26336220.2243128301345299
2.2894-2.32890.23656250.21141284013465100
2.3289-2.37120.24456890.21681285813547100
2.3712-2.41680.22617230.20411281213535100
2.4168-2.46620.25167140.20131281513529100
2.4662-2.51980.24686700.19791286913539100
2.5198-2.57840.23257130.19451282813541100
2.5784-2.64290.24586770.19281279413471100
2.6429-2.71430.23226620.197127761343899
2.7143-2.79420.21516740.1831127941346899
2.7942-2.88440.21466710.17021282413495100
2.8844-2.98740.1835940.16751295613550100
2.9874-3.1070.18796470.17261290813555100
3.107-3.24840.18867030.15621282313526100
3.2484-3.41960.17877010.1461282713528100
3.4196-3.63380.17616700.14251275813428100
3.6338-3.91430.16666080.14171292713535100
3.9143-4.3080.15946380.1298128661350499
4.308-4.93090.15736800.13971282513505100
4.9309-6.21040.2016430.19451289213535100
6.2104-49.1630.19735990.1796125241312397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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